25 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1530 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1530  rubrerythrin  100 
 
 
178 aa  361  4e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.88672  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2957  Rubrerythrin  44.31 
 
 
179 aa  135  4e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.179708  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2723  rubrerythrin  42.59 
 
 
167 aa  121  6e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0811811  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0695  rubrerythrin  41.21 
 
 
170 aa  111  4.0000000000000004e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.289242  normal  0.0810169 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0478  hypothetical protein  39.58 
 
 
151 aa  95.9  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0286  rubrerythrin  34.01 
 
 
174 aa  82.8  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0660179 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6006  hypothetical protein  39.19 
 
 
286 aa  81.6  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00787853 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3779  rubrerythrin  32.24 
 
 
163 aa  78.6  0.00000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2138  hypothetical protein  30.07 
 
 
162 aa  75.5  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.942475  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1840  ferredoxin  32.47 
 
 
302 aa  73.2  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1839  hypothetical protein  30.92 
 
 
162 aa  73.2  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2337  hypothetical protein  31.25 
 
 
159 aa  72.4  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3445  hypothetical protein  29.41 
 
 
162 aa  70.9  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.35818  normal  0.0368438 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2009  hypothetical protein  28.57 
 
 
162 aa  69.3  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2075  rubrerythrin  32.26 
 
 
175 aa  67.8  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.74926  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2139  ferredoxin  32.24 
 
 
302 aa  63.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3444  ferredoxin  31.82 
 
 
301 aa  63.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.442671  normal  0.0403567 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10400  hypothetical protein  29.14 
 
 
155 aa  63.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2379  rubrerythrin  33.33 
 
 
337 aa  63.2  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2010  ferredoxin  31.37 
 
 
301 aa  63.2  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1881  Rubrerythrin  30.97 
 
 
174 aa  62.4  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1802  Rubrerythrin  30.32 
 
 
174 aa  61.2  0.000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10560  ferritin-like protein  31.45 
 
 
152 aa  56.2  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.639396  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1750  rubrerythrin  30.12 
 
 
175 aa  54.3  0.0000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.386737 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2863  rubrerythrin  29.79 
 
 
272 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>