207 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1931 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1931  dihydroneopterin aldolase  100 
 
 
125 aa  253  5e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.190594  normal  0.863233 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3534  dihydroneopterin aldolase  92.8 
 
 
125 aa  236  7e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0920565  normal  0.287945 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2043  dihydroneopterin aldolase  87.6 
 
 
121 aa  222  2e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1764  dihydroneopterin aldolase  85.95 
 
 
126 aa  213  6e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.276601 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2634  dihydroneopterin aldolase  77.5 
 
 
121 aa  194  3e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0808161  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3025  dihydroneopterin aldolase (DHNA)  75.41 
 
 
122 aa  194  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.415957 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2234  dihydroneopterin aldolase  73.33 
 
 
121 aa  186  7e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35620  dihydroneopterin aldolase  40.8 
 
 
130 aa  99.4  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.192701  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13639  dihydroneopterin aldolase folB  42.24 
 
 
133 aa  95.1  3e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00551431  hitchhiker  0.00236264 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0152  dihydroneopterin aldolase  36.67 
 
 
122 aa  93.6  7e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.011872  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1880  2-amino-4-hydroxy-6- hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase  35.48 
 
 
276 aa  93.6  8e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00242746  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0512  dihydroneopterin aldolase  39.84 
 
 
125 aa  92  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5982  dihydroneopterin aldolase  40.8 
 
 
122 aa  92  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102976  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3529  dihydroneopterin aldolase  38.66 
 
 
145 aa  90.5  7e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.959626  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1852  dihydroneopterin aldolase  39.84 
 
 
470 aa  89.4  2e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0155  dihydroneopterin aldolase  34.71 
 
 
131 aa  89  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1882  2-amino-4-hydroxy-6- hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase  37.19 
 
 
292 aa  89.4  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.586042  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0537  dihydroneopterin aldolase  34.71 
 
 
121 aa  88.6  3e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0923688  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0316  dihydroneopterin aldolase  39.5 
 
 
125 aa  88.6  3e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.17709  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2891  dihydroneopterin aldolase  42.37 
 
 
126 aa  88.2  3e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0550  dihydroneopterin aldolase  34.71 
 
 
121 aa  88.6  3e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5153  dihydroneopterin aldolase  39.67 
 
 
123 aa  87.8  4e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.579067 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0826  dihydroneopterin aldolase  40.65 
 
 
125 aa  88.2  4e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1765  dihydroneopterin aldolase  36.67 
 
 
126 aa  87  8e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0803324  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0562  dihydroneopterin aldolase  39.2 
 
 
127 aa  86.3  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0407  dihydroneopterin aldolase  38.33 
 
 
122 aa  85.1  3e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.248739  decreased coverage  0.00598583 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4785  dihydroneopterin aldolase  37.29 
 
 
144 aa  85.1  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0888028  normal  0.076763 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1499  dihydroneopterin aldolase  35.59 
 
 
119 aa  84.7  3e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00115418  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0073  dihydroneopterin aldolase  33.9 
 
 
126 aa  85.1  3e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0447  dihydroneopterin aldolase  39.67 
 
 
128 aa  84.7  4e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4767  dihydroneopterin aldolase  40 
 
 
125 aa  84.3  6e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4853  dihydroneopterin aldolase  40 
 
 
125 aa  84.3  6e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0096  dihydroneopterin aldolase  45.83 
 
 
123 aa  83.6  7e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1813  dihydroneopterin aldolase  35.83 
 
 
130 aa  83.6  8e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.968446 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27090  dihydroneopterin aldolase  37.29 
 
 
119 aa  83.6  8e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2101  2-amino-4-hydroxy-6- hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase  38.46 
 
 
841 aa  83.6  9e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0311  dihydroneopterin aldolase  34.19 
 
 
118 aa  83.6  9e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0154  dihydroneopterin aldolase  32.77 
 
 
121 aa  82  2e-15  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.867161  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5236  dihydroneopterin aldolase  34.75 
 
 
120 aa  82  2e-15  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  9.22875e-06 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0084  dihydroneopterin aldolase  34.75 
 
 
120 aa  82  3e-15  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.940735  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0921  dihydroneopterin aldolase  34.75 
 
 
119 aa  81.6  3e-15  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.294269  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0317  dihydroneopterin aldolase  40.68 
 
 
135 aa  81.3  4e-15  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1675  dihydroneopterin aldolase  38.79 
 
 
143 aa  81.3  4e-15  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0522559 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0072  dihydroneopterin aldolase  34.75 
 
 
120 aa  80.9  5e-15  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2149  dihydroneopterin aldolase  34.96 
 
 
130 aa  81.3  5e-15  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.457154  normal  0.194696 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4296  dihydroneopterin aldolase  39.52 
 
 
120 aa  80.9  5e-15  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.505209 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0068  dihydroneopterin aldolase  34.75 
 
 
120 aa  80.9  5e-15  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0068  dihydroneopterin aldolase  34.75 
 
 
120 aa  80.9  5e-15  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0072  dihydroneopterin aldolase  34.75 
 
 
120 aa  80.9  5e-15  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0081  dihydroneopterin aldolase  34.75 
 
 
120 aa  80.9  5e-15  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08398e-06 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0068  dihydroneopterin aldolase  34.75 
 
 
120 aa  80.9  5e-15  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0080  dihydroneopterin aldolase  34.75 
 
 
120 aa  81.3  5e-15  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.884777  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1114  dihydroneopterin aldolase  31.36 
 
 
120 aa  80.9  6e-15  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0541  dihydroneopterin aldolase  38.98 
 
 
137 aa  80.9  6e-15  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.224084 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0169  2-amino-4-hydroxy-6- hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase  38.14 
 
 
337 aa  80.9  6e-15  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.0060964  normal  0.143037 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0705  2-amino-4-hydroxy-6- hydroxymethyldihydropteridin epyrophosphokinase  39.67 
 
 
372 aa  78.6  2e-14  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.912553  normal  0.672512 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0071  dihydroneopterin aldolase  33.9 
 
 
120 aa  78.6  2e-14  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2582  dihydroneopterin aldolase  35.34 
 
 
122 aa  79.3  2e-14  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5757  dihydroneopterin aldolase  40.5 
 
 
126 aa  78.2  3e-14  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.608732 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1331  dihydroneopterin aldolase  35.59 
 
 
124 aa  78.6  3e-14  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.951458  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0236  dihydroneopterin aldolase  34.71 
 
 
121 aa  78.6  3e-14  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9171  Dihydroneopterin aldolase  38.33 
 
 
120 aa  78.6  3e-14  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0068  dihydroneopterin aldolase  32.2 
 
 
120 aa  77.8  4e-14  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6217  dihydroneopterin aldolase  37.82 
 
 
123 aa  77.4  7e-14  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4501  dihydroneopterin aldolase  38.14 
 
 
124 aa  76.3  1e-13  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0851  dihydroneopterin aldolase  44.07 
 
 
131 aa  76.6  1e-13  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8421  dihydroneopterin aldolase  36.13 
 
 
147 aa  76.6  1e-13  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2984  2-amino-4-hydroxy-6- hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase  38.98 
 
 
612 aa  75.1  3e-13  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.261755  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4731  dihydroneopterin aldolase  37.19 
 
 
120 aa  74.7  4e-13  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0109626  decreased coverage  2.15916e-05 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3225  dihydroneopterin aldolase family protein  29.66 
 
 
121 aa  74.3  5e-13  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1513  dihydroneopterin aldolase  34.55 
 
 
138 aa  74.3  6e-13  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0965  dihydroneopterin aldolase  35.24 
 
 
128 aa  73.9  6e-13  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.877647  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0040  dihydroneopterin aldolase dihydroneopterin aldolase  27.73 
 
 
125 aa  72.8  2e-12  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4014  dihydroneopterin aldolase  38.84 
 
 
125 aa  72  2e-12  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0154  dihydroneopterin aldolase  37.29 
 
 
119 aa  72.4  2e-12  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2349  dihydroneopterin aldolase  37.29 
 
 
125 aa  71.6  4e-12  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0828441  normal  0.0512574 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1812  dihydroneopterin aldolase  32.2 
 
 
120 aa  70.5  7e-12  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00109072  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1428  dihydroneopterin aldolase  33.05 
 
 
120 aa  70.1  1e-11  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01270  dihydroneopterin aldolase  36.13 
 
 
126 aa  69.7  1e-11  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32060  dihydroneopterin aldolase/2-amino-4-hydroxy-6- hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase  37.5 
 
 
1211 aa  70.1  1e-11  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2194  dihydroneopterin aldolase  30.97 
 
 
123 aa  68.9  2e-11  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343507  normal  0.0385809 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0070  dihydroneopterin aldolase  34.75 
 
 
126 aa  68.2  3e-11  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5834  dihydroneopterin aldolase  32.38 
 
 
116 aa  68.6  3e-11  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.384012  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0630  2-amino-4-hydroxy-6- hydroxymethyldihydropteridin epyrophosphokinase  38.14 
 
 
525 aa  67.8  5e-11  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00284446  normal  0.33156 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1419  dihydroneopterin aldolase  37.19 
 
 
123 aa  67.8  5e-11  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.391018 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0996  dihydroneopterin aldolase  34.21 
 
 
119 aa  67.4  6e-11  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1030  dihydroneopterin aldolase  34.21 
 
 
119 aa  67.4  6e-11  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.235973  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2579  dihydroneopterin aldolase  32.5 
 
 
126 aa  67  9e-11  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2091  dihydroneopterin aldolase  32.41 
 
 
117 aa  67  9e-11  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.951918 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0208  2-amino-4-hydroxy-6- hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase  35.04 
 
 
333 aa  66.6  1e-10  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0493459 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0687  dihydroneopterin aldolase  35.29 
 
 
120 aa  66.6  1e-10  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0757242 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1970  dihydroneopterin aldolase  33.33 
 
 
121 aa  65.5  2e-10  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.380484 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2182  dihydroneopterin aldolase  34.23 
 
 
121 aa  65.9  2e-10  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.441535  normal  0.0141714 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4406  dihydroneopterin aldolase  34.75 
 
 
155 aa  65.5  3e-10  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.114139  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3443  dihydroneopterin aldolase  36.97 
 
 
135 aa  65.1  3e-10  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.996393  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0619  dihydroneopterin aldolase  38.14 
 
 
128 aa  65.1  3e-10  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12830  dihydroneopterin aldolase/2-amino-4-hydroxy-6- hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase  32.79 
 
 
305 aa  64.7  4e-10  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0897405  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2247  dihydroneopterin aldolase  33.33 
 
 
122 aa  64.3  5e-10  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.830681  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5369  dihydroneopterin aldolase  34.71 
 
 
124 aa  63.9  7e-10  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0040071 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0663  dihydroneopterin aldolase  37.07 
 
 
123 aa  63.9  7e-10  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.178119  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>