56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2225 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2225  hypothetical protein  100 
 
 		 116 aa  238  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.525865  normal  0.528424 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3175  excinuclease ABC subunit C  80 
 
 		 95 aa  79  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00936772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3180  excinuclease ABC subunit C  75.56 
 
 		 95 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.734981  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4225  Excinuclease ABC C subunit domain protein  65.38 
 
 		 95 aa  72.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.0073463  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3382  excinuclease ABC subunit C  66.67 
 
 		 120 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114521  hitchhiker  0.00379668 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4036  hypothetical protein  60 
 
 		 79 aa  60.8  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.420287  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0651  excinuclease ABC subunit C  57.45 
 
 		 115 aa  59.3  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0670127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2430  excinuclease ABC subunit C  57.45 
 
 		 102 aa  57.8  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.595425  normal  0.650072 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5085  Excinuclease ABC C subunit domain protein  57.78 
 
 		 95 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.88934 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0877  excinuclease ABC subunit C  60.53 
 
 		 125 aa  56.2  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3124  Excinuclease ABC C subunit domain protein  57.78 
 
 		 96 aa  55.5  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0814  excinuclease ABC subunit C  55.26 
 
 		 111 aa  54.7  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.683613  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1144  hypothetical protein  55.26 
 
 		 97 aa  52.8  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2855  Excinuclease ABC C subunit domain protein  53.33 
 
 		 96 aa  53.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0675434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2524  excinuclease ABC subunit C  40.32 
 
 		 100 aa  52.4  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3179  hypothetical protein  69.57 
 
 		 105 aa  52.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.534135  normal  0.837156 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2599  excinuclease ABC subunit C  55.26 
 
 		 100 aa  52  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.515816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2317  excinuclease ABC subunit C  51.06 
 
 		 98 aa  51.6  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0365776  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0285  excinuclease ABC subunit C  52.63 
 
 		 95 aa  51.6  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.722146  normal  0.992997 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0733  excinuclease ABC subunit C  55.26 
 
 		 104 aa  52  0.000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.579236  normal  0.484774 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2170  excinuclease ABC subunit C  55 
 
 		 98 aa  51.2  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.013295  normal  0.490255 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1266  excinuclease ABC subunit C  52.63 
 
 		 109 aa  50.4  0.000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0720825  normal  0.107878 
 
 
-
 
NC_002978  WD0358  endo/excinuclease amino terminal domain-containing protein  40.98 
 
 		 96 aa  50.4  0.000009  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4335  Excinuclease ABC C subunit domain protein  38.71 
 
 		 95 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0231895  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4056  excinuclease ABC subunit C  48.94 
 
 		 130 aa  49.7  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.366291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2352  excinuclease ABC subunit C  46.15 
 
 		 110 aa  48.5  0.00003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.51382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1409  excinuclease ABC subunit C  50 
 
 		 95 aa  47.8  0.00005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05250  endo/excinuclease amino terminal domain protein  55.26 
 
 		 107 aa  47  0.00008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1975  excinuclease ABC subunit C  45.83 
 
 		 118 aa  47  0.00009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3174  XRE family transcriptional regulator  84 
 
 		 98 aa  47  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00826056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1984  Excinuclease ABC C subunit domain protein  44.74 
 
 		 100 aa  46.6  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.569269  normal  0.376959 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3101  endo/excinuclease amino terminal domain-containing protein  51.28 
 
 		 95 aa  46.6  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05230  hypothetical protein  45.83 
 
 		 100 aa  46.6  0.0001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.610254  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7339  putative excinuclease ABC, C subunit  44.68 
 
 		 101 aa  46.6  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0771  excinuclease ABC subunit C  48.72 
 
 		 95 aa  45.4  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.959878 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05260  endo/excinuclease amino terminal domain protein  44.74 
 
 		 98 aa  45.8  0.0002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.509703  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1053  excinuclease ABC, C subunit  46.15 
 
 		 110 aa  45.8  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.175656  normal  0.959304 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0883  excinuclease ABC subunit C  47.92 
 
 		 114 aa  45.8  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.227593  normal  0.430619 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2181  excinuclease ABC subunit C  50 
 
 		 113 aa  46.2  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00892068  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2227  excinuclease ABC subunit C  48.72 
 
 		 107 aa  46.2  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.0000408802  hitchhiker  0.0000527007 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0706  excinuclease ABC subunit C  51.35 
 
 		 101 aa  45.8  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.200173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2226  excinuclease ABC subunit C  47.37 
 
 		 119 aa  45.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.163339  normal  0.805615 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2602  Excinuclease ABC C subunit domain protein  50 
 
 		 97 aa  44.7  0.0004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000000820325  normal  0.0436651 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1328  excinuclease ABC subunit C  54.05 
 
 		 95 aa  44.7  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0003  excinuclease ABC subunit C  38.46 
 
 		 95 aa  44.3  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3151  excinuclease ABC subunit C  50 
 
 		 96 aa  44.3  0.0005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0891506  normal  0.0226516 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2291  excinuclease ABC subunit C  50 
 
 		 95 aa  44.7  0.0005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.361879  normal  0.317834 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05270  hypothetical protein  50 
 
 		 100 aa  42.7  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1965  excinuclease ABC subunit C  46.81 
 
 		 95 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.70444 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2055  hypothetical protein  42.11 
 
 		 96 aa  41.2  0.005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0916  excinuclease ABC subunit C  45.65 
 
 		 95 aa  41.2  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0453236 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0827  excinuclease ABC subunit C  46.15 
 
 		 121 aa  40.4  0.007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000437312 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0101  excinuclease ABC subunit C  53.12 
 
 		 95 aa  40.8  0.007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.873181  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0294  hypothetical cytosolic protein  36.84 
 
 		 96 aa  40.4  0.008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.479939  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2878  excinuclease ABC subunit C  42.55 
 
 		 95 aa  40.4  0.008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00418139  hitchhiker  0.000396722 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1899  GIY-YIG catalytic domain-containing protein  36.84 
 
 		 96 aa  40.4  0.008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>