More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1840 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3627  Beta-glucosidase  89.08 
 
 		 458 aa  853    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.904469  normal  0.578785 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1840  Beta-glucosidase  100 
 
 		 458 aa  940    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.185877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1936  beta-galactosidase  81.76 
 
 		 458 aa  795    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.111209  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6477  putative beta-glucosidase  58.9 
 
 		 450 aa  524  1e-147  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.87446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5087  beta-glucosidase  48.39 
 
 		 453 aa  416  9.999999999999999e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.167744  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15280  glycoside hydrolase family 1  43.64 
 
 		 451 aa  375  1e-103  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000225524  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4587  Beta-glucosidase  45.27 
 
 		 465 aa  375  1e-103  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.349984  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4773  beta-galactosidase  47.09 
 
 		 447 aa  365  1e-100  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1349  beta-galactosidase  45.45 
 
 		 453 aa  362  1e-98  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.135254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0969  beta-galactosidase  44.04 
 
 		 446 aa  360  3e-98  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00738034  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0952  Beta-glucosidase  44.14 
 
 		 446 aa  360  4e-98  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000326763  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1683  beta-galactosidase  43.84 
 
 		 467 aa  356  3.9999999999999996e-97  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.13987  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2763  beta-galactosidase  47.15 
 
 		 436 aa  354  2e-96  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0839  beta-galactosidase  45.98 
 
 		 488 aa  352  7e-96  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.411706  normal  0.263792 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3701  beta-galactosidase  44.06 
 
 		 457 aa  351  1e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1799  beta-galactosidase  41.65 
 
 		 446 aa  352  1e-95  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000188458  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2401  Beta-glucosidase  45.12 
 
 		 452 aa  351  2e-95  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00110187  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2862  Beta-glucosidase  46.08 
 
 		 443 aa  349  6e-95  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.753347  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5333  beta-galactosidase  45.51 
 
 		 470 aa  347  2e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.622206 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0288  beta-galactosidase  45.21 
 
 		 444 aa  347  3e-94  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000531793  normal  0.536803 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7167  Beta-glucosidase  45.9 
 
 		 459 aa  346  4e-94  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0225404 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2605  beta-galactosidase  44.49 
 
 		 472 aa  346  5e-94  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.620464 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1895  beta-galactosidase  43.38 
 
 		 453 aa  346  6e-94  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.785457  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3403  beta-galactosidase  44.06 
 
 		 457 aa  345  7e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.968269  normal  0.135443 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1530  Beta-glucosidase  42.24 
 
 		 438 aa  345  7e-94  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111423  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2422  Beta-glucosidase  42.12 
 
 		 474 aa  345  1e-93  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000277167  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1788  beta-galactosidase  43.58 
 
 		 472 aa  343  2.9999999999999997e-93  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.586379  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0937  beta-galactosidase  44.3 
 
 		 484 aa  342  5.999999999999999e-93  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0483408  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4295  Beta-glucosidase  40.49 
 
 		 447 aa  342  8e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000161333 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2534  beta-galactosidase  43.97 
 
 		 468 aa  342  8e-93  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.574019 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1939  beta-galactosidase  43.24 
 
 		 458 aa  340  2e-92  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.000000180548  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1509  Beta-glucosidase  42.98 
 
 		 478 aa  340  2e-92  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000143364 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0133  beta-galactosidase  43.61 
 
 		 478 aa  340  4e-92  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0212  Beta-glucosidase  40.59 
 
 		 471 aa  340  4e-92  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.292852  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7951  Beta-glucosidase  46.15 
 
 		 437 aa  340  4e-92  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2517  beta-galactosidase  44.32 
 
 		 462 aa  339  7e-92  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.447454  normal  0.232688 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2781  beta-galactosidase  43.88 
 
 		 456 aa  338  9.999999999999999e-92  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0493  beta-galactosidase  42.92 
 
 		 446 aa  338  9.999999999999999e-92  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3614  Beta-glucosidase  47.11 
 
 		 448 aa  337  1.9999999999999998e-91  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1481  beta-galactosidase  42.54 
 
 		 467 aa  337  1.9999999999999998e-91  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1019  Beta-glucosidase  44.02 
 
 		 448 aa  337  2.9999999999999997e-91  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.477065  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6572  Beta-glucosidase  43.72 
 
 		 458 aa  337  2.9999999999999997e-91  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0265684  normal  0.0290842 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0521  Beta-glucosidase  47.53 
 
 		 453 aa  335  7.999999999999999e-91  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1894  beta-galactosidase  41.13 
 
 		 476 aa  335  1e-90  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.301665 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08390  broad-specificity cellobiase  41.34 
 
 		 494 aa  333  4e-90  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.817528  normal  0.180996 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4280  beta-galactosidase  43.74 
 
 		 445 aa  333  4e-90  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0714025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1629  beta-glucosidase  44.1 
 
 		 463 aa  333  5e-90  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.011647  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1733  beta-galactosidase  45.39 
 
 		 482 aa  333  5e-90  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.174879  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3961  Beta-glucosidase  42.27 
 
 		 487 aa  330  2e-89  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000589535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3397  beta-galactosidase  42.11 
 
 		 482 aa  330  5.0000000000000004e-89  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0879388 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3305  Beta-glucosidase  41.76 
 
 		 474 aa  329  8e-89  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.40854 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1560  glycoside hydrolase family protein  42.98 
 
 		 478 aa  327  2.0000000000000001e-88  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.677245 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1578  beta-glucosidase  42.96 
 
 		 450 aa  327  3e-88  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.302978  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3225  beta-galactosidase  44.82 
 
 		 444 aa  327  3e-88  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0188  beta-galactosidase  43.33 
 
 		 472 aa  326  6e-88  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3827  beta-glucosidase  42.49 
 
 		 457 aa  326  7e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100149  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2786  Beta-glucosidase  42.24 
 
 		 468 aa  325  1e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1102  Beta-glucosidase  41.93 
 
 		 448 aa  324  2e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.1825  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2614  beta-galactosidase  41.82 
 
 		 517 aa  324  2e-87  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0808  beta-galactosidase  43.58 
 
 		 466 aa  324  2e-87  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.201383 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06938  beta-glucosidase  40.14 
 
 		 449 aa  324  2e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1402  Beta-glucosidase  40.65 
 
 		 452 aa  323  4e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00588198  normal  0.0441628 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0458  beta-galactosidase  40.27 
 
 		 452 aa  323  5e-87  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000753308  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3061  beta-galactosidase  42.35 
 
 		 456 aa  323  5e-87  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1896  beta-galactosidase  41.1 
 
 		 439 aa  323  6e-87  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.42466 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1638  Beta-glucosidase  39.86 
 
 		 439 aa  322  7e-87  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3174  beta-galactosidase  40.78 
 
 		 451 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00114145  normal  0.862939 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1131  Beta-glucosidase  40.78 
 
 		 451 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.563632  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1183  Beta-glucosidase  41.01 
 
 		 451 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0012185  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0390  Beta-glucosidase  41.38 
 
 		 467 aa  321  1.9999999999999998e-86  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0163066 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2958  Beta-glucosidase  40.94 
 
 		 463 aa  320  3e-86  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7170  Beta-glucosidase  43.78 
 
 		 474 aa  320  3.9999999999999996e-86  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0420556 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3603  TonB-like  39.91 
 
 		 461 aa  319  7e-86  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.70293  hitchhiker  0.00573623 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3917  Beta-glucosidase  42.98 
 
 		 455 aa  319  7e-86  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1084  beta-galactosidase  42.34 
 
 		 482 aa  319  7.999999999999999e-86  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.106414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5888  beta-galactosidase  40.69 
 
 		 470 aa  318  1e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2840  beta-galactosidase  41.14 
 
 		 500 aa  318  1e-85  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.574509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1216  beta-glucosidase  41.01 
 
 		 451 aa  317  2e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.282879  normal  0.209165 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2607  Beta-glucosidase  40.83 
 
 		 443 aa  317  2e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.776876  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3445  beta-galactosidase  39.57 
 
 		 499 aa  317  2e-85  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6279  beta-galactosidase  41.63 
 
 		 463 aa  317  2e-85  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3706  beta-glucosidase  39.33 
 
 		 443 aa  316  5e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1082  beta-galactosidase  40.45 
 
 		 447 aa  316  5e-85  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.655373  normal  0.120438 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1316  Beta-glucosidase  40.09 
 
 		 443 aa  316  6e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2689  beta-galactosidase  41.2 
 
 		 479 aa  315  9.999999999999999e-85  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.651295 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2440  beta-galactosidase  40.72 
 
 		 491 aa  313  4.999999999999999e-84  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.972736  n/a   
 
 
-
 
NC_011697  PHATRDRAFT_50351  beta-glucosidase  41.08 
 
 		 909 aa  312  6.999999999999999e-84  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00482034  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0326  Beta-glucosidase  41.68 
 
 		 466 aa  312  6.999999999999999e-84  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1111  Beta-glucosidase  39.45 
 
 		 456 aa  311  2e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.127283  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5434  beta-galactosidase  42.01 
 
 		 463 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.139102  normal  0.287143 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5462  Beta-glucosidase  41.96 
 
 		 489 aa  310  2.9999999999999997e-83  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0402  beta-galactosidase  41.12 
 
 		 494 aa  309  5.9999999999999995e-83  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2046  beta-galactosidase  42.48 
 
 		 457 aa  308  9e-83  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10170  broad-specificity cellobiase  43.76 
 
 		 479 aa  307  2.0000000000000002e-82  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2084  Beta-glucosidase  40.59 
 
 		 440 aa  307  3e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.483435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4221  Beta-glucosidase  41.79 
 
 		 467 aa  306  5.0000000000000004e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0294315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2977  glycoside hydrolase family protein  39.05 
 
 		 473 aa  306  6e-82  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03797  beta-glucosidase  39.43 
 
 		 452 aa  306  7e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1754  beta-galactosidase  41.48 
 
 		 485 aa  305  8.000000000000001e-82  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0528393 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1520  Beta-glucosidase  41.01 
 
 		 440 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0705421 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>