243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1411 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_0370  pepF/M3 family oligoendopeptidase  68.99 
 
 
622 aa  839    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2877  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  68.14 
 
 
601 aa  812    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0929363  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0081  oligoendopeptidase F  69.49 
 
 
620 aa  865    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2052  pepF/M3 family oligoendopeptidase  63.22 
 
 
614 aa  779    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.841739  hitchhiker  0.00000309933 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3702  oligoendopeptidase F  63.46 
 
 
619 aa  804    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2754  pepF/M3 family oligoendopeptidase  67.63 
 
 
625 aa  819    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3296  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  65.82 
 
 
617 aa  820    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0993  peptidase M3B, oligoendopeptidase-related clade 3  83.84 
 
 
625 aa  1071    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2412  oligoendopeptidase F  56.35 
 
 
606 aa  664    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0632065  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2981  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  67.46 
 
 
625 aa  817    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.54197  normal  0.947222 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2070  pepF/M3 family oligoendopeptidase  70.92 
 
 
634 aa  879    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.024965  normal  0.33011 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4665  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  87.85 
 
 
638 aa  1122    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1431  peptidase M3B, oligoendopeptidase-like clade 3  94.42 
 
 
610 aa  1162    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.838587  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3392  peptidase M3B, oligoendopeptidase-related clade 3  55.43 
 
 
607 aa  672    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.935472  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3974  peptidase M3B, oligoendopeptidase-like clade 3  86.39 
 
 
626 aa  1127    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.221188  normal  0.896374 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1411  peptidase M3B, oligoendopeptidase-like clade 3  100 
 
 
632 aa  1300    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.249086  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1225  peptidase M3B, oligoendopeptidase-related clade 3  84.1 
 
 
626 aa  1092    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100343  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0569  peptidase M3B, oligoendopeptidase-related clade 3  54.97 
 
 
606 aa  662    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0425519  hitchhiker  0.00000722694 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2730  pepF/M3 family oligoendopeptidase  66.89 
 
 
616 aa  834    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.797581  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3597  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  65.65 
 
 
617 aa  818    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.794644  normal  0.398139 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0213  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  66.94 
 
 
616 aa  838    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227297  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2803  pepF/M3 family oligoendopeptidase  67.97 
 
 
623 aa  814    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.121144  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2576  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  67.94 
 
 
620 aa  845    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.855226 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1832  pepF/M3 family oligoendopeptidase  55.45 
 
 
620 aa  666    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.657708 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1075  pepF/M3 family oligoendopeptidase  56.19 
 
 
606 aa  665    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.371255  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1570  pepF/M3 family oligoendopeptidase  56.95 
 
 
606 aa  674    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.713222  normal  0.288392 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1482  pepF/M3 family oligoendopeptidase  56.44 
 
 
615 aa  645    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6862  putative oligoendopeptidase F  81.01 
 
 
664 aa  1062    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.916639  normal  0.20394 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2603  oligoendopeptidase  55.08 
 
 
611 aa  660    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0093862 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3148  pepF/M3 family oligoendopeptidase  66.02 
 
 
616 aa  807    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00629046 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0076  oligoendopeptidase F  69.49 
 
 
620 aa  865    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2684  pepF/M3 family oligoendopeptidase  64.52 
 
 
627 aa  816    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.667149 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4260  pepF/M3 family oligoendopeptidase  68.05 
 
 
620 aa  866    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2192  peptidase M3B, oligoendopeptidase-related clade 3  52.93 
 
 
597 aa  632  1e-180  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.246068  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0329  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  55.9 
 
 
615 aa  624  1e-177  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.559929 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0882  pepF/M3 family oligoendopeptidase  45.88 
 
 
608 aa  509  1e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.83984  normal  0.332504 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0533  pepF/M3 family oligoendopeptidase  42.71 
 
 
589 aa  454  1.0000000000000001e-126  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.18439  normal  0.721981 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1896  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  42.66 
 
 
601 aa  423  1e-117  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4566  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  42.05 
 
 
607 aa  418  9.999999999999999e-116  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0554379  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2674  oligoendopeptidase F, putative  40.07 
 
 
598 aa  411  1e-113  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2299  peptidase M3A and M3B thimet/oligopeptidase F  40.07 
 
 
598 aa  411  1e-113  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.39572 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2169  peptidase M3A and M3B, thimet/oligopeptidase F  38.37 
 
 
601 aa  371  1e-101  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.944442 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1636  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  36.58 
 
 
573 aa  365  1e-99  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0701  putative oligoendopeptidase F  35.59 
 
 
571 aa  361  2e-98  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1105  peptidase  34.91 
 
 
566 aa  354  2e-96  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.567346  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1382  pepF/M3 family oligoendopeptidase  36.69 
 
 
589 aa  354  2.9999999999999997e-96  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00000209164  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1242  oligoendopeptidase F  34.52 
 
 
573 aa  349  8e-95  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.906065  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0066  rhomboid family protein  34.47 
 
 
573 aa  349  8e-95  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.411672  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2988  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  35.71 
 
 
588 aa  348  1e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.68469e-23 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0719  oligoendopeptidase F, putative  33.96 
 
 
569 aa  348  1e-94  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.954418  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1295  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  35.71 
 
 
588 aa  348  1e-94  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0778267  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1873  oligoendopeptidase F  37.2 
 
 
596 aa  347  3e-94  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.201769  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0623  oligoendopeptidase F  34.86 
 
 
573 aa  347  4e-94  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1117  oligoendopeptidase F  34.69 
 
 
572 aa  343  4e-93  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1295  peptidase M3B, oligoendopeptidase-related clade 3  37.54 
 
 
612 aa  337  2.9999999999999997e-91  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000104369  hitchhiker  0.000569902 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1993  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  34.41 
 
 
592 aa  337  3.9999999999999995e-91  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.000167694  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2055  pepF/M3 family oligoendopeptidase  35.64 
 
 
591 aa  335  1e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00862679  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1054  oligoendopeptidase F  32.65 
 
 
573 aa  335  2e-90  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_34179  predicted protein  35.49 
 
 
577 aa  321  3e-86  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.137613  normal  0.109742 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2068  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  32.94 
 
 
603 aa  309  8e-83  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.733195 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1694  peptidase M3A and M3B thimet/oligopeptidase F  28.01 
 
 
584 aa  246  8e-64  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1212  pepF/M3 family oligoendopeptidase  27.24 
 
 
586 aa  240  5.999999999999999e-62  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0407734  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1817  peptidase M3A and M3B thimet/oligopeptidase F  28.94 
 
 
597 aa  237  6e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000237555  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1177  pepF/M3 family oligoendopeptidase  28.07 
 
 
590 aa  233  7.000000000000001e-60  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0884  peptidase M3A and M3B thimet/oligopeptidase F  29.06 
 
 
578 aa  231  3e-59  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000022902  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2647  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  29.43 
 
 
584 aa  221  1.9999999999999999e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00961781  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2001  oligoendopeptidase F, putative  26.3 
 
 
597 aa  200  5e-50  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0875927  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1211  oligoendopeptidase pepF/M3 family  31.3 
 
 
587 aa  200  6e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000802852  normal  0.797975 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3298  pepF/M3 family oligoendopeptidase  25.13 
 
 
582 aa  199  1.0000000000000001e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0099  oligoendopeptidase F  28.73 
 
 
619 aa  197  3e-49  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.893555  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1422  oligoendopeptidase F  28.83 
 
 
596 aa  195  2e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0811423  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0738  oligoendopeptidase F  27.61 
 
 
609 aa  190  5.999999999999999e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2626  oligoendopeptidase F  27.55 
 
 
618 aa  189  2e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2457  oligoendopeptidase F  27.49 
 
 
595 aa  188  2e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0101459  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6864  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  27.21 
 
 
612 aa  187  5e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.176327 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0490  oligoendopeptidase F  25.99 
 
 
603 aa  181  4e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08170  Oligoendopeptidase F  25.55 
 
 
598 aa  180  8e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4682  peptidase M3A and M3B thimet/oligopeptidase F  25.38 
 
 
606 aa  177  6e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3050  oligoendopeptidase F  27.32 
 
 
599 aa  176  9e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003689  oligoendopeptidase F  25.66 
 
 
598 aa  176  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1998  pepF/M3 family oligoendopeptidase  25.99 
 
 
603 aa  174  5.999999999999999e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0556432 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1167  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  27.77 
 
 
593 aa  173  6.999999999999999e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02130  oligopeptidase  24.72 
 
 
599 aa  173  6.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0253  oligoendopeptidase F  25.65 
 
 
590 aa  172  2e-41  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0130  Oligopeptidase F  24.21 
 
 
593 aa  170  7e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1539  oligoendopeptidase F  26.6 
 
 
622 aa  169  1e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3273  pepF/M3 family oligoendopeptidase  26.15 
 
 
603 aa  169  1e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.474589 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2755  oligoendopeptidase F  27.66 
 
 
606 aa  168  2.9999999999999998e-40  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000210431  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0856  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  25.81 
 
 
598 aa  167  5.9999999999999996e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1169  oligoendopeptidase F  28.99 
 
 
644 aa  166  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.325773 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2002  oligoendopeptidase F  27.41 
 
 
594 aa  164  5.0000000000000005e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000655164  normal  0.321245 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1161  oligoendopeptidase F  29.31 
 
 
596 aa  161  3e-38  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3699  oligoendopeptidase F  27.87 
 
 
597 aa  160  7e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3460  oligoendopeptidase F  26.32 
 
 
601 aa  159  1e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000449992  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1729  oligopeptidase F  25.24 
 
 
593 aa  157  5.0000000000000005e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0341754  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1902  oligoendopeptidase F  31.57 
 
 
649 aa  157  6e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1823  oligoendopeptidase F  31.57 
 
 
654 aa  157  8e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2452  oligopeptidase F  25.21 
 
 
602 aa  156  9e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5250  oligoendopeptidase F  25.42 
 
 
605 aa  155  1e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2055  oligopeptidase F  27.48 
 
 
646 aa  155  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.443818  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>