More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1337 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4732  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  91.4 
 
 
480 aa  819    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.708423  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1358  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  94.8 
 
 
481 aa  864    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.199626  normal  0.187922 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4060  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  76.33 
 
 
480 aa  712    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.40537  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1337  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  100 
 
 
481 aa  936    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.210293  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1747  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  64.44 
 
 
486 aa  549  1e-155  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.308611  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1700  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  64.3 
 
 
486 aa  550  1e-155  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0282324  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1010  NADH dehydrogenase subunit M  43.24 
 
 
514 aa  358  9e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1503  NADH dehydrogenase subunit M  41.2 
 
 
511 aa  350  3e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2558  NADH dehydrogenase subunit M  43.24 
 
 
509 aa  350  3e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3121  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  42.17 
 
 
513 aa  350  4e-95  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0441802  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29860  NADH dehydrogenase subunit M  43.03 
 
 
509 aa  349  6e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000573313  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2761  NADH dehydrogenase subunit M  40.79 
 
 
511 aa  348  1e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1348  NADH dehydrogenase I, M subunit  44.68 
 
 
489 aa  344  2e-93  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.467461  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2653  NADH dehydrogenase subunit M  41.05 
 
 
509 aa  343  4e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1805  NADH dehydrogenase subunit M  40.58 
 
 
510 aa  343  4e-93  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.168858 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1465  NADH dehydrogenase subunit M  40.79 
 
 
510 aa  343  4e-93  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1571  NADH dehydrogenase subunit M  40.58 
 
 
510 aa  343  4e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02202  NADH dehydrogenase subunit M  41.05 
 
 
509 aa  343  5e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.786903  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1380  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  41.05 
 
 
509 aa  343  5e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2426  NADH dehydrogenase subunit M  41.05 
 
 
509 aa  343  5e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3297  NADH dehydrogenase subunit M  39.75 
 
 
509 aa  343  5e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.416453 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1375  NADH dehydrogenase subunit M  41.05 
 
 
509 aa  343  5e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.905412 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2570  NADH dehydrogenase subunit M  41.05 
 
 
509 aa  343  5e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2431  NADH dehydrogenase subunit M  41.05 
 
 
509 aa  343  5e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02162  hypothetical protein  41.05 
 
 
509 aa  343  5e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.58394  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3416  NADH dehydrogenase subunit M  41.05 
 
 
509 aa  343  5e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2423  NADH dehydrogenase subunit M  43.56 
 
 
509 aa  342  7e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.200315 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2539  NADH dehydrogenase subunit M  39.96 
 
 
511 aa  342  1e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28550  NADH dehydrogenase subunit M  42.54 
 
 
509 aa  337  1.9999999999999998e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.101547  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2545  NADH dehydrogenase subunit M  41.02 
 
 
509 aa  337  2.9999999999999997e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2556  NADH dehydrogenase subunit M  41.02 
 
 
509 aa  337  2.9999999999999997e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2456  NADH dehydrogenase subunit M  41.02 
 
 
509 aa  336  5e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1024  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  45.19 
 
 
500 aa  336  5e-91  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.272198  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2501  NADH dehydrogenase subunit M  40.82 
 
 
509 aa  336  7e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2663  NADH dehydrogenase subunit M  40.82 
 
 
509 aa  336  7e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0595  NADH dehydrogenase subunit M  41.04 
 
 
541 aa  333  4e-90  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000354161  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0584  NADH dehydrogenase subunit M  41.2 
 
 
541 aa  333  4e-90  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1405  NADH dehydrogenase subunit M  39.75 
 
 
532 aa  332  1e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0707014  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1862  NADH dehydrogenase subunit M  42.86 
 
 
510 aa  331  2e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.485949  normal  0.0328463 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2821  NADH dehydrogenase subunit M  41.02 
 
 
509 aa  329  7e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.43  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3614  NADH dehydrogenase subunit M  43.29 
 
 
510 aa  327  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.166771  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1109  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  44.95 
 
 
505 aa  326  5e-88  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4130  NADH dehydrogenase subunit M  42.86 
 
 
510 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1735  NADH dehydrogenase subunit M  42.86 
 
 
510 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00591275  normal  0.538145 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3702  NADH dehydrogenase subunit M  42.86 
 
 
510 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.65414  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1116  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  41.04 
 
 
493 aa  320  3e-86  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3208  NADH dehydrogenase subunit M  43.71 
 
 
510 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.281414  normal  0.361431 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3376  NADH dehydrogenase I, M subunit  43.71 
 
 
510 aa  318  2e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1688  NADH dehydrogenase subunit M  38.23 
 
 
577 aa  316  5e-85  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.694136  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2871  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  36.97 
 
 
537 aa  313  3.9999999999999997e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0408599 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3814  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  39.19 
 
 
490 aa  313  4.999999999999999e-84  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0370  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  39.95 
 
 
507 aa  299  6e-80  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0707  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  42.23 
 
 
493 aa  286  8e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.296941  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0314  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  39.95 
 
 
493 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3914  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  35.84 
 
 
535 aa  281  1e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0719914  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0350  NADH dehydrogenase I, M subunit  33.75 
 
 
522 aa  280  3e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1304  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  37.14 
 
 
521 aa  281  3e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.278041  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3343  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  34.09 
 
 
519 aa  280  4e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4232  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  34.02 
 
 
525 aa  278  1e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0177133  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3623  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  37.53 
 
 
497 aa  276  5e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0933316 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3998  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  35.65 
 
 
535 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000144113 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3430  NADH dehydrogenase I, M subunit  38.83 
 
 
496 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3625  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  37.42 
 
 
491 aa  273  6e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2882  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase subunit M  36.46 
 
 
534 aa  270  5e-71  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.139376  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1952  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  33.26 
 
 
507 aa  269  7e-71  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0417902  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2553  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  34.76 
 
 
504 aa  268  2e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.668765  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2819  NADH dehydrogenase subunit M  36.2 
 
 
502 aa  268  2e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0814  NADH dehydrogenase subunit M  35.79 
 
 
502 aa  267  2.9999999999999995e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.669912  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0171  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  37.62 
 
 
496 aa  267  4e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1367  NADH dehydrogenase subunit M  36.73 
 
 
504 aa  265  1e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.73718  normal  0.0186615 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01299  NADH dehydrogenase subunit M  36.2 
 
 
491 aa  265  1e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.648189  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0754  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  37.55 
 
 
501 aa  264  3e-69  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0809  NADH dehydrogenase subunit M  35.57 
 
 
502 aa  264  3e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0790  NADH dehydrogenase subunit M  33.05 
 
 
489 aa  264  3e-69  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0146664  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2820  NADH dehydrogenase subunit M  36.53 
 
 
494 aa  261  2e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.22208 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1195  NADH dehydrogenase subunit M  36.6 
 
 
514 aa  261  2e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2386  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  34.45 
 
 
507 aa  261  2e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0446554  normal  0.771852 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3126  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  34.08 
 
 
535 aa  261  3e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2411  NADH dehydrogenase subunit M  35.02 
 
 
502 aa  260  4e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0139684  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1328  NADH dehydrogenase subunit M  35.37 
 
 
515 aa  260  4e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0365587 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2416  NADH dehydrogenase subunit M  35.79 
 
 
506 aa  259  6e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185861  hitchhiker  0.00201163 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2245  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  34.6 
 
 
494 aa  259  7e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000177754 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2618  NADH-quinone oxidoreductase, M subunit  34.6 
 
 
494 aa  259  7e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2232  NADH dehydrogenase subunit M  33.47 
 
 
513 aa  259  9e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.976155 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2050  NADH dehydrogenase subunit M  35.84 
 
 
488 aa  259  1e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.232549  normal  0.0955875 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2529  NADH dehydrogenase subunit M  34.83 
 
 
513 aa  258  1e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0432269  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2202  NADH dehydrogenase subunit M  35.03 
 
 
488 aa  259  1e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.866282  normal  0.474832 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1879  NADH dehydrogenase subunit M  36.32 
 
 
488 aa  258  1e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.493129  normal  0.822984 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0961  NADH dehydrogenase subunit M  35.25 
 
 
494 aa  258  2e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0280946  normal  0.49186 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0829  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  32.79 
 
 
504 aa  258  2e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1190  NADH dehydrogenase subunit M  34.83 
 
 
513 aa  258  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.602239  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1037  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  35.46 
 
 
525 aa  257  3e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.260264  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2873  NADH dehydrogenase subunit M  34.95 
 
 
505 aa  257  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.593537  normal  0.190787 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1605  NADH dehydrogenase (ubiquinone), M subunit  33.74 
 
 
506 aa  257  4e-67  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1567  NADH dehydrogenase subunit M  35.06 
 
 
510 aa  257  4e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0145309  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1728  NADH dehydrogenase subunit M  36.43 
 
 
512 aa  257  4e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.694351  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0933  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  36.36 
 
 
505 aa  256  5e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1753  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  36.14 
 
 
505 aa  256  5e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2049  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  33.19 
 
 
495 aa  256  8e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1604  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  38.07 
 
 
519 aa  256  8e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>