More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1791 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 246 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  77.51 
 
 		 243 aa  318  3.9999999999999996e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  64.71 
 
 		 238 aa  259  4e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0716  TetR family transcriptional regulator  63.48 
 
 		 211 aa  243  1.9999999999999999e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.281964  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  59.67 
 
 		 219 aa  234  9e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  42.34 
 
 		 224 aa  162  5.0000000000000005e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2371  TetR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 230 aa  153  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.533189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  45.6 
 
 		 218 aa  149  4e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.467706 
 
 
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NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  40.4 
 
 		 218 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
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NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  43.32 
 
 		 217 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 209 aa  137  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3412  TetR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 206 aa  132  6e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.430092  normal  0.661157 
 
 
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NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  40.3 
 
 		 207 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 228 aa  130  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
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NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 209 aa  129  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  33.91 
 
 		 230 aa  122  7e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1313  transcriptional regulator TetR family  35.75 
 
 		 213 aa  118  9e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 273 aa  115  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007958  RPD_2036  regulatory protein, TetR  38.16 
 
 		 206 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.284785 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  37.43 
 
 		 247 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 		 255 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 232 aa  110  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 266 aa  108  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 231 aa  108  7.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 214 aa  108  8.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  32.5 
 
 		 264 aa  108  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  33.5 
 
 		 210 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2781  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 206 aa  107  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000487748 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2165  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 		 228 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  35.88 
 
 		 221 aa  103  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  31.98 
 
 		 210 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 220 aa  102  7e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  34.88 
 
 		 225 aa  99.4  5e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 233 aa  99  7e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 217 aa  98.6  9e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 226 aa  97.1  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 204 aa  96.7  3e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 242 aa  95.9  5e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 214 aa  90.9  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 210 aa  87.4  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
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NC_012857  Rpic12D_4455  transcriptional regulator, TetR family  31.21 
 
 		 215 aa  85.9  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0390638 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 243 aa  85.5  7e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
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NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  38.99 
 
 		 218 aa  84  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
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NC_007650  BTH_II0441  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 233 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 214 aa  81.3  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  40.46 
 
 		 222 aa  79.3  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  34.71 
 
 		 213 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  31.79 
 
 		 217 aa  76.6  0.0000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
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NC_008347  Mmar10_0507  TetR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 211 aa  76.3  0.0000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.982351 
 
 
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NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  33.88 
 
 		 213 aa  75.5  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  32.21 
 
 		 209 aa  73.6  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 226 aa  72  0.000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0450  TetR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 201 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 238 aa  71.2  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 208 aa  70.5  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 205 aa  70.1  0.00000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  33.53 
 
 		 211 aa  70.5  0.00000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 209 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4073  putative transcriptional regulator, TetR family  34.53 
 
 		 208 aa  68.9  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.134392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 211 aa  68.9  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  35.29 
 
 		 217 aa  68.6  0.00000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 213 aa  68.6  0.00000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05643  putative transcription regulator protein  27.98 
 
 		 233 aa  68.2  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2593  putative transcriptional regulator, TetR family  32.31 
 
 		 205 aa  67.8  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0854341 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  25.95 
 
 		 220 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 216 aa  67.8  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  30.51 
 
 		 212 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 213 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2293  TetR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 204 aa  67.4  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 289 aa  67.4  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 213 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1252  TetR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 202 aa  67  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0581191  normal  0.11609 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  25.95 
 
 		 220 aa  67.4  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0155  TetR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 222 aa  67  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 213 aa  66.2  0.0000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 206 aa  66.2  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0994  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 214 aa  66.2  0.0000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146386  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1848  TetR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011885  Cyan7425_0056  transcriptional regulator, TetR family  27.69 
 
 		 198 aa  65.5  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  29.92 
 
 		 236 aa  65.5  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009079  BMA10247_A0169  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 321 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.964419  n/a   
 
 
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NC_008784  BMASAVP1_1313  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 321 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009075  BURPS668_A2773  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 321 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009078  BURPS1106A_A2630  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 321 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_006349  BMAA0142  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 288 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007435  BURPS1710b_A1036  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 288 aa  65.1  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  31.9 
 
 		 200 aa  65.1  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
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NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  31.9 
 
 		 200 aa  65.1  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_010172  Mext_3623  regulatory protein TetR  28.48 
 
 		 193 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.755125  normal  1 
 
 
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NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 211 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  25.99 
 
 		 216 aa  64.3  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009972  Haur_2226  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 210 aa  64.3  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011757  Mchl_3915  transcriptional regulator, TetR family  27.88 
 
 		 215 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 218 aa  63.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
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NC_012669  Bcav_0542  transcriptional regulator, TetR family  37.93 
 
 		 210 aa  63.9  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.669667 
 
 
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NC_009832  Spro_1128  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  30.34 
 
 		 227 aa  63.5  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000181094 
 
 
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NC_010730  SYO3AOP1_1381  transcriptional regulator, TetR family  32.97 
 
 		 184 aa  63.5  0.000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.419771  n/a   
 
 
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NC_008148  Rxyl_0440  TetR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 207 aa  63.2  0.000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 212 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
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