More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2209 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2440  beta-lactamase  85.2 
 
 		 422 aa  758    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2815  putative beta-lactamase  73.22 
 
 		 424 aa  643    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3256  beta-lactamase  90.24 
 
 		 420 aa  784    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.748817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3197  beta-lactamase  77.22 
 
 		 417 aa  638    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.27684  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2209  beta-lactamase  100 
 
 		 420 aa  861    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.683727  normal  0.729907 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2704  beta-lactamase  74.06 
 
 		 424 aa  653    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.431746  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2288  beta-lactamase  71.77 
 
 		 424 aa  627  1e-179  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0812  beta-lactamase  61.1 
 
 		 408 aa  528  1e-149  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4649  Beta-lactamase  62.41 
 
 		 418 aa  523  1e-147  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5786  beta-lactamase family protein  63.88 
 
 		 420 aa  523  1e-147  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0584533 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4820  beta-lactamase  62.16 
 
 		 420 aa  519  1e-146  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.85681  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3743  beta-lactamase  62.16 
 
 		 420 aa  519  1e-146  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1692  Beta-lactamase  58.02 
 
 		 414 aa  484  1e-135  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6088  beta-lactamase  51.75 
 
 		 406 aa  414  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.496561  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0831  beta-lactamase  52.18 
 
 		 445 aa  410  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.23283  normal  0.655791 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5348  beta-lactamase  52.08 
 
 		 414 aa  409  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0848814 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4402  beta-lactamase  53.54 
 
 		 405 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4865  beta-lactamase  53.79 
 
 		 405 aa  404  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00560097 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0870  beta-lactamase  53.5 
 
 		 410 aa  399  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.487192  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3069  beta-lactamase  53.38 
 
 		 400 aa  399  9.999999999999999e-111  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.489639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4911  beta-lactamase  53.79 
 
 		 405 aa  395  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366711  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2371  beta-lactamase  54.62 
 
 		 370 aa  397  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2338  beta-lactamase  51.25 
 
 		 406 aa  382  1e-105  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0461598  normal  0.302776 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5491  beta-lactamase  49.37 
 
 		 407 aa  375  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.442272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0297  beta-lactamase  46.81 
 
 		 417 aa  337  1.9999999999999998e-91  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.834567  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3606  beta-lactamase  39.75 
 
 		 419 aa  318  7.999999999999999e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000041879  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2359  beta-lactamase  42.69 
 
 		 411 aa  309  8e-83  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1560  beta-lactamase  41.23 
 
 		 412 aa  302  8.000000000000001e-81  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3066  beta-lactamase  43.46 
 
 		 438 aa  300  3e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2480  beta-lactamase  41.04 
 
 		 411 aa  293  4e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.26212 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2265  beta-lactamase  42.65 
 
 		 407 aa  286  4e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3205  beta-lactamase  41.85 
 
 		 407 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0538  beta-lactamase  41.01 
 
 		 433 aa  282  1e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0349  beta-lactamase  42.17 
 
 		 407 aa  280  4e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1690  beta-lactamase  39.46 
 
 		 426 aa  279  7e-74  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0637  beta-lactamase  40.29 
 
 		 424 aa  279  7e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000302256  normal  0.230717 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3704  beta-lactamase  42.68 
 
 		 407 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136974  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2298  beta-lactamase  40.18 
 
 		 440 aa  277  3e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.322057  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5097  beta-lactamase family penicillin binding protein  41.96 
 
 		 411 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6935  beta-lactamase  39.05 
 
 		 399 aa  273  6e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2976  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding proteins  38.81 
 
 		 399 aa  271  1e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1842  beta-lactamase  40.48 
 
 		 418 aa  268  1e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.794756  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2189  beta-lactamase  42.15 
 
 		 402 aa  268  1e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13371  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1881  beta-lactamase  41.56 
 
 		 613 aa  264  2e-69  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.234575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4601  beta-lactamase  41.27 
 
 		 427 aa  263  6e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850083  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1745  beta-lactamase  38.48 
 
 		 454 aa  261  1e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5281  beta-lactamase  38.05 
 
 		 408 aa  257  3e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0166031 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3853  Beta-lactamase  39.33 
 
 		 415 aa  257  3e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3477  beta-lactamase  39.11 
 
 		 409 aa  255  8e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.295738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3517  beta-lactamase  36.41 
 
 		 447 aa  255  1.0000000000000001e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0590  beta-lactamase  36.67 
 
 		 452 aa  247  3e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2694  beta-lactamase  39.29 
 
 		 453 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.955083 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3702  beta-lactamase  36.34 
 
 		 430 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1762  beta-lactamase  35.99 
 
 		 431 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178293  normal  0.700473 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11398  hypothetical protein  37.84 
 
 		 401 aa  236  6e-61  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5391  putative beta-lactamase  39.31 
 
 		 414 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2361  beta-lactamase  37.87 
 
 		 401 aa  234  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.597204  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2408  beta-lactamase  37.87 
 
 		 401 aa  234  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.234051  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2402  beta-lactamase  37.98 
 
 		 401 aa  233  6e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3006  beta-lactamase  34.23 
 
 		 423 aa  232  1e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3749  beta-lactamase  39.19 
 
 		 401 aa  232  1e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0280744 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1798  beta-lactamase  35.52 
 
 		 426 aa  230  4e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491739  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3149  beta-lactamase  38.11 
 
 		 430 aa  227  3e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.360137  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8863  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding protein  36.71 
 
 		 468 aa  226  4e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3485  beta-lactamase  40.05 
 
 		 440 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.807296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1601  beta-lactamase  37.53 
 
 		 444 aa  226  8e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2708  Beta-lactamase  41.48 
 
 		 436 aa  226  9e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.259785  normal  0.385071 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2658  beta-lactamase  38.08 
 
 		 401 aa  224  3e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1896  beta-lactamase  36.68 
 
 		 425 aa  219  5e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.227365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0866  beta-lactamase  33.75 
 
 		 382 aa  218  1e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2750  beta-lactamase  37.5 
 
 		 437 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.106005  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0011  beta-lactamase  34.05 
 
 		 427 aa  217  2.9999999999999998e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000120746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0019  beta-lactamase  35.53 
 
 		 416 aa  216  5e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0570  beta-lactamase  34.17 
 
 		 438 aa  213  4.9999999999999996e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6918  putative penicillin binding protein  35.47 
 
 		 422 aa  212  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0589  beta-lactamase  35.65 
 
 		 438 aa  209  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1214  beta-lactamase  31.75 
 
 		 435 aa  207  4e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0253  beta-lactamase  34.13 
 
 		 395 aa  205  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0454  beta-lactamase  34.97 
 
 		 409 aa  200  3e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0579  beta-lactamase  34.13 
 
 		 395 aa  199  6e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.521189  normal  0.351765 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2251  beta-lactamase  31.71 
 
 		 432 aa  192  7e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0456  beta-lactamase  34.22 
 
 		 395 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0463  beta-lactamase  32.19 
 
 		 395 aa  188  2e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0961  twin-arginine translocation pathway signal  35.77 
 
 		 431 aa  187  3e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.205968  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0708  beta-lactamase  33.33 
 
 		 396 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0410275  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3562  beta-lactamase  34.3 
 
 		 394 aa  182  7e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.451729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0582  beta-lactamase  30.81 
 
 		 431 aa  182  9.000000000000001e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2265  twin-arginine translocation pathway signal  35.38 
 
 		 428 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34700  putative beta lactamase  31.82 
 
 		 391 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00182422  normal  0.248771 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0814  beta-lactamase  34.09 
 
 		 422 aa  181  2.9999999999999997e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3564  beta-lactamase  33.75 
 
 		 397 aa  177  3e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6425  beta-lactamase  31.02 
 
 		 437 aa  176  8e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.102177  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1979  beta-lactamase  32.77 
 
 		 398 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.663801  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2589  beta-lactamase  32.77 
 
 		 398 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224311  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4045  beta-lactamase  32.19 
 
 		 393 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1611  beta-lactamase  31.93 
 
 		 411 aa  173  6.999999999999999e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35880  Beta-lactamase-like protein  33.33 
 
 		 396 aa  172  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.184718  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2777  beta-lactamase  33.6 
 
 		 389 aa  171  3e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3476  beta-lactamase  31.94 
 
 		 404 aa  171  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3750  beta-lactamase  33.75 
 
 		 397 aa  170  4e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.697979  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>