More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2011 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2140  protease Do  81.82 
 
 		 523 aa  811    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.750781  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1195  peptidase S1C, Do  73.8 
 
 		 516 aa  717    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3077  putative serine protease do-like precursor  79.25 
 
 		 527 aa  802    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3443  peptidase S1C, Do  91.87 
 
 		 528 aa  924    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.203092  normal  0.0980299 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1841  peptidase S1C, Do  82.45 
 
 		 528 aa  827    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2011  peptidase S1C, Do  100 
 
 		 526 aa  1043    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.963752 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1441  peptidase S1C, Do  75.47 
 
 		 523 aa  763    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5052  protease Do  56.81 
 
 		 520 aa  534  1e-150  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.610685  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1019  peptidase S1C, Do  55.97 
 
 		 525 aa  519  1e-146  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3516  protease Do  55.66 
 
 		 537 aa  488  1e-136  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.277095 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2235  protease Do  55.19 
 
 		 529 aa  475  1e-133  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.355037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0188  protease Do  52.12 
 
 		 524 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.463194 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5887  protease Do  50.58 
 
 		 504 aa  457  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6504  protease Do  50.49 
 
 		 502 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5235  protease Do  53.32 
 
 		 501 aa  449  1e-125  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2667  protease Do  52.83 
 
 		 520 aa  440  9.999999999999999e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4692  protease Do  53.53 
 
 		 503 aa  436  1e-121  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.601387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5157  protease Do  53.32 
 
 		 503 aa  435  1e-121  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0527663 
 
 
-
 
NC_004310  BR0611  serine protease  53.18 
 
 		 513 aa  434  1e-120  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5124  protease Do  50.8 
 
 		 496 aa  433  1e-120  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.38057 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5428  protease Do  52.07 
 
 		 508 aa  433  1e-120  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.025142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4136  protease Do  52.61 
 
 		 496 aa  432  1e-120  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0610  serine protease  53.18 
 
 		 513 aa  434  1e-120  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3827  protease Do  52.82 
 
 		 496 aa  435  1e-120  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0924  protease Do  46.89 
 
 		 527 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.010153  normal  0.0275633 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1073  protease Do  46.14 
 
 		 527 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.952362 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0637  protease Do  47.77 
 
 		 517 aa  408  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.136267  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1368  serine protease DO-like protease  47.92 
 
 		 491 aa  391  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.200414  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0943  protease Do  47.45 
 
 		 491 aa  388  1e-106  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.250261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0434  protease Do family protein  46.2 
 
 		 505 aa  380  1e-104  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3978  protease Do  48.38 
 
 		 483 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0104728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3242  putative trypsin-like serine protease  48.6 
 
 		 483 aa  377  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.263085  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3140  hypothetical protein  45.78 
 
 		 483 aa  374  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.673481  normal  0.234219 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0901  protease Do  49.16 
 
 		 509 aa  365  1e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.24208  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2461  protease Do  43.35 
 
 		 487 aa  356  3.9999999999999996e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.282198 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0942  protease Do  43.23 
 
 		 506 aa  352  1e-95  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0681927  normal  0.773505 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1999  protease Do  42.98 
 
 		 506 aa  351  2e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0697759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0355  serine protease  42.98 
 
 		 493 aa  351  2e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459558  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1382  protease Do  41.48 
 
 		 514 aa  347  2e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.490263  normal  0.542535 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1317  protease Do  43.42 
 
 		 508 aa  345  2e-93  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.278198  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1135  protease Do  43.91 
 
 		 535 aa  340  5e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0887  protease Do  41.97 
 
 		 493 aa  336  7.999999999999999e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0626906  normal  0.172287 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2201  peptidase S1C, Do  43.79 
 
 		 508 aa  335  1e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0763  protease Do  43.5 
 
 		 501 aa  331  2e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2346  peptidase S1C, Do  42.31 
 
 		 496 aa  328  1.0000000000000001e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.466246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2778  protease Do  43.5 
 
 		 511 aa  327  3e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.725165  normal  0.242961 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2733  protease do precursor  41.83 
 
 		 501 aa  327  3e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0138399  normal  0.054673 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2812  serine protease  42.55 
 
 		 528 aa  327  4.0000000000000003e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.498431  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2013  protease Do  48.38 
 
 		 524 aa  325  1e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.316391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2725  peptidase S1C, Do  43.59 
 
 		 497 aa  325  1e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0871  protease Do  41.9 
 
 		 500 aa  324  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2798  protease Do  39.6 
 
 		 588 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.83064  normal  0.454962 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3362  peptidase S1C, Do  40.93 
 
 		 464 aa  321  1.9999999999999998e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000016609  decreased coverage  0.00312332 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1661  protease Do  42.09 
 
 		 498 aa  320  3.9999999999999996e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.179012 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0704  protease Do  42.65 
 
 		 500 aa  317  4e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.762947  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1086  protease Do  42.19 
 
 		 501 aa  316  8e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0760064 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2041  peptidase S1C, Do  43.34 
 
 		 498 aa  316  8e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2883  protease Do  42.74 
 
 		 511 aa  314  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4002  protease Do  42.74 
 
 		 501 aa  314  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3889  protease Do  41.81 
 
 		 524 aa  313  3.9999999999999997e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.42007  normal  0.578189 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0228  protease Do  42.13 
 
 		 457 aa  313  3.9999999999999997e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1797  protease Do  40.62 
 
 		 520 aa  313  4.999999999999999e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2656  protease Do  42.52 
 
 		 511 aa  312  9e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.419635 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0606  protease Do  41 
 
 		 523 aa  312  1e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0210206 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3170  peptidase S1C, Do  40.21 
 
 		 515 aa  311  2e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.963921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3349  peptidase S1C, Do  42.74 
 
 		 499 aa  311  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.181903 
 
 
-
 
NC_004310  BR1394  serine protease Do, putative  40.4 
 
 		 524 aa  311  2.9999999999999997e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1014  peptidase S1C, Do  41.63 
 
 		 476 aa  310  5e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6094  putative Serine protease do-like precursor  42.09 
 
 		 498 aa  310  5e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3911  protease Do  43.41 
 
 		 485 aa  310  5.9999999999999995e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1953  peptidase S1C, Do  40.38 
 
 		 499 aa  309  8e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.100212  normal  0.0596559 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1733  protease Do  40 
 
 		 522 aa  309  8e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.613226  hitchhiker  0.00274873 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3259  peptidase S1C, Do  42.92 
 
 		 497 aa  309  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.324344  normal  0.259222 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1350  putative serine protease Do  40.2 
 
 		 524 aa  307  3e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1746  protease Do  40.86 
 
 		 471 aa  306  6e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2354  protease Do  41.42 
 
 		 518 aa  304  2.0000000000000002e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4529  protease Do  41.45 
 
 		 516 aa  304  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.366084 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2022  protease Do  40.77 
 
 		 459 aa  302  1e-80  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.303504 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0244  protease Do  41.94 
 
 		 458 aa  300  5e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0117444  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4295  protease Do  39.06 
 
 		 466 aa  300  6e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000836052  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3083  trypsin-like serine protease  40.22 
 
 		 462 aa  299  7e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0988  protease Do  41.22 
 
 		 503 aa  298  2e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0294533 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1628  peptidase S1C, Do  37.82 
 
 		 478 aa  298  2e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0040  protease Do  40.84 
 
 		 484 aa  297  3e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0833  protease DO  34.71 
 
 		 497 aa  297  4e-79  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0653734  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0923  protease Do  41.51 
 
 		 503 aa  296  4e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.123789 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0331  trypsin domain/PDZ domain-containing protein  38.7 
 
 		 464 aa  296  8e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00109847  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1365  peptidase S1C, Do  41.09 
 
 		 482 aa  296  9e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0859447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0984  protease Do  41.38 
 
 		 485 aa  295  1e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5274  protease Do  39.35 
 
 		 501 aa  295  1e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2005  protease Do  39.28 
 
 		 475 aa  295  2e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2247  ATPase  41.01 
 
 		 464 aa  295  2e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000505452  normal  0.0343548 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2470  serine protease, MucD  40 
 
 		 502 aa  294  3e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2811  serine protease, MucD  40 
 
 		 502 aa  294  3e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1793  serine protease, MucD  40 
 
 		 502 aa  294  3e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.455589  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1006  protease Do  40 
 
 		 499 aa  294  3e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.836835  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2845  Do family protease  40 
 
 		 502 aa  293  4e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2898  peptidase  40 
 
 		 485 aa  293  4e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3437  peptidase S1C, Do  40.8 
 
 		 472 aa  293  4e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2783  Do family protease  40 
 
 		 502 aa  293  4e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.96749  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>