240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1876 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011662  Tmz1t_1436  phosphoenolpyruvate carboxylase  61.94 
 
 		 920 aa  1077    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0841  Phosphoenolpyruvate carboxylase  49.51 
 
 		 939 aa  700    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1972  phosphoenolpyruvate carboxylase  84.94 
 
 		 936 aa  1602    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2358  phosphoenolpyruvate carboxylase  52.56 
 
 		 985 aa  892    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0606223  normal  0.223721 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2233  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.78 
 
 		 949 aa  894    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.380618  normal  0.0228414 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0729  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.22 
 
 		 994 aa  872    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2180  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.48 
 
 		 1030 aa  851    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.235371  hitchhiker  0.000906218 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3135  phosphoenolpyruvate carboxylase  46.71 
 
 		 929 aa  716    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.365231  normal  0.570221 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0318  phosphoenolpyruvate carboxylase  67.14 
 
 		 926 aa  1170    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.56738  normal  0.211574 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1759  phosphoenolpyruvate carboxylase  57.39 
 
 		 918 aa  936    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0699  phosphoenolpyruvate carboxylase  52.02 
 
 		 1006 aa  886    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2278  phosphoenolpyruvate carboxylase  78.41 
 
 		 928 aa  1423    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.307465  normal  0.35007 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1228  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.12 
 
 		 1085 aa  870    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.774396  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0763  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.65 
 
 		 950 aa  876    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000509332 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5753  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.07 
 
 		 1008 aa  857    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.61686  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2536  Phosphoenolpyruvate carboxylase  48.47 
 
 		 921 aa  767    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0366441  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2167  phosphoenolpyruvate carboxylase  52.03 
 
 		 1002 aa  889    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.524225  normal  0.617309 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2691  phosphoenolpyruvate carboxylase  55 
 
 		 937 aa  936    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0871  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.12 
 
 		 1088 aa  869    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3592  phosphoenolpyruvate carboxylase  89.39 
 
 		 933 aa  1690    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1714  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.62 
 
 		 957 aa  854    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.686661  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0868  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.55 
 
 		 1004 aa  868    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1684  phosphoenolpyruvate carboxylase  79.12 
 
 		 929 aa  1468    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.56004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3665  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.81 
 
 		 970 aa  857    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3412  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.76 
 
 		 994 aa  857    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1876  phosphoenolpyruvate carboxylase  100 
 
 		 933 aa  1901    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.209652 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2691  phosphoenolpyruvate carboxylase  79.3 
 
 		 929 aa  1443    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2750  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.04 
 
 		 1009 aa  890    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.251385  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1373  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.23 
 
 		 947 aa  855    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.333226  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3081  phosphoenolpyruvate carboxylase  48.29 
 
 		 889 aa  729    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.134099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1814  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.8 
 
 		 994 aa  847    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.594671  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2408  phosphoenolpyruvate carboxylase  46.68 
 
 		 946 aa  742    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2335  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.71 
 
 		 998 aa  860    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.361608 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1819  Phosphoenolpyruvate carboxylase  50.43 
 
 		 923 aa  832    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.218615 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2572  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.87 
 
 		 1001 aa  888    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.374778 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1068  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.8 
 
 		 1075 aa  850    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2469  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.82 
 
 		 998 aa  862    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.792272  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2426  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.8 
 
 		 1009 aa  847    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2454  phosphoenolpyruvate carboxylase  46.68 
 
 		 946 aa  742    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.302733  normal  0.778298 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2707  phosphoenolpyruvate carboxylase  46.41 
 
 		 936 aa  711    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136783 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2000  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.16 
 
 		 951 aa  891    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.277994  decreased coverage  0.000144828 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3091  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.85 
 
 		 982 aa  869    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.723203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2889  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.36 
 
 		 949 aa  898    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.695135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2286  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.22 
 
 		 994 aa  872    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1041  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.76 
 
 		 930 aa  873    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0138  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.16 
 
 		 932 aa  793    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.497432 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2367  Phosphoenolpyruvate carboxylase  46.3 
 
 		 945 aa  724    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3003  phosphoenolpyruvate carboxylase  52.23 
 
 		 934 aa  882    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.371181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2999  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.22 
 
 		 994 aa  872    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1069  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.22 
 
 		 994 aa  872    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.954175  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1075  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.22 
 
 		 1024 aa  872    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2448  phosphoenolpyruvate carboxylase  46.68 
 
 		 946 aa  742    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1599  phosphoenolpyruvate carboxylase  51.22 
 
 		 994 aa  872    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.737727  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0707  Phosphoenolpyruvate carboxylase  39.34 
 
 		 884 aa  664    Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3706  phosphoenolpyruvate carboxylase  46.56 
 
 		 937 aa  726    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.625576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2376  phosphoenolpyruvate carboxylase  53.26 
 
 		 949 aa  896    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2430  phosphoenolpyruvate carboxylase  50.85 
 
 		 1009 aa  845    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.76585  normal  0.238617 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2928  phosphoenolpyruvate carboxylase  76.63 
 
 		 928 aa  1419    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.410794  normal  0.863251 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4237  phosphoenolpyruvate carboxylase  40.6 
 
 		 929 aa  609  1e-173  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.582668  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0759  phosphoenolpyruvate carboxylase  38.2 
 
 		 931 aa  602  1.0000000000000001e-171  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0399  Phosphoenolpyruvate carboxylase  39.78 
 
 		 933 aa  601  1e-170  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.917347  normal  0.991386 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0760  phosphoenolpyruvate carboxylase  39.55 
 
 		 940 aa  593  1e-168  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2136  Phosphoenolpyruvate carboxylase  39.83 
 
 		 906 aa  593  1e-168  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2753  phosphoenolpyruvate carboxylase  38.7 
 
 		 952 aa  593  1e-168  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2377  phosphoenolpyruvate carboxylase  38.98 
 
 		 938 aa  583  1.0000000000000001e-165  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.439412 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1759  phosphoenolpyruvate carboxylase  41.25 
 
 		 905 aa  582  1e-164  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0308  Phosphoenolpyruvate carboxylase  37.97 
 
 		 931 aa  573  1.0000000000000001e-162  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1084  phosphoenolpyruvate carboxylase  37.26 
 
 		 929 aa  563  1.0000000000000001e-159  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0630  phosphoenolpyruvate carboxylase  38.91 
 
 		 939 aa  562  1e-158  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0739788  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0770  phosphoenolpyruvate carboxylase  37.62 
 
 		 957 aa  557  1e-157  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.815806  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1883  phosphoenolpyruvate carboxylase  38.4 
 
 		 929 aa  551  1e-155  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1558  Phosphoenolpyruvate carboxylase  38.4 
 
 		 929 aa  551  1e-155  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0614036  unclonable  0.000000000174255 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0875  Phosphoenolpyruvate carboxylase  38.1 
 
 		 947 aa  547  1e-154  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.127499  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1521  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.21 
 
 		 929 aa  543  1e-153  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2121  Phosphoenolpyruvate carboxylase  38.41 
 
 		 946 aa  545  1e-153  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.180736 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0998  Phosphoenolpyruvate carboxylase  34.37 
 
 		 938 aa  525  1e-147  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0614  phosphoenolpyruvate carboxylase  37.72 
 
 		 954 aa  522  1e-146  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0742  Phosphoenolpyruvate carboxylase  38.22 
 
 		 937 aa  520  1e-146  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5805  Phosphoenolpyruvate carboxylase  39.1 
 
 		 914 aa  518  1.0000000000000001e-145  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.454197 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0883  phosphoenolpyruvate carboxylase  37.79 
 
 		 972 aa  510  1e-143  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.3209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2220  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.07 
 
 		 1018 aa  507  9.999999999999999e-143  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0767995 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0261  phosphoenolpyruvate carboxylase  38.29 
 
 		 882 aa  508  9.999999999999999e-143  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.132478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0828  phosphoenolpyruvate carboxylase  37.94 
 
 		 928 aa  508  9.999999999999999e-143  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.891362  normal  0.27066 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2291  phosphoenolpyruvate carboxylase  37.49 
 
 		 883 aa  504  1e-141  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4447  Phosphoenolpyruvate carboxylase  36.46 
 
 		 945 aa  496  9.999999999999999e-139  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0561  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.36 
 
 		 932 aa  494  9.999999999999999e-139  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597332 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2647  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.25 
 
 		 1024 aa  489  1e-137  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.261414  normal  0.0910712 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3469  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.25 
 
 		 1024 aa  489  1e-137  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4238  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.92 
 
 		 1021 aa  493  1e-137  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2134  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.3 
 
 		 1023 aa  488  1e-136  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0836  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.24 
 
 		 1038 aa  487  1e-136  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0254  phosphoenolpyruvate carboxylase  36.46 
 
 		 887 aa  488  1e-136  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.974753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0304  phosphoenolpyruvate carboxylase  36.06 
 
 		 931 aa  481  1e-134  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1822  phosphoenolpyruvate carboxylase  34.19 
 
 		 926 aa  479  1e-134  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.389962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3689  phosphoenolpyruvate carboxylase  35.99 
 
 		 900 aa  481  1e-134  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1468  Phosphoenolpyruvate carboxylase  34.67 
 
 		 898 aa  478  1e-133  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4721  Phosphoenolpyruvate carboxylase  35.03 
 
 		 896 aa  477  1e-133  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0178  Phosphoenolpyruvate carboxylase  37.23 
 
 		 940 aa  477  1e-133  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2522  Phosphoenolpyruvate carboxylase  35.17 
 
 		 898 aa  478  1e-133  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.314131  normal  0.688456 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0994  Phosphoenolpyruvate carboxylase  36.26 
 
 		 892 aa  477  1e-133  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.43848  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>