More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1469 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3883  secretion protein HlyD  84.4 
 
 		 424 aa  689    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1839  efflux transporter, RND family, MFP subunit  84.33 
 
 		 420 aa  635    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1469  secretion protein HlyD  100 
 
 		 421 aa  828    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.910926 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3828  secretion protein HlyD  74.42 
 
 		 430 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4226  RND family efflux transporter MFP subunit  68 
 
 		 426 aa  523  1e-147  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499264  normal  0.926991 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1847  putative efflux transporter  63.08 
 
 		 421 aa  504  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.24 
 
 		 476 aa  303  5.000000000000001e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.292175  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0080  RND family efflux transporter MFP subunit  43.21 
 
 		 414 aa  270  5e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.95759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5358  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.91 
 
 		 396 aa  242  9e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3412  secretion protein HlyD  45.56 
 
 		 443 aa  240  4e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0866166  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3561  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.44 
 
 		 420 aa  234  3e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.306068  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3255  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.58 
 
 		 410 aa  133  5e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.524735  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  26.11 
 
 		 400 aa  121  1.9999999999999998e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3711  RND family efflux transporter MFP subunit  26.7 
 
 		 389 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  28.22 
 
 		 360 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.26 
 
 		 361 aa  117  5e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.19 
 
 		 432 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.4 
 
 		 390 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.67 
 
 		 453 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0725  HlyD family secretion protein  27.94 
 
 		 397 aa  110  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.897812  normal  0.118835 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0431  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.3 
 
 		 368 aa  109  7.000000000000001e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2858  secretion protein HlyD  25.21 
 
 		 517 aa  109  9.000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.55 
 
 		 430 aa  109  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  26.42 
 
 		 407 aa  108  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1007  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.68 
 
 		 398 aa  107  3e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.81 
 
 		 407 aa  107  3e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  27.55 
 
 		 417 aa  107  6e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5333  RND family efflux transporter MFP subunit  27.21 
 
 		 397 aa  106  7e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.037024 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3415  secretion protein HlyD  27.21 
 
 		 397 aa  106  7e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.89814  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4953  RND family efflux transporter MFP subunit  27.21 
 
 		 397 aa  106  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.162755  normal  0.0662922 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1398  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.13 
 
 		 504 aa  104  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.463842 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2823  HlyD family secretion protein  29.53 
 
 		 329 aa  103  4e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0659  secretion protein HlyD  27.5 
 
 		 335 aa  103  5e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0195539 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  26.36 
 
 		 374 aa  103  6e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  27.56 
 
 		 371 aa  103  7e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  27.56 
 
 		 371 aa  103  7e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1340  secretion protein HlyD  27.21 
 
 		 424 aa  103  7e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0815  membrane-fusion protein  30.47 
 
 		 434 aa  103  8e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1814  RND family efflux transporter MFP subunit  27.8 
 
 		 432 aa  103  8e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  27.56 
 
 		 371 aa  102  9e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  27.56 
 
 		 371 aa  102  9e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  27.56 
 
 		 371 aa  102  9e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  27.56 
 
 		 371 aa  102  9e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.56 
 
 		 371 aa  102  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.06 
 
 		 421 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  27.56 
 
 		 371 aa  102  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  28.02 
 
 		 370 aa  102  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  27.56 
 
 		 371 aa  101  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.6 
 
 		 421 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0770  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.36 
 
 		 399 aa  101  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0433625  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1706  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.19 
 
 		 430 aa  102  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  27.76 
 
 		 370 aa  101  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8104  secretion protein HlyD family protein  28.43 
 
 		 354 aa  101  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  27.76 
 
 		 370 aa  101  3e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.2 
 
 		 360 aa  100  4e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.42 
 
 		 428 aa  100  5e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1414  secretion protein HlyD  28.95 
 
 		 430 aa  100  6e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1059  macrolide transporter subunit MacA  27.32 
 
 		 372 aa  99  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.75011  normal  0.992508 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  27.25 
 
 		 372 aa  99.4  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  27.25 
 
 		 372 aa  99.4  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.21 
 
 		 409 aa  99.4  1e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2151  RND family efflux transporter MFP subunit  27.32 
 
 		 471 aa  98.6  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.563694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0976  macrolide transporter subunit MacA  27.25 
 
 		 372 aa  98.6  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  26.01 
 
 		 397 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.98 
 
 		 419 aa  98.6  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3233  RND family efflux transporter MFP subunit  27.46 
 
 		 405 aa  97.1  5e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000196171  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0179  secretion protein HlyD  24.63 
 
 		 334 aa  97.1  5e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.235811  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0035  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.65 
 
 		 404 aa  97.1  5e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.792697 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0949  RND family efflux transporter MFP subunit  26.47 
 
 		 390 aa  97.1  6e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07032  hypothetical protein  30.42 
 
 		 349 aa  97.1  6e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3060  secretion protein HlyD family protein  26.63 
 
 		 353 aa  96.7  7e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0919  AcrA/AcrE family efflux protein  23.83 
 
 		 377 aa  96.7  7e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1008  macrolide transporter subunit MacA  26.99 
 
 		 372 aa  96.3  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.622007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.43 
 
 		 377 aa  96.3  9e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2865  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.17 
 
 		 478 aa  95.5  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0716848 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.79 
 
 		 448 aa  95.5  1e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3595  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.4 
 
 		 404 aa  95.9  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0852698  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0795  RND family efflux transporter MFP subunit  27.8 
 
 		 411 aa  96.3  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  27.97 
 
 		 379 aa  95.1  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0558  secretion protein HlyD  25.07 
 
 		 360 aa  95.1  2e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.177986  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.04 
 
 		 347 aa  95.5  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.175978  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  25.6 
 
 		 408 aa  95.1  2e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3037  secretion protein HlyD  27.37 
 
 		 344 aa  95.5  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.714598  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  25.6 
 
 		 408 aa  94.7  3e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.72 
 
 		 397 aa  94.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0496  RND family efflux transporter MFP subunit  27.73 
 
 		 402 aa  94.4  4e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3021  RND family efflux transporter MFP subunit  29.49 
 
 		 418 aa  94.4  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0354964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3375  HlyD family membrane fusion protein  29.49 
 
 		 425 aa  94.4  4e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1965  secretion protein HlyD  28.85 
 
 		 388 aa  94  4e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.455875 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  29.84 
 
 		 399 aa  93.6  5e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.52 
 
 		 512 aa  93.6  7e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1423  RND family efflux transporter MFP subunit  25.53 
 
 		 401 aa  93.2  7e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.281322  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1161  RND family efflux transporter MFP subunit  27.08 
 
 		 404 aa  93.2  8e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0203325  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2754  RND efflux transporter  25.53 
 
 		 401 aa  93.2  8e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0480  RND family efflux transporter MFP subunit  25.13 
 
 		 363 aa  93.2  8e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  27.93 
 
 		 365 aa  92.8  1e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.03 
 
 		 419 aa  92.8  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000305818 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0836  macrolide efflux protein MacA  25.85 
 
 		 435 aa  92.4  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0404665  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  25.43 
 
 		 421 aa  92.4  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3892  secretion protein HlyD family protein  33.91 
 
 		 352 aa  92.4  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>