268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1297 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1297  NUDIX hydrolase  100 
 
 
214 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1194  NUDIX hydrolase  97.18 
 
 
221 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.860148  normal  0.422003 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1378  NUDIX hydrolase  92.49 
 
 
225 aa  407  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.441727  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0918  NUDIX hydrolase  81.6 
 
 
221 aa  358  5e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2273  putative NUDIX hydrolase  80.09 
 
 
211 aa  348  2e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.20194  normal  0.495948 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2624  NUDIX hydrolase  73.46 
 
 
221 aa  320  9.999999999999999e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.918126 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3249  NUDIX hydrolase  68.75 
 
 
221 aa  283  1.0000000000000001e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2950  NUDIX hydrolase  51.71 
 
 
226 aa  200  9.999999999999999e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.972193  normal  0.639343 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3024  NUDIX hydrolase  59.04 
 
 
198 aa  195  5.000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.43822  normal  0.894324 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2177  NUDIX hydrolase  53.33 
 
 
211 aa  192  4e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1459  NUDIX hydrolase  51.21 
 
 
227 aa  184  6e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.74222  normal  0.52562 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2236  NUDIX hydrolase  63.98 
 
 
216 aa  184  8e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1739  NUDIX hydrolase  50.72 
 
 
227 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.881669  normal  0.05892 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1462  NUDIX hydrolase  50.72 
 
 
226 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.205145  normal  0.0719668 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0599  NUDIX hydrolase  50.97 
 
 
223 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0172735  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5174  NUDIX hydrolase  57.07 
 
 
222 aa  181  9.000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.666814  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0788  NUDIX hydrolase  59.6 
 
 
220 aa  180  2e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.101011 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3351  NUDIX hydrolase  47.72 
 
 
244 aa  177  7e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.162982 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2699  NUDIX hydrolase  47.72 
 
 
222 aa  177  8e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.663503  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4477  NUDIX hydrolase  60.11 
 
 
233 aa  177  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.475451  hitchhiker  0.00156335 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1611  NUDIX hydrolase  52.78 
 
 
207 aa  175  4e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.404735  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3227  NTP pyrophosphohydrolase MutT family  56.18 
 
 
218 aa  175  5e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0727  NUDIX hydrolase  52.8 
 
 
210 aa  174  7e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3054  NUDIX hydrolase  48.56 
 
 
216 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0331862 
 
 
-
 
NC_004310  BR1554  MutT/nudix family protein  57.06 
 
 
168 aa  173  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.607858  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1502  MutT/nudix family protein  57.06 
 
 
168 aa  173  1.9999999999999998e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.73233  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0367  NUDIX hydrolase  46.08 
 
 
243 aa  169  2e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0775578  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2790  NUDIX hydrolase  47.6 
 
 
216 aa  169  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.235631 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1694  NUDIX hydrolase  53.01 
 
 
235 aa  168  7e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2273  NUDIX hydrolase  52.17 
 
 
210 aa  167  7e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.456189 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2661  NUDIX hydrolase  53.01 
 
 
207 aa  167  1e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.975355  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5341  NUDIX hydrolase  54.43 
 
 
242 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1465  NUDIX hydrolase  45.37 
 
 
237 aa  166  4e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.720683 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1406  NUDIX hydrolase  51.23 
 
 
233 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2536  NUDIX hydrolase  46.38 
 
 
226 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.299915  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1477  NUDIX hydrolase  45.79 
 
 
239 aa  163  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.867637  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0752  NUDIX hydrolase  49.12 
 
 
244 aa  158  5e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0521  NUDIX hydrolase  44.55 
 
 
245 aa  156  2e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.661222  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0319  NUDIX hydrolase  47.34 
 
 
243 aa  155  5.0000000000000005e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0342181  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4187  NUDIX hydrolase  50.61 
 
 
228 aa  152  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.351171  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0949  NUDIX hydrolase  50 
 
 
228 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0953  NUDIX hydrolase  50 
 
 
228 aa  151  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0994513  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1108  hypothetical protein  45.19 
 
 
227 aa  150  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01947  NTP pyrophosphohydrolase, NUDIX family protein  49.38 
 
 
190 aa  150  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00222276  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1032  NUDIX hydrolase  49.69 
 
 
228 aa  149  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0594  NUDIX hydrolase  49.69 
 
 
228 aa  149  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0812937  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1073  NUDIX hydrolase  49.69 
 
 
228 aa  149  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.398605  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0694  NUDIX hydrolase  50.62 
 
 
214 aa  150  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.496821  normal  0.528067 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2126  NUDIX hydrolase  43.75 
 
 
195 aa  149  3e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000453697  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2304  NUDIX hydrolase  43.75 
 
 
195 aa  149  3e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000460151  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2230  NUDIX hydrolase  50.31 
 
 
228 aa  149  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.251821  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0937  hypothetical protein  43.56 
 
 
202 aa  148  8e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0131467 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2913  MutT/NUDIX NTP pyrophosphatase  45.54 
 
 
427 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.916312  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2202  NUDIX hydrolase  43.75 
 
 
195 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000103843  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0773  NUDIX hydrolase  49.33 
 
 
235 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.104693 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0234  MutT/NUDIX NTP pyrophosphatase  45.5 
 
 
217 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0397  MutT/NUDIX NTP pyrophosphatase  45.5 
 
 
199 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.206725  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2963  MutT/NUDIX NTP pyrophosphatase  49.39 
 
 
483 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.980156  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2111  NUDIX hydrolase  48.12 
 
 
194 aa  146  2.0000000000000003e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.108274  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2540  MutT/NUDIX NTP pyrophosphatase  45.5 
 
 
333 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.209584  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0913  MutT/NUDIX NTP pyrophosphatase  45.5 
 
 
217 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1665  MutT/NUDIX NTP pyrophosphatase  49.08 
 
 
347 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.571697  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2853  MutT/NUDIX NTP pyrophosphatase  45.05 
 
 
427 aa  144  8.000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0879  NUDIX hydrolase  39.3 
 
 
234 aa  143  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.29016  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0685  NUDIX hydrolase  46.86 
 
 
235 aa  142  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.997472 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0808  NUDIX hydrolase  44.38 
 
 
234 aa  142  3e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.655823  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2220  MutT/nudix family protein  42.79 
 
 
195 aa  142  4e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1010  hypothetical protein  40.62 
 
 
238 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.410062  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2973  NUDIX hydrolase  45.34 
 
 
242 aa  138  6e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.233103  normal  0.0737984 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1626  NUDIX hydrolase  43.21 
 
 
197 aa  137  8.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.706755  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1888  NUDIX hydrolase  49.08 
 
 
241 aa  137  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00118194  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2890  NUDIX hydrolase  46.45 
 
 
199 aa  135  4e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1902  NUDIX hydrolase  45.06 
 
 
189 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0854349  hitchhiker  0.00409955 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1956  NUDIX hydrolase  44.05 
 
 
200 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00026609  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2036  NUDIX hydrolase  43.86 
 
 
197 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000390793  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1206  putative phosphohydrolase (mutT/nudix family protein)  45.56 
 
 
195 aa  131  7.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00244192  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0110  NUDIX hydrolase  45.22 
 
 
201 aa  131  9e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.04219  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2867  NUDIX hydrolase  45.56 
 
 
195 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.321324  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0080  NUDIX hydrolase  42.26 
 
 
195 aa  128  5.0000000000000004e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2167  NUDIX hydrolase  43.75 
 
 
191 aa  128  5.0000000000000004e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3488  NUDIX hydrolase  43.48 
 
 
199 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1022  NUDIX hydrolase  43.2 
 
 
204 aa  126  3e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1585  NUDIX hydrolase  44.74 
 
 
199 aa  126  3e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.254951  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2360  NUDIX hydrolase  41.36 
 
 
189 aa  124  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000190371  hitchhiker  0.00362317 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2644  NUDIX hydrolase  44.44 
 
 
195 aa  124  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.688454  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01910  hypothetical protein  40.24 
 
 
199 aa  122  4e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2574  NUDIX hydrolase  40.85 
 
 
195 aa  122  5e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.536286  normal  0.595154 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3615  MutT/nudix family protein  41.46 
 
 
191 aa  121  9e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2968  NUDIX hydrolase  42.59 
 
 
216 aa  119  3.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.713083  normal  0.0271269 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1686  MutT/nudix family protein  40.49 
 
 
202 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.231925  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1491  hypothetical protein  40.88 
 
 
192 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2026  hypothetical protein  40.88 
 
 
192 aa  118  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1969  hypothetical protein  40.88 
 
 
192 aa  118  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1965  hypothetical protein  40.88 
 
 
192 aa  118  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.881089  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1306  hypothetical protein  40.88 
 
 
192 aa  118  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.185937  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1949  NUDIX hydrolase  40.87 
 
 
195 aa  117  9e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00112365  normal  0.784908 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2809  hypothetical protein  38.27 
 
 
192 aa  117  9e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0459341 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1916  NUDIX hydrolase  40.87 
 
 
195 aa  117  9e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000191981  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1942  NUDIX hydrolase  40.87 
 
 
195 aa  117  9e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000158411  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2377  NUDIX hydrolase  40.87 
 
 
195 aa  117  9e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000154779  normal  0.335752 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>