More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1393 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1393  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  100 
 
 
182 aa  380  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1413  putative PAS/PAC sensor protein  84.53 
 
 
185 aa  328  3e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.026067  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4683  putative PAS/PAC sensor protein  85.8 
 
 
173 aa  315  3e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4662  putative PAS/PAC sensor protein  79.64 
 
 
168 aa  294  4e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4977  putative PAS/PAC sensor protein  64.12 
 
 
177 aa  245  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13761  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1071  putative PAS/PAC sensor protein  64.12 
 
 
178 aa  245  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4975  putative PAS/PAC sensor protein  64.12 
 
 
178 aa  242  3e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161434  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1312  putative PAS/PAC sensor protein  59.76 
 
 
174 aa  227  6e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.723682  normal  0.171791 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4792  putative PAS/PAC sensor protein  57.99 
 
 
174 aa  217  8.999999999999998e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3908  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  54.65 
 
 
174 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2378  transcriptional regulator  55.23 
 
 
174 aa  212  1.9999999999999998e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3464  transcriptional regulator  50 
 
 
174 aa  189  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0920  putative PAS/PAC sensor protein  51.48 
 
 
170 aa  179  1e-44  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4009  PAS  45.09 
 
 
172 aa  179  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3403  PAS sensor protein  46.75 
 
 
189 aa  172  2.9999999999999996e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.263742  normal  0.531721 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05500  PAS domain S-box  47.65 
 
 
194 aa  171  3.9999999999999995e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.414164  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1323  methyl-accepting chemotaxis protein  45.4 
 
 
165 aa  169  2e-41  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1233  methyl-accepting chemotaxis protein  50.33 
 
 
166 aa  169  2e-41  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1204  methyl-accepting chemotaxis protein  45.4 
 
 
165 aa  169  2e-41  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0368  PAS sensor protein  49.38 
 
 
168 aa  167  9e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0540  methyl-accepting chemotaxis protein  45.12 
 
 
166 aa  165  4e-40  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1962  methyl-accepting chemotaxis protein  46.25 
 
 
166 aa  164  6.9999999999999995e-40  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0044  putative PAS/PAC sensor protein  45.86 
 
 
162 aa  164  6.9999999999999995e-40  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0964  putative PAS domain signal transduction sensor protein  47.85 
 
 
163 aa  163  1.0000000000000001e-39  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.695373  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0158  PAS sensor protein  46.01 
 
 
170 aa  162  3e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00559927  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1325  methyl-accepting chemotaxis protein  45.4 
 
 
164 aa  158  4e-38  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0735034  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1223  signal-transduction sensor protein  44.85 
 
 
189 aa  157  6e-38  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.658782  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2233  putative PAS/PAC sensor protein  46.06 
 
 
177 aa  157  1e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.17522 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1206  methyl-accepting chemotaxis protein  44.79 
 
 
164 aa  156  1e-37  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1012  methyl-accepting chemotaxis protein  42.86 
 
 
171 aa  144  1e-33  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.63093  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0963  putative PAS domain signal transduction sensor protein  41.72 
 
 
163 aa  143  1e-33  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.598174  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2525  putative PAS/PAC sensor protein  40.12 
 
 
208 aa  142  3e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0659487  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2812  putative PAS/PAC sensor protein  49.26 
 
 
166 aa  137  7.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.494423  decreased coverage  0.000000324615 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1521  putative PAS/PAC sensor protein  39.77 
 
 
228 aa  135  4e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.950455  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2936  putative PAS/PAC sensor protein  36.9 
 
 
201 aa  134  6.0000000000000005e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.178135  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3595  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.78 
 
 
515 aa  132  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1888  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  47.65 
 
 
521 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.378373  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3481  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.65 
 
 
521 aa  132  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.41765 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2257  aerotaxis receptor Aer-1  46.98 
 
 
521 aa  128  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.215452  normal  0.0215353 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0729  PAS  50 
 
 
945 aa  127  7.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0635035  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1800  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.38 
 
 
521 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.258308  normal  0.504821 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1648  aerotaxis receptor  41.26 
 
 
521 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2577  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  46.88 
 
 
524 aa  125  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6942  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  48.06 
 
 
566 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.819674  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1522  PAS sensor protein  40.99 
 
 
225 aa  124  5e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.533099  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3735  PAS  42.52 
 
 
521 aa  123  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.065462 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1618  chemotaxis sensory transducer  49.19 
 
 
557 aa  123  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.126465 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1871  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  47.55 
 
 
716 aa  122  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4658  chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  49.24 
 
 
529 aa  122  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0532  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.51 
 
 
523 aa  122  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0374128 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0659  putative PAS/PAC sensor protein  47.66 
 
 
164 aa  122  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0223  PAS  47.58 
 
 
1214 aa  122  4e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1378  putative PAS/PAC sensor protein  33.14 
 
 
200 aa  122  4e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4027  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.09 
 
 
521 aa  121  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.664053  normal  0.0821551 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4521  aerotaxis receptor, putative  44.09 
 
 
521 aa  120  9e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3109  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.96 
 
 
522 aa  120  9e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1390  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.09 
 
 
534 aa  120  9e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2984  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  46.77 
 
 
565 aa  120  9e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0130  PAS sensor protein  39.38 
 
 
451 aa  120  9.999999999999999e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4269  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.67 
 
 
556 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1933  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.36 
 
 
598 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0974  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.28 
 
 
532 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0995  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.97 
 
 
517 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2920  aerotaxis sensor receptor  46.88 
 
 
549 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2908  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.51 
 
 
561 aa  118  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2113  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.09 
 
 
550 aa  118  3.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5601  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.19 
 
 
551 aa  118  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.510218  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3519  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.16 
 
 
514 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1867  chemotaxis sensory transducer  47.24 
 
 
714 aa  118  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.133032 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0389  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.13 
 
 
419 aa  118  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1536  methyl-accepting chemotaxis protein  52.29 
 
 
716 aa  118  4.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.566253  normal  0.284447 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3813  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.55 
 
 
521 aa  118  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.629648  normal  0.0156802 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3460  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.7 
 
 
520 aa  118  4.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1520  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.36 
 
 
543 aa  118  4.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.112151 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1294  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.96 
 
 
575 aa  118  6e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00873235 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2648  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  40.41 
 
 
520 aa  117  7.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2022  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  47.46 
 
 
748 aa  116  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1964  putative PAS/PAC sensor protein  34.91 
 
 
229 aa  116  1.9999999999999998e-25  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.705516  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2159  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.31 
 
 
523 aa  115  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.416992  normal  0.881373 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24380  aerotaxis receptor Aer  38.41 
 
 
567 aa  115  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0650163  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1902  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.88 
 
 
521 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00326538  normal  0.948878 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3295  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.31 
 
 
519 aa  115  5e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3406  PAS  43.41 
 
 
521 aa  114  7.999999999999999e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.387271  normal  0.671486 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2014  aerotaxis receptor  43.31 
 
 
521 aa  114  8.999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44300  aerotaxis receptor Aer  42.74 
 
 
521 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4064  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  35.47 
 
 
529 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1532  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.85 
 
 
853 aa  113  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.103077 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2406  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  48.74 
 
 
566 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1487  PAS domain-containing protein  44.09 
 
 
158 aa  113  1.0000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000133262  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2726  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40 
 
 
538 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3951  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  35.47 
 
 
529 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.226395  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1324  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  39.86 
 
 
523 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.587106  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2987  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.06 
 
 
522 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03711  methyl-accepting chemotaxis transducer transmembrane protein  38.71 
 
 
529 aa  112  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.784638  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1385  methyl-accepting chemotaxis protein  38.97 
 
 
520 aa  112  3e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0064  PAS sensor protein  40 
 
 
456 aa  112  3e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.106866  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2808  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  41.27 
 
 
522 aa  112  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2891  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  41.27 
 
 
522 aa  112  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2452  PAS  42.74 
 
 
518 aa  111  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.952184  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0120  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.38 
 
 
519 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>