234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1644 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1644  thioesterase superfamily protein  100 
 
 
151 aa  310  5.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3842  thioesterase superfamily protein  90.67 
 
 
157 aa  280  6.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.601909  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4476  thioesterase superfamily protein  84.51 
 
 
142 aa  260  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.474208  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5551  putative thioesterase  68.92 
 
 
154 aa  219  8e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.427628 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3629  thioesterase superfamily protein  37.4 
 
 
147 aa  120  7e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3477  thioesterase superfamily protein  43.28 
 
 
144 aa  120  9e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.288335  normal  0.350284 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3305  thioesterase superfamily protein  36.64 
 
 
147 aa  119  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1411  thioesterase superfamily protein  40.43 
 
 
148 aa  113  7.999999999999999e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2619  thioesterase superfamily protein  38.64 
 
 
140 aa  108  3e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2608  thioesterase superfamily protein  39.29 
 
 
141 aa  94.4  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.331669 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4621  thioesterase superfamily protein  41.07 
 
 
145 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.921901  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0426  thioesterase superfamily protein  34.81 
 
 
155 aa  73.2  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2347  thioesterase superfamily protein  36.13 
 
 
132 aa  72.4  0.000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.754827  normal  0.0192186 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0244  thioesterase superfamily protein  34.4 
 
 
163 aa  70.5  0.000000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.758642  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0036  thioesterase superfamily protein  34.62 
 
 
139 aa  69.7  0.00000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2835  thioesterase superfamily protein  32.35 
 
 
142 aa  66.6  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2882  thioesterase superfamily protein  28.91 
 
 
149 aa  65.9  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00000187556  decreased coverage  0.00358104 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3323  thioesterase superfamily protein  29.41 
 
 
145 aa  64.3  0.0000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2050  hypothetical protein  32.31 
 
 
150 aa  63.9  0.0000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00110893  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1213  thioesterase superfamily protein  31.47 
 
 
150 aa  63.2  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.00301171  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1769  thioesterase superfamily protein  33.91 
 
 
147 aa  63.2  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.201031  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3156  thioesterase superfamily protein  26.92 
 
 
150 aa  63.5  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4557  thioesterase superfamily protein  31.43 
 
 
145 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.215777  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2141  thioesterase superfamily protein  34.45 
 
 
164 aa  62.4  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000000226869  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1681  putative Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase  33.33 
 
 
163 aa  62.4  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.10124  normal  0.0917493 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1608  thioesterase superfamily protein  31.54 
 
 
150 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2654  thioesterase family protein  32.35 
 
 
203 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0931  thioesterase superfamily protein  31.43 
 
 
145 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.236887  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1413  thioesterase superfamily protein  31.43 
 
 
145 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.236272  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1465  thioesterase superfamily protein  26.77 
 
 
136 aa  61.6  0.000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2551  thioesterase superfamily protein  31.3 
 
 
145 aa  61.6  0.000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.571355 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10164  hypothetical protein  31.78 
 
 
151 aa  61.6  0.000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0277  thioesterase superfamily protein  30.95 
 
 
143 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0872113 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3014  thioesterase superfamily protein  30 
 
 
139 aa  61.2  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.80515  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3704  thioesterase superfamily protein  31.79 
 
 
153 aa  60.5  0.000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3691  thioesterase superfamily protein  33.91 
 
 
150 aa  60.1  0.000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3395  thioesterase superfamily protein  32.39 
 
 
153 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.435542  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0092  hypothetical protein  28.24 
 
 
161 aa  60.1  0.00000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190576  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1391  thioesterase superfamily protein  31.43 
 
 
145 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.243667 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4309  thioesterase superfamily protein  29.23 
 
 
156 aa  58.9  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.515868  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4436  hypothetical protein  30.89 
 
 
158 aa  59.3  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0662  thioesterase superfamily protein  30.25 
 
 
137 aa  59.3  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3287  thioesterase superfamily protein  27.94 
 
 
140 aa  59.7  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0335707  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3586  thioesterase superfamily protein  31.13 
 
 
153 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.764117  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3106  thioesterase superfamily protein  34.33 
 
 
156 aa  58.9  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.346336  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5175  thioesterase superfamily protein  30 
 
 
139 aa  58.5  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.641217 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2748  thioesterase superfamily protein  34.13 
 
 
149 aa  58.5  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.381666  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2415  thioesterase superfamily protein  28.57 
 
 
136 aa  58.9  0.00000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.334268  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1807  thioesterase superfamily protein  31.97 
 
 
138 aa  57.8  0.00000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3983  thioesterase superfamily protein  30.47 
 
 
139 aa  57.8  0.00000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.813194  normal  0.0353277 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3086  thioesterase superfamily protein  29.17 
 
 
147 aa  57.8  0.00000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000791205  normal  0.0550819 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1293  thioesterase superfamily protein  30.71 
 
 
145 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.263092  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0966  thioesterase superfamily protein  32.23 
 
 
145 aa  57.8  0.00000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1882  thioesterase superfamily protein  30.77 
 
 
144 aa  57.4  0.00000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3308  thioesterase superfamily protein  31.54 
 
 
188 aa  57.4  0.00000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.362677  normal  0.831787 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1367  thioesterase superfamily protein  31.2 
 
 
162 aa  57  0.00000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.0000075245  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1611  thioesterase superfamily protein  29.85 
 
 
147 aa  57  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0525726  normal  0.904244 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1332  thioesterase superfamily protein  30.71 
 
 
145 aa  57  0.00000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0269982  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2225  thioesterase family protein  30.08 
 
 
135 aa  57  0.0000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.713271  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1317  putative 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase  31.54 
 
 
149 aa  57  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1939  thioesterase superfamily protein  29.85 
 
 
147 aa  57  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.158219  hitchhiker  0.00402541 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1202  thioesterase superfamily protein  34.45 
 
 
175 aa  56.6  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000375293  normal  0.571615 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2680  thioesterase superfamily protein  25.62 
 
 
133 aa  56.2  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1937  thioesterase superfamily protein  27.73 
 
 
136 aa  55.8  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00538677  normal  0.170289 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04031  thioesterase family protein domain protein  28.57 
 
 
145 aa  56.2  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0101  thioesterase superfamily protein  25.95 
 
 
161 aa  55.8  0.0000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2493  thioesterase superfamily protein  32.8 
 
 
162 aa  55.8  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0808355  normal  0.025023 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2066  thioesterase superfamily protein  32.77 
 
 
160 aa  55.8  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.576639  hitchhiker  0.00365834 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1678  thioesterase superfamily protein  30.08 
 
 
145 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.71411 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04892  putative thioesterase  28.23 
 
 
134 aa  55.1  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000899406  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1267  thioesterase superfamily protein  31.5 
 
 
133 aa  55.1  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.384152  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0719  thioesterase family protein  30.77 
 
 
149 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0382  thioesterase superfamily protein  34.17 
 
 
143 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3160  thioesterase superfamily protein  30.08 
 
 
180 aa  55.5  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2836  thioesterase superfamily protein  27.97 
 
 
146 aa  55.5  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0443  thioesterase family protein  30.77 
 
 
149 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1648  thioesterase family protein  30.77 
 
 
149 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.129475  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1670  thioesterase family protein  30.77 
 
 
149 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.895942  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2820  hypothetical protein  29.46 
 
 
147 aa  54.7  0.0000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.132561 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1824  thioesterase family protein  30.77 
 
 
181 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.814646  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4640  thioesterase superfamily protein  28.24 
 
 
132 aa  54.7  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.4763  hitchhiker  0.00279104 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1437  thioesterase family protein  30.77 
 
 
181 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4741  thioesterase superfamily protein  27.78 
 
 
153 aa  54.7  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0117203  normal  0.418796 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0112  thioesterase superfamily protein  30.83 
 
 
147 aa  54.7  0.0000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0121  thioesterase superfamily protein  30.83 
 
 
147 aa  54.7  0.0000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.750457  normal  0.0163891 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1508  putative thioesterase  33.33 
 
 
153 aa  54.7  0.0000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0888126  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0102  thioesterase superfamily protein  30.83 
 
 
147 aa  54.7  0.0000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.208156 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1898  thioesterase superfamily protein  30.53 
 
 
140 aa  53.9  0.0000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.292723 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2261  thioesterase superfamily protein  30.36 
 
 
161 aa  53.5  0.0000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0815  thioesterase superfamily protein  26.12 
 
 
139 aa  53.5  0.0000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.545456  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1151  thioesterase superfamily protein  31.71 
 
 
133 aa  53.5  0.0000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.758431  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07490  predicted thioesterase  30.25 
 
 
155 aa  53.5  0.0000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.736623 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3772  thioesterase superfamily protein  27.13 
 
 
142 aa  53.1  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.478707  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1644  thioesterase superfamily protein  28.7 
 
 
148 aa  53.1  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0906  thioesterase family protein  31.25 
 
 
125 aa  53.1  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.661315  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1210  thioesterase superfamily protein  31.09 
 
 
134 aa  53.5  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000686795  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2677  thioesterase superfamily protein  27.69 
 
 
140 aa  53.5  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1058  putative thioesterase  28.38 
 
 
151 aa  52.4  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0326  hypothetical protein  27.56 
 
 
135 aa  52.4  0.000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1586  hypothetical protein  27.56 
 
 
135 aa  52.4  0.000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.689627  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>