More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1517 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1517  inner-membrane translocator  100 
 
 		 309 aa  604  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0366  inner-membrane translocator  74.68 
 
 		 310 aa  462  1e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000392686  unclonable  0.0000000558621 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0678  inner-membrane translocator  50.66 
 
 		 314 aa  287  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.297461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4551  inner-membrane translocator  50 
 
 		 314 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4795  inner-membrane translocator  47.74 
 
 		 319 aa  270  2e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.341671  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  46.64 
 
 		 317 aa  256  2e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0891  inner-membrane translocator  47.64 
 
 		 320 aa  254  2.0000000000000002e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  42.86 
 
 		 337 aa  243  3.9999999999999997e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  45.96 
 
 		 321 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1482  inner-membrane translocator  46.21 
 
 		 360 aa  238  9e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  48.04 
 
 		 319 aa  231  1e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  45.99 
 
 		 327 aa  230  2e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0384  ABC transporter related  42.67 
 
 		 614 aa  229  5e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  44.16 
 
 		 328 aa  227  2e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  43.69 
 
 		 321 aa  225  6e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  44.91 
 
 		 332 aa  222  7e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  41.37 
 
 		 335 aa  216  2.9999999999999998e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.94 
 
 		 326 aa  215  7e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3103  inner-membrane translocator  42.63 
 
 		 354 aa  211  2e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2040  inner-membrane translocator  44.92 
 
 		 320 aa  210  3e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000437253 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2187  inner-membrane translocator  44.92 
 
 		 320 aa  210  3e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  40.55 
 
 		 325 aa  195  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0670  inner-membrane translocator  40.39 
 
 		 335 aa  189  7e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2363  inner-membrane translocator  41.5 
 
 		 325 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0322104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  37.92 
 
 		 328 aa  186  5e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.58 
 
 		 339 aa  185  1.0000000000000001e-45  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2500  inner-membrane translocator  37.78 
 
 		 317 aa  179  4.999999999999999e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3055  inner-membrane translocator  37.18 
 
 		 324 aa  179  7e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  37.68 
 
 		 318 aa  178  8e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1047  inner-membrane translocator  38.15 
 
 		 314 aa  178  8e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.210224 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0112  inner-membrane translocator  39.54 
 
 		 327 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2554  inner-membrane translocator  38.82 
 
 		 322 aa  177  1e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4062  ABC transporter related  34.44 
 
 		 606 aa  173  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2238  inner-membrane translocator  37.72 
 
 		 326 aa  172  9e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3519  ABC transporter related  36.65 
 
 		 643 aa  171  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3368  ABC transporter related  36.18 
 
 		 593 aa  171  1e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  34.8 
 
 		 407 aa  171  1e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  32.91 
 
 		 349 aa  171  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2738  inner-membrane translocator  37.23 
 
 		 360 aa  170  3e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.58 
 
 		 423 aa  170  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  34.88 
 
 		 415 aa  169  6e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0092  ABC transporter related  37.82 
 
 		 594 aa  168  8e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.500773 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.97 
 
 		 322 aa  168  9e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  32.99 
 
 		 348 aa  168  1e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4098  inner-membrane translocator:ABC transporter related  35.95 
 
 		 950 aa  167  1e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3273  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  37.13 
 
 		 594 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.841496  normal  0.164323 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3769  ABC transporter related  35.86 
 
 		 593 aa  168  1e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2318  ABC transporter related protein  35.59 
 
 		 589 aa  168  1e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  34.68 
 
 		 407 aa  167  2e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1580  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.33 
 
 		 317 aa  167  2.9999999999999998e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.571371  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  35.49 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0082  ABC transporter related  36.86 
 
 		 594 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.999385  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0267  ABC transporter related  35.91 
 
 		 598 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.59454  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0403  inner-membrane translocator  33.87 
 
 		 346 aa  165  6.9999999999999995e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0354  inner-membrane translocator  36.86 
 
 		 311 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112024  normal  0.284931 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0091  ABC transporter related  36.63 
 
 		 594 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2016  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 318 aa  164  1.0000000000000001e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292526 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0108  ABC transporter related  36.81 
 
 		 594 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2964  ABC transporter related  36.96 
 
 		 594 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0091  ABC transporter related  36.96 
 
 		 594 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.34 
 
 		 307 aa  164  3e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3708  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  35.07 
 
 		 646 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.400523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0913  ABC transporter related  35.34 
 
 		 646 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0610  ABC transporter related  36.26 
 
 		 647 aa  162  8.000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2111  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.31 
 
 		 298 aa  162  8.000000000000001e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0535  inner-membrane translocator  35.1 
 
 		 401 aa  162  9e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000217655 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3838  inner-membrane translocator  35.17 
 
 		 315 aa  161  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.242692  normal  0.204744 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0934  inner-membrane translocator  34.33 
 
 		 327 aa  161  1e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000511533  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3350  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.92 
 
 		 423 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4430  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.92 
 
 		 423 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460917  hitchhiker  0.00013336 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5017  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.92 
 
 		 423 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5270  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.92 
 
 		 423 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4945  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.58 
 
 		 423 aa  161  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.487918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0653  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.58 
 
 		 423 aa  161  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0026  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  36.18 
 
 		 594 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0474  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 336 aa  159  4e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1135  inner-membrane translocator  39.84 
 
 		 298 aa  160  4e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.433507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  36.42 
 
 		 358 aa  159  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2252  inner-membrane translocator  37.74 
 
 		 317 aa  159  4e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  32.57 
 
 		 318 aa  159  5e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  36.16 
 
 		 358 aa  159  7e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  34.39 
 
 		 562 aa  158  1e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.77 
 
 		 418 aa  158  1e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2317  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.24 
 
 		 425 aa  158  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433018  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  32.58 
 
 		 324 aa  158  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3625  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.92 
 
 		 423 aa  157  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1386  inner-membrane translocator  37.36 
 
 		 312 aa  157  2e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3322  branched-chain amino acid ABC tranpsorter, permease/ATP-binding protein  35.62 
 
 		 594 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2140  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.24 
 
 		 423 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0895739  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0774  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.24 
 
 		 427 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0864  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.24 
 
 		 427 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0137433  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0989  ABC transporter-related protein  35.48 
 
 		 593 aa  156  4e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1836  ABC transporter related  36.26 
 
 		 648 aa  156  4e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0483035  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0999  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.53 
 
 		 328 aa  156  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.203493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.24 
 
 		 418 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.7 
 
 		 418 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.7 
 
 		 418 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.7 
 
 		 418 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2942  branched-chain amino acid ABC tranpsorter, permease/ATP-binding protein  35.62 
 
 		 594 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3369  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  35.62 
 
 		 594 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>