237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1547 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1547  ATPase  100 
 
 
269 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.591966  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2838  CbbQ/NirQ/NorQ C-terminal domain-containing protein  75.38 
 
 
268 aa  429  1e-119  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.990465  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3190  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  75.77 
 
 
267 aa  425  1e-118  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.209478  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1044  CbbQ/NirQ/NorQ C-terminal domain-containing protein  76.49 
 
 
268 aa  426  1e-118  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.552849  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2746  cbbQ protein  75.77 
 
 
266 aa  421  1e-117  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.728078  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2622  rubisco activation protein CbbQ  75.38 
 
 
267 aa  423  1e-117  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0905  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  73.46 
 
 
267 aa  421  1e-117  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1976  ATPase  73.46 
 
 
307 aa  417  1e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.919685  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1678  p30 protein  73.31 
 
 
267 aa  419  1e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.155235  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1376  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  73.31 
 
 
267 aa  419  1e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.428584  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0871  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  74.03 
 
 
267 aa  414  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4344  ATPase  73.08 
 
 
278 aa  414  9.999999999999999e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.785303  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1499  ATPase  73.08 
 
 
267 aa  415  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00779848  normal  0.0229938 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4065  hypothetical protein  73.95 
 
 
271 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.312415 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3053  CbbQ protein  73.85 
 
 
267 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2662  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  73.85 
 
 
267 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0131  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  70.61 
 
 
268 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0429  ATPase  71.96 
 
 
272 aa  394  1e-109  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1094  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  68.68 
 
 
267 aa  389  1e-107  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2637  rubisco activation protein CbbQ  69.23 
 
 
268 aa  390  1e-107  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0423  ATPase  65.79 
 
 
266 aa  388  1e-107  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3766  CbbQ/NirQ/NorQ domain-containing protein  69.73 
 
 
268 aa  387  1e-107  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1977  CbbQ/NirQ/NorQ C-terminal domain-containing protein  69.8 
 
 
265 aa  385  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4904  ATPase  68.32 
 
 
272 aa  378  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.465614 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2156  CbbQ protein  64.71 
 
 
272 aa  375  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.126765  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1815  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  64.71 
 
 
272 aa  375  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3640  ATPase  64.64 
 
 
285 aa  365  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.232524  normal  0.0364996 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2684  ATPase  60.67 
 
 
279 aa  347  1e-94  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0601  ATPase  64.29 
 
 
265 aa  341  7e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.309548  normal  0.0418283 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1966  putative cbbQ/nirQ/norQ/gpvN family protein  61.09 
 
 
266 aa  338  4e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.947732 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3615  nitric-oxide reductase NorQ protein  62.31 
 
 
280 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0071998  normal  0.061838 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2164  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  57.14 
 
 
286 aa  328  4e-89  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1254  ATPase  61.3 
 
 
284 aa  325  3e-88  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0869  nitric oxide reductase activation protein NorQ  57.74 
 
 
270 aa  325  4.0000000000000003e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2164  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  59.61 
 
 
271 aa  325  4.0000000000000003e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.152394  hitchhiker  0.00000222341 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2536  CbbQ/NirQ/NorQ/GpvN family protein  59.61 
 
 
276 aa  325  7e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.95955  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0651  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  54.96 
 
 
286 aa  317  1e-85  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.486939  normal  0.117571 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3134  ATPase  52.55 
 
 
280 aa  312  3.9999999999999997e-84  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1844  ATPase AAA_5  57.36 
 
 
279 aa  309  4e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.79049  normal  0.260882 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3434  ATPase  57.48 
 
 
267 aa  303  1.0000000000000001e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.513297  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2766  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  57.09 
 
 
267 aa  302  3.0000000000000004e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.27338  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1467  ATPase  59.75 
 
 
277 aa  302  4.0000000000000003e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.232616 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0824  nitric oxide reductase activation protein NorQ  60.73 
 
 
270 aa  301  7.000000000000001e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.569782  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0558  putative nitric oxide reductase activation protein NorQ  55.98 
 
 
271 aa  300  2e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.365117  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3121  ATPase  55.12 
 
 
260 aa  299  3e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.209587  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2119  ATPase  56.86 
 
 
270 aa  296  2e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.976188 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3185  nitric oxide reductase Q protein  55.25 
 
 
268 aa  292  4e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.540661  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0972  ATPase  54.92 
 
 
265 aa  292  4e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.750079  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1978  ATPase  52.17 
 
 
285 aa  291  7e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2319  denitrification regulatory protein nirQ  55.82 
 
 
260 aa  291  9e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.101351  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2538  ATPase  57.42 
 
 
283 aa  290  2e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2576  ATPase  57.42 
 
 
283 aa  290  2e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0133764  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4155  ATPase  58.14 
 
 
282 aa  290  2e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.175272  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2583  ATPase  57.42 
 
 
283 aa  290  2e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4196  ATPase  57.09 
 
 
273 aa  290  2e-77  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.220432  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0119  ATPase  52.92 
 
 
270 aa  289  3e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1848  ATPase  55.29 
 
 
275 aa  287  1e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0322  NorQ protein required for nitric oxide reductase activity  54.86 
 
 
265 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1967  ATPase  54.86 
 
 
265 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3738  ATPase  57.87 
 
 
282 aa  285  4e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.232377  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3726  ATPase  57.87 
 
 
282 aa  285  4e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0460635  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3799  ATPase  57.87 
 
 
282 aa  285  4e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00566869 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4388  ATPase  54.33 
 
 
270 aa  285  5e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0269278  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2458  ATPase  57.09 
 
 
273 aa  285  8e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.377352 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1517  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  54.62 
 
 
271 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6287  ATPase  54.84 
 
 
272 aa  283  2.0000000000000002e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3194  ATPase  53.73 
 
 
260 aa  283  3.0000000000000004e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06770  regulatory protein NirQ  55.37 
 
 
260 aa  282  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2090  NorD protein required for nitric oxide reductase (Nor) activity (putative chaperone, ATPase)  53.53 
 
 
269 aa  281  7.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.835685 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0621  regulatory protein NirQ  53.31 
 
 
260 aa  281  1e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0226  CbbQ/NirQ/NorQ/GpvN family protein  52.34 
 
 
270 aa  278  8e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0250  CbbQ/NirQ/NorQ/GpvN family protein  51.95 
 
 
270 aa  277  1e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.326852  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1643  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  55.24 
 
 
270 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2482  ATPase  55.69 
 
 
270 aa  274  1.0000000000000001e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.986613 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2602  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  51.37 
 
 
266 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1772  ATPase  48.36 
 
 
266 aa  232  4.0000000000000004e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4975  ATPase  47.95 
 
 
267 aa  229  3e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.352604  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4418  ATPase  49.52 
 
 
267 aa  212  5.999999999999999e-54  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.999238  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4505  ATPase  49.52 
 
 
267 aa  212  5.999999999999999e-54  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4799  ATPase  49.05 
 
 
267 aa  208  9e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.446718  normal  0.789271 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3252  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  33.89 
 
 
308 aa  105  6e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.255293  normal  0.0133684 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1683  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  35.25 
 
 
278 aa  99  7e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0979  CbbQ/NirQ/NorQ/GpvN family protein  26.03 
 
 
263 aa  96.3  4e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1470  ATPase  25.51 
 
 
263 aa  92.4  6e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.33277  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1499  ATPase  25.51 
 
 
263 aa  92.4  6e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2158  cobS protein, putative  27.44 
 
 
313 aa  85.5  8e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1368  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  26.69 
 
 
301 aa  85.1  0.000000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000052679  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0538  ATPase  26.36 
 
 
297 aa  84  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4201  ATPase  29.36 
 
 
324 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.180208  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0591  NorQ protein  26.36 
 
 
297 aa  84  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0535  nitric-oxide reductase  26.36 
 
 
297 aa  84  0.000000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0535  nitric-oxide reductase  26.36 
 
 
297 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0624  norq protein  26.36 
 
 
297 aa  84  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.695502  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0679  putative norQ protein  26.36 
 
 
297 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000358877 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4676  putative norQ protein  25.94 
 
 
297 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  3.7049199999999996e-21 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_71553  predicted protein  29.76 
 
 
4979 aa  82.8  0.000000000000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.473575 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1633  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  28.08 
 
 
290 aa  82.8  0.000000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000122684  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2541  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  29.96 
 
 
291 aa  82.8  0.000000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0661  putative norQ protein  25.94 
 
 
297 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0536  ATPase  26.24 
 
 
297 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>