More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1872 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0586  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.46 
 
 
913 aa  688    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.415477  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3596  multi-sensor hybrid histidine kinase  67.33 
 
 
926 aa  1212    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1968  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  60.11 
 
 
933 aa  1071    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  58.84 
 
 
926 aa  1025    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1872  sensor histidine kinase  100 
 
 
936 aa  1879    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.291512  normal  0.670925 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0119  sensor histidine kinase with PAS/PAC  41.46 
 
 
909 aa  630  1e-179  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0035  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.98 
 
 
921 aa  623  1e-177  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.233169  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4234  sensor histidine kinase  49.65 
 
 
761 aa  528  1e-148  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4235  sensor histidine kinase  51.85 
 
 
754 aa  518  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.507157  normal  0.848747 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7844  sensor histidine kinase  61.7 
 
 
529 aa  481  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6265  sensor histidine kinase  62.18 
 
 
490 aa  472  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0824359  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.57 
 
 
936 aa  469  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0531  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  60.1 
 
 
1193 aa  461  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.04 
 
 
1076 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0545  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.22 
 
 
1053 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0920041 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  54.89 
 
 
1105 aa  436  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0542  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.25 
 
 
1050 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.757487  normal  0.763027 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0366  GAF sensor hybrid histidine kinase  50.99 
 
 
618 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.425505  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.86 
 
 
966 aa  395  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.02 
 
 
810 aa  388  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.76 
 
 
789 aa  385  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.11 
 
 
740 aa  381  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  51.16 
 
 
1036 aa  381  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.24 
 
 
1646 aa  381  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  50 
 
 
1651 aa  382  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.52 
 
 
1036 aa  379  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.49 
 
 
1631 aa  379  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.51 
 
 
673 aa  377  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.33 
 
 
743 aa  379  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.82 
 
 
741 aa  377  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  48.83 
 
 
949 aa  374  1e-102  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.39 
 
 
905 aa  376  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.6 
 
 
949 aa  374  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.8 
 
 
781 aa  370  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2148  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.49 
 
 
655 aa  372  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.440522  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.9 
 
 
943 aa  365  3e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  48.31 
 
 
726 aa  362  2e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  48.86 
 
 
812 aa  362  2e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.83 
 
 
789 aa  357  5.999999999999999e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.83 
 
 
789 aa  357  5.999999999999999e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  48.73 
 
 
571 aa  353  1e-95  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5205  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.25 
 
 
727 aa  353  1e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.32 
 
 
782 aa  350  7e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.63 
 
 
727 aa  349  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3795  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.9 
 
 
807 aa  347  6e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.750808 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.33 
 
 
812 aa  343  8e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  44.52 
 
 
646 aa  342  1e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0024  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50 
 
 
734 aa  343  1e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  43.71 
 
 
646 aa  342  2e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.96 
 
 
807 aa  342  2e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.87 
 
 
818 aa  342  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.34 
 
 
814 aa  341  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  47.88 
 
 
573 aa  341  4e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0137  sensory box histidine kinase/response regulator  46.49 
 
 
611 aa  339  9.999999999999999e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.93 
 
 
732 aa  340  9.999999999999999e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1307  sensory box histidine kinase/response regulator  46.49 
 
 
611 aa  339  9.999999999999999e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  46.63 
 
 
1065 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0163  sensory box histidine kinase/response regulator  46.49 
 
 
611 aa  339  1.9999999999999998e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1041  sensory box histidine kinase/response regulator  46.25 
 
 
611 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2635  sensory box histidine kinase/response regulator  46.25 
 
 
611 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.62 
 
 
622 aa  337  5e-91  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2778  Signal transduction histidine kinase  48.06 
 
 
611 aa  337  5e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.88 
 
 
1065 aa  335  3e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4726  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.96 
 
 
625 aa  334  4e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140851  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.76 
 
 
887 aa  334  5e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.96 
 
 
999 aa  333  1e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  46.02 
 
 
548 aa  332  2e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3600  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  45.5 
 
 
766 aa  332  3e-89  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.35244  normal  0.024803 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.13 
 
 
1086 aa  329  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.87 
 
 
957 aa  329  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3722  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.81 
 
 
845 aa  328  4.0000000000000003e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3112  putative PAS/PAC sensor protein  45.24 
 
 
733 aa  326  1e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.29 
 
 
1132 aa  326  2e-87  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.9 
 
 
1092 aa  325  3e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  37.94 
 
 
1086 aa  325  4e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.32 
 
 
769 aa  324  4e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3617  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.06 
 
 
845 aa  324  4e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.9 
 
 
1050 aa  322  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.13 
 
 
1089 aa  322  3e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1007  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.58 
 
 
557 aa  321  3e-86  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.607179  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3015  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  46.15 
 
 
762 aa  321  3.9999999999999996e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.38 
 
 
889 aa  321  5e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.34 
 
 
1215 aa  320  1e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.21 
 
 
589 aa  318  2e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.73 
 
 
589 aa  318  4e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1221  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  45.09 
 
 
532 aa  317  6e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00178023 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.33 
 
 
589 aa  317  7e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5111  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.33 
 
 
589 aa  317  7e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.6 
 
 
703 aa  317  9e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.75 
 
 
1022 aa  316  9.999999999999999e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.39 
 
 
588 aa  316  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0474386 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.63 
 
 
632 aa  316  9.999999999999999e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.47 
 
 
890 aa  315  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.71 
 
 
916 aa  315  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3268  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.39 
 
 
1079 aa  315  3.9999999999999997e-84  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2700  histidine kinase  41.21 
 
 
534 aa  315  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0483155  normal  0.0451896 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.8 
 
 
853 aa  314  4.999999999999999e-84  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2026  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.06 
 
 
964 aa  313  1e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2898  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.01 
 
 
849 aa  313  1e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16474e-17 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.2 
 
 
492 aa  313  1e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.107728 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>