More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1516 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1516  inner-membrane translocator  100 
 
 		 291 aa  548  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.713706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  75.6 
 
 		 291 aa  413  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  62.63 
 
 		 290 aa  355  5e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  60.9 
 
 		 290 aa  342  5e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4550  inner-membrane translocator  60.55 
 
 		 290 aa  305  5.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0679  inner-membrane translocator  60.21 
 
 		 290 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.796058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  51.89 
 
 		 294 aa  302  5.000000000000001e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  51.37 
 
 		 294 aa  300  2e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  53.1 
 
 		 293 aa  295  6e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  52.05 
 
 		 294 aa  290  2e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  50.69 
 
 		 294 aa  282  5.000000000000001e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  50.34 
 
 		 294 aa  276  3e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1672  inner-membrane translocator  51.55 
 
 		 299 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1733  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  51.03 
 
 		 294 aa  261  6.999999999999999e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.293981  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4070  inner-membrane translocator  48.29 
 
 		 295 aa  253  4.0000000000000004e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0834  inner-membrane translocator  46.9 
 
 		 300 aa  248  1e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000998369  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  47.02 
 
 		 295 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0385  inner-membrane translocator  49.31 
 
 		 293 aa  236  2e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1046  inner-membrane translocator  45.49 
 
 		 289 aa  233  3e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.316666 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1680  inner-membrane translocator  47.75 
 
 		 291 aa  231  1e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3104  inner-membrane translocator  43.79 
 
 		 293 aa  228  7e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1408  inner-membrane translocator  44.21 
 
 		 317 aa  220  1.9999999999999999e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.616079  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0669  inner-membrane translocator  44.64 
 
 		 294 aa  206  3e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3821  inner-membrane translocator  43.45 
 
 		 293 aa  196  5.000000000000001e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000974122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1651  inner-membrane translocator  36.9 
 
 		 291 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 291 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1849  inner-membrane translocator  35.86 
 
 		 291 aa  179  2.9999999999999997e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.425483  normal  0.118432 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0110  inner-membrane translocator  38.75 
 
 		 295 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3687  inner-membrane translocator  37.41 
 
 		 291 aa  173  1.9999999999999998e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  37.63 
 
 		 291 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3768  inner-membrane translocator  35.19 
 
 		 291 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.179629 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  38.78 
 
 		 294 aa  171  9e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4054  inner-membrane translocator  38.1 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2082  inner-membrane translocator  35.92 
 
 		 289 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.936766  normal  0.326487 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3707  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.46 
 
 		 291 aa  169  7e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.229916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0914  inner-membrane translocator  36.11 
 
 		 291 aa  169  7e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  37.2 
 
 		 292 aa  168  1e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.11 
 
 		 291 aa  168  1e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  38.28 
 
 		 290 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  37.85 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1797  inner-membrane translocator  38.62 
 
 		 290 aa  167  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.160989 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 300 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2739  inner-membrane translocator  35.86 
 
 		 290 aa  166  4e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0220  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.37 
 
 		 290 aa  166  4e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0478  inner-membrane translocator  38.52 
 
 		 290 aa  165  9e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.164888  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.38 
 
 		 319 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0461  inner-membrane translocator  35.12 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  37.7 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6117  branched chain amino acid ABC transporter permease  37.02 
 
 		 291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.139466 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  35.76 
 
 		 319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  37.38 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  37.38 
 
 		 308 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  37.38 
 
 		 319 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  37.38 
 
 		 308 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  37.38 
 
 		 319 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1163  inner-membrane translocator  37.24 
 
 		 290 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0535977  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.7 
 
 		 308 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  37.7 
 
 		 308 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1696  inner-membrane translocator  37.06 
 
 		 291 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.7 
 
 		 308 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0298  inner-membrane translocator  36.43 
 
 		 290 aa  162  6e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.474045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0473  inner-membrane translocator  35.97 
 
 		 301 aa  162  7e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2283  inner-membrane translocator  35.59 
 
 		 295 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  37.38 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6015  inner-membrane translocator  37.63 
 
 		 291 aa  160  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00174131 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 302 aa  159  4e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3367  inner-membrane translocator  35.54 
 
 		 291 aa  158  1e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0245  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  35.08 
 
 		 308 aa  157  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3667  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  35.08 
 
 		 308 aa  157  1e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  35.64 
 
 		 292 aa  157  1e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3973  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  35.08 
 
 		 308 aa  157  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.883814  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0356  inner-membrane translocator  38.78 
 
 		 292 aa  157  2e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  34.25 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3515  ABC transporter membrane spanning protein  34.11 
 
 		 300 aa  157  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2239  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 293 aa  156  3e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  35.12 
 
 		 302 aa  156  4e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  33.77 
 
 		 309 aa  156  4e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  34.1 
 
 		 338 aa  156  4e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  34.24 
 
 		 297 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0611  inner-membrane translocator  36.93 
 
 		 304 aa  155  7e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2318  inner-membrane translocator  37.62 
 
 		 308 aa  155  7e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3394  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.64 
 
 		 291 aa  154  1e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1838  inner-membrane translocator  36.08 
 
 		 290 aa  154  1e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  33.01 
 
 		 311 aa  155  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0099  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  35.74 
 
 		 308 aa  155  1e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  33.55 
 
 		 301 aa  154  1e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  36.61 
 
 		 291 aa  154  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2366  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.67 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00045769  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3415  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  36.36 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1833  inner-membrane translocator  32.78 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.576158  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3520  inner-membrane translocator  35.42 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4058  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  34.75 
 
 		 308 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2479  inner-membrane translocator  36.96 
 
 		 308 aa  153  4e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.403634  normal  0.0243743 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  34.22 
 
 		 308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1212  inner-membrane translocator  36.86 
 
 		 316 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.273488  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1837  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 296 aa  152  7e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000968352  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3072  inner-membrane translocator  34.9 
 
 		 300 aa  152  8e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.117603  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3871  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  34.43 
 
 		 308 aa  152  8e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.911793  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.82 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>