120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1317 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1216  carotenoid oxygenase  95.72 
 
 		 467 aa  921    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.548821 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1536  carotenoid oxygenase  75.16 
 
 		 467 aa  716    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0771367  normal  0.379655 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1317  carotenoid oxygenase  100 
 
 		 467 aa  960    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5477  putative carotenoid oxygenase  72.09 
 
 		 467 aa  682    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1401  Carotenoid oxygenase  92.08 
 
 		 467 aa  896    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5644  carotenoid oxygenase  54.47 
 
 		 478 aa  484  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.427984 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0441  carotenoid oxygenase  51.74 
 
 		 460 aa  456  1e-127  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.786971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2656  carotenoid oxygenase  47.54 
 
 		 477 aa  421  1e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3710  retinal pigment epithelial membrane protein  39.87 
 
 		 463 aa  325  1e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5950  crocetin dialdehyde  34.77 
 
 		 488 aa  295  1e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.444357  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0802  carotenoid oxygenase  35.27 
 
 		 494 aa  285  8e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.957651  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4841  Carotenoid oxygenase  36.07 
 
 		 464 aa  285  1.0000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.659326 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3794  carotenoid oxygenase  37.31 
 
 		 464 aa  276  7e-73  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0662225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2047  retinal pigment epithelial membrane protein  37.26 
 
 		 765 aa  273  5.000000000000001e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.211058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5235  carotenoid oxygenase  39.35 
 
 		 451 aa  271  2e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.751022 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5460  carotenoid oxygenase  39.31 
 
 		 459 aa  268  2e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645484 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1332  carotenoid oxygenase  39.91 
 
 		 444 aa  267  2e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.447717 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4867  carotenoid oxygenase  39.43 
 
 		 451 aa  267  4e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4956  carotenoid oxygenase  39.43 
 
 		 451 aa  267  4e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2111  carotenoid oxygenase  37.75 
 
 		 480 aa  259  7e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.457029 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1535  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  35.78 
 
 		 483 aa  247  3e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.194369  normal  0.146884 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4595  carotenoid oxygenase  35.29 
 
 		 479 aa  244  3e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1698  carotenoid oxygenase  37.04 
 
 		 480 aa  238  2e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.459113  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2484  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  35.71 
 
 		 461 aa  238  2e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.217647  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0281  carotenoid oxygenase  36.77 
 
 		 445 aa  233  6e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.772775  hitchhiker  0.000581153 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2806  carotenoid oxygenase  36.99 
 
 		 445 aa  233  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.561211  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0300  carotenoid oxygenase  36.99 
 
 		 445 aa  233  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473918  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0219  carotenoid oxygenase  37.5 
 
 		 445 aa  232  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0227  carotenoid oxygenase  38.36 
 
 		 445 aa  232  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000205038 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3580  carotenoid oxygenase  37.04 
 
 		 469 aa  231  2e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2809  carotenoid oxygenase  33.19 
 
 		 497 aa  231  3e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.220593  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5723  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  35.48 
 
 		 441 aa  229  7e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00560936  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07062  conserved hypothetical protein  32.7 
 
 		 555 aa  228  2e-58  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0611  carotenoid oxygenase  34.75 
 
 		 481 aa  227  4e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.951978 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3399  retinal pigment epithelial membrane protein  37.31 
 
 		 443 aa  224  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.452417  normal  0.802561 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0935  Carotenoid oxygenase  30.85 
 
 		 488 aa  225  2e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934106 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6035  carotenoid oxygenase  34.28 
 
 		 479 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.96012  normal  0.0939223 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0203  carotenoid oxygenase  34.84 
 
 		 464 aa  214  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.297924  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3058  carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase, putative  37.61 
 
 		 443 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1562  putative dioxygenase  37.61 
 
 		 443 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1233  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  37.61 
 
 		 443 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0130033  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0635  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  37.61 
 
 		 443 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.617766  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1459  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  37.61 
 
 		 443 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0518  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  37.61 
 
 		 443 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.615695  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10667  dioxygenase  33.66 
 
 		 501 aa  214  3.9999999999999995e-54  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.181912  normal  0.435726 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0352  Carotenoid oxygenase  28.67 
 
 		 487 aa  211  2e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0359  Carotenoid oxygenase  28.45 
 
 		 487 aa  209  7e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.235865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1428  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  37.18 
 
 		 443 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01643  lignostilbene dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G01500)  31.58 
 
 		 480 aa  205  1e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.600702  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05214  dioxygenase signal peptide protein  33.26 
 
 		 520 aa  203  5e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3944  Carotenoid oxygenase  35.05 
 
 		 481 aa  200  5e-50  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4053  Carotenoid oxygenase  34.12 
 
 		 466 aa  196  6e-49  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4033  Carotenoid oxygenase  32.06 
 
 		 508 aa  196  9e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.804116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3919  Carotenoid oxygenase  32.06 
 
 		 508 aa  196  9e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4340  Carotenoid oxygenase  30.15 
 
 		 495 aa  193  7e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4222  Carotenoid oxygenase  33.4 
 
 		 501 aa  192  1e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0865656 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4402  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  30.15 
 
 		 495 aa  190  4e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000371573 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3417  dioxygenase, putative  33.92 
 
 		 509 aa  190  5e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2446  twin-arginine translocation pathway signal  32.1 
 
 		 517 aa  190  5e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000341259  normal  0.858746 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_3050  predicted protein  30.33 
 
 		 467 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.601284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1236  retinal pigment epithelial membrane protein  30.63 
 
 		 510 aa  183  7e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0229916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3212  carotenoid oxygenase  30.63 
 
 		 489 aa  182  1e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.415925  normal  0.375816 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2946  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  33.4 
 
 		 473 aa  182  1e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000652034  hitchhiker  0.000168571 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3359  carotenoid oxygenase  30.46 
 
 		 502 aa  181  2e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.120702  normal  0.796578 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0449  Carotenoid oxygenase  29.04 
 
 		 491 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3098  carotenoid oxygenase  31.8 
 
 		 496 aa  181  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3158  carotenoid oxygenase  31.8 
 
 		 496 aa  181  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.350488 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3269  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  32.55 
 
 		 419 aa  179  8e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3118  carotenoid oxygenase  31.36 
 
 		 496 aa  179  9e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.704266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0196  Beta-carotene 15,15'-dioxygenase  32.82 
 
 		 493 aa  175  1.9999999999999998e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25111  retinal pigment epithelial membrane protein  32.92 
 
 		 507 aa  171  2e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5459  Carotenoid oxygenase  31.97 
 
 		 514 aa  170  6e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.176097  normal  0.349671 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0248  lignostilbene-alpha,beta-dioxygenase and related enzyme-like  32.59 
 
 		 489 aa  169  8e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0221  lignostilbene-alpha,beta-dioxygenase and related enzyme-like  32.14 
 
 		 488 aa  169  8e-41  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1807  carotenoid oxygenase  31.25 
 
 		 512 aa  167  4e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.581411  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1272  carotenoid oxygenase  30.6 
 
 		 487 aa  166  9e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.261404  hitchhiker  0.00803245 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1008  carotenoid oxygenase  27.95 
 
 		 498 aa  166  1.0000000000000001e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0158946  normal  0.495511 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03071  retinal pigment epithelial membrane protein  31.33 
 
 		 495 aa  164  3e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10931  dioxygenase  31.05 
 
 		 502 aa  162  2e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1646  retinal pigment epithelial membrane protein  28.51 
 
 		 497 aa  157  3e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03601  retinal pigment epithelial membrane protein  28.51 
 
 		 497 aa  157  3e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3952  Carotenoid oxygenase  31.22 
 
 		 499 aa  157  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.273513  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3052  carotenoid oxygenase  27.54 
 
 		 515 aa  156  1e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119472  Carotenoid dioxygenase plastidic fusion protein, putative  26.76 
 
 		 914 aa  155  1e-36  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0452333  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2824  carotenoid oxygenase  30.74 
 
 		 504 aa  150  6e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4940  carotenoid oxygenase  30 
 
 		 537 aa  150  6e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.97423  normal  0.0157069 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3964  Carotenoid oxygenase  26.95 
 
 		 486 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.99286  normal  0.591573 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03131  retinal pigment epithelial membrane protein  28.78 
 
 		 495 aa  147  3e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.608355  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0013  Carotenoid oxygenase  25.22 
 
 		 468 aa  146  6e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.768827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0015  Carotenoid oxygenase  25.22 
 
 		 468 aa  146  6e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4862  Beta-carotene 15,15'-monooxygenase  30.57 
 
 		 470 aa  144  3e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.169022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1036  lignostilbene-alpha,beta-dioxygenase  27.18 
 
 		 470 aa  140  3.9999999999999997e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3688  carotenoid oxygenase  27.27 
 
 		 485 aa  139  1e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1244  carotenoid oxygenase  25.93 
 
 		 556 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0442261  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03041  retinal pigment epithelial membrane protein  27.54 
 
 		 494 aa  132  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0282  retinal pigment epithelial membrane protein  27.41 
 
 		 494 aa  131  3e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0182948  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0091  Carotenoid oxygenase  31.36 
 
 		 477 aa  129  1.0000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.848261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03031  retinal pigment epithelial membrane protein  26.49 
 
 		 494 aa  127  5e-28  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30717  predicted protein  28.09 
 
 		 533 aa  125  2e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.990452 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2168  retinal pigment epithelial membrane protein  25.94 
 
 		 472 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.123356 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>