274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1300 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1300  hypothetical protein  100 
 
 
210 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1198  hypothetical protein  85.71 
 
 
210 aa  377  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.792067  normal  0.949639 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1382  hypothetical protein  82.86 
 
 
210 aa  367  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.41745  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2619  hypothetical protein  73.33 
 
 
210 aa  329  1e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.350576  normal  0.864443 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3243  hypothetical protein  73.81 
 
 
210 aa  327  6e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.474711  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0922  hypothetical protein  76.19 
 
 
210 aa  327  7e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2298  hypothetical protein  73.33 
 
 
210 aa  313  8e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.959397  normal  0.58951 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2757  organic radical activating-like protein  71.9 
 
 
211 aa  305  3e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1082  hypothetical protein  69.38 
 
 
210 aa  303  1.0000000000000001e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0796738  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3149  hypothetical protein  67.79 
 
 
210 aa  288  3e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.105264  normal  0.179882 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3395  hypothetical protein  68.57 
 
 
211 aa  287  8e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.709482  normal  0.257118 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1848  hypothetical protein  66.35 
 
 
211 aa  286  1e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.361359  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2177  radical SAM domain-containing protein  66.18 
 
 
211 aa  286  1e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.401056 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2645  hypothetical protein  64.76 
 
 
210 aa  285  4e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1571  hypothetical protein  65.4 
 
 
211 aa  284  5.999999999999999e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.794785 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6747  radical SAM domain-containing protein  70.33 
 
 
210 aa  283  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.922703  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3190  hypothetical protein  68.1 
 
 
211 aa  281  4.0000000000000003e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.241224  normal  0.132805 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1410  radical SAM domain protein  67.63 
 
 
211 aa  280  9e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.562176 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2504  organic radical activating enzymes-like  62.68 
 
 
210 aa  279  2e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160261  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3118  organic radical activating enzymes-like protein  62.68 
 
 
210 aa  279  2e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.174394  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0318  Radical SAM domain protein  63.16 
 
 
210 aa  279  2e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3115  organic radical activating enzyme-like protein  63.16 
 
 
210 aa  279  2e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.369286  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3134  organic radical activating enzyme-like protein  62.68 
 
 
210 aa  279  2e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.260686 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0153  hypothetical protein  63.16 
 
 
210 aa  279  3e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0357  GntS  63.16 
 
 
210 aa  279  3e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.386025  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0162  organic radical activating protein  63.16 
 
 
210 aa  279  3e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.495618  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2364  hypothetical protein  63.16 
 
 
210 aa  279  3e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2285  hypothetical protein  63.16 
 
 
210 aa  279  3e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2794  hypothetical protein  63.16 
 
 
210 aa  279  3e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0172  hypothetical protein  63.16 
 
 
210 aa  278  4e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.196863  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4406  hypothetical protein  62.68 
 
 
210 aa  278  4e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.798286 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0138  hypothetical protein  62.68 
 
 
210 aa  277  8e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.620978  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3056  organic radical activating enzyme-like protein  62.68 
 
 
210 aa  276  1e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133958  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3173  organic radical activating enzyme-like protein  62.68 
 
 
210 aa  276  1e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.655462  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1045  hypothetical protein  64.45 
 
 
211 aa  276  1e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0321486  normal  0.408994 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6469  organic radical activating-like protein  62.2 
 
 
210 aa  276  2e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1449  hypothetical protein  64.15 
 
 
212 aa  273  1.0000000000000001e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3380  hypothetical protein  62.26 
 
 
212 aa  272  2.0000000000000002e-72  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.186456 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0044  radical SAM domain-containing protein  61.24 
 
 
210 aa  271  4.0000000000000004e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1354  hypothetical protein  60.95 
 
 
210 aa  271  4.0000000000000004e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.129459 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4381  hypothetical protein  59.32 
 
 
237 aa  270  1e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1221  hypothetical protein  65.88 
 
 
212 aa  269  2e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.175586  normal  0.688566 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1382  hypothetical protein  65.88 
 
 
212 aa  270  2e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.980113  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3844  hypothetical protein  64.15 
 
 
212 aa  269  2e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.621065  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1161  Radical SAM domain protein  66.51 
 
 
210 aa  268  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.228018  normal  0.479979 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1394  hypothetical protein  61.79 
 
 
212 aa  268  4e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.44027  normal  0.102541 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1329  hypothetical protein  61.79 
 
 
212 aa  268  5.9999999999999995e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.243068 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2382  hypothetical protein  66.99 
 
 
210 aa  266  1e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.133119  hitchhiker  0.000954776 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0526  hypothetical protein  62.09 
 
 
211 aa  266  2e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.313091  normal  0.440749 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2039  hypothetical protein  62.44 
 
 
215 aa  266  2e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1494  hypothetical protein  63.03 
 
 
211 aa  264  7e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1418  radical SAM domain-containing protein  58.8 
 
 
217 aa  263  2e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1403  organic radical activating-like protein  62.02 
 
 
210 aa  262  3e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.962415  normal  0.246336 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2614  organic radical activating-like protein  58.1 
 
 
211 aa  260  8.999999999999999e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1837  hypothetical protein  61.32 
 
 
212 aa  259  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0997579  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4095  hypothetical protein  62.26 
 
 
212 aa  260  1e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0718  radical SAM domain-containing protein  62.02 
 
 
209 aa  256  2e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.525319  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0017  radical SAM domain-containing protein  61.72 
 
 
209 aa  251  4.0000000000000004e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.015175  normal  0.941948 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6594  radical SAM domain-containing protein  68.9 
 
 
210 aa  251  7e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.721327  normal  0.108065 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1115  radical SAM domain-containing protein  63.16 
 
 
209 aa  251  8.000000000000001e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0107  organic radical activating enzyme  57.87 
 
 
218 aa  249  2e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0794  hypothetical protein  53.46 
 
 
218 aa  246  2e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2104  hypothetical protein  53.02 
 
 
216 aa  243  9.999999999999999e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00607165 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1124  radical SAM domain protein  58.04 
 
 
224 aa  233  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0539  Radical SAM domain protein  58.88 
 
 
198 aa  233  2.0000000000000002e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.559214  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0597  hypothetical protein  56.74 
 
 
216 aa  222  2e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1081  hypothetical protein  62.26 
 
 
222 aa  222  3e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.587808 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0318  queuosine biosynthesis protein QueE  43.93 
 
 
233 aa  154  7e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.321571  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2111  Radical SAM domain protein  40.18 
 
 
211 aa  120  9.999999999999999e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1057  hypothetical protein  36.11 
 
 
197 aa  106  2e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0622294 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2116  radical activating enzyme  34.78 
 
 
222 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.054229  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4540  hypothetical protein  34.35 
 
 
222 aa  102  5e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2254  radical activating enzyme  34.35 
 
 
222 aa  102  5e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.499803  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2268  radical activating enzyme  34.35 
 
 
222 aa  102  5e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00320351  normal  0.189151 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2162  radical activating enzyme  34.35 
 
 
222 aa  101  9e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.221208  normal  0.837279 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1855  radical activating enzyme  34.05 
 
 
222 aa  97.8  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.328449  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1782  organic radical activating enzyme  34.4 
 
 
216 aa  95.9  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.330721  normal  0.904053 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2501  radical activating enzyme  33.04 
 
 
222 aa  96.3  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2236  organic radical activating protein  34.42 
 
 
205 aa  95.9  4e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1332  hypothetical protein  34.1 
 
 
206 aa  95.9  4e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2348  radical SAM domain-containing protein  32.51 
 
 
222 aa  94.7  8e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0536039  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0088  hypothetical protein  33.81 
 
 
193 aa  94.4  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3374  hypothetical protein  33.05 
 
 
223 aa  93.6  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3531  hypothetical protein  33.05 
 
 
223 aa  93.6  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.786232  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2058  radical activating enzyme  32.51 
 
 
222 aa  93.6  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00725057  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1917  radical activating enzyme  34.05 
 
 
222 aa  94  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0152798  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2163  radical activating enzyme  34.91 
 
 
222 aa  93.6  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224373  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0856  hypothetical protein  32.49 
 
 
224 aa  92  6e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0635  radical SAM domain-containing protein  30.84 
 
 
195 aa  91.3  1e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2014  radical activating enzyme  31.86 
 
 
222 aa  90.5  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1877  radical activating enzyme  31.74 
 
 
222 aa  90.5  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.460246  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0822  hypothetical protein  30.86 
 
 
223 aa  89  5e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1319  Radical SAM domain protein  29.86 
 
 
210 aa  88.2  9e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2049  radical activating enzyme  31.38 
 
 
222 aa  88.2  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.341171  normal  0.258883 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2883  radical SAM domain-containing protein  31.8 
 
 
222 aa  86.7  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.470396  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3229  radical SAM domain-containing protein  32.03 
 
 
223 aa  87  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000624181  normal  0.126781 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0808  radical SAM domain-containing protein  32.61 
 
 
223 aa  86.7  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0912  conserved hypothetical protein  31.95 
 
 
223 aa  86.3  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000203902  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3084  radical SAM domain protein  31.6 
 
 
223 aa  86.3  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000255818  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0935  hypothetical protein  31.95 
 
 
223 aa  86.3  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000274693  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>