60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1131 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1131  nuclease (SNase-like)  100 
 
 		 246 aa  493  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.844533  normal  0.680053 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1032  SNase-like nuclease  79.03 
 
 		 246 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5043  nuclease (SNase domain protein)  71.3 
 
 		 249 aa  333  1e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0424  nuclease (SNase-like)  59.04 
 
 		 250 aa  277  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.445506  normal  0.365939 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2752  hypothetical protein  59.11 
 
 		 263 aa  270  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4628  SNase-like nuclease  36.53 
 
 		 242 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0782  nuclease (SNase-like)  35.87 
 
 		 242 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2576  nuclease (SNase domain protein)  33.19 
 
 		 358 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.901293  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4688  nuclease (SNase-like)  31.71 
 
 		 241 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0545  putative nuclease-like protein  31.36 
 
 		 241 aa  107  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0379373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0859  nuclease (SNase domain protein)  33.64 
 
 		 243 aa  101  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0317  nuclease (SNase domain protein)  31.02 
 
 		 227 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.183306  normal  0.136686 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2309  nuclease  30.97 
 
 		 214 aa  82.8  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0111  nuclease  30.61 
 
 		 227 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6820  nuclease (SNase domain protein)  27.5 
 
 		 226 aa  79.7  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0330594  normal  0.398913 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2185  nuclease (SNase-like)  30.18 
 
 		 226 aa  79.3  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0857  nuclease  29.73 
 
 		 214 aa  79  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0065  nuclease  30.34 
 
 		 227 aa  76.6  0.0000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3956  nuclease (SNase-like)  31.17 
 
 		 171 aa  76.3  0.0000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2052  succinoglycan biosynthesis protein  32.03 
 
 		 171 aa  75.5  0.0000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132309  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1969  nuclease (SNase-like)  32.37 
 
 		 172 aa  74.3  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1599  nuclease  33.95 
 
 		 195 aa  73.9  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798842  normal  0.295978 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4597  nuclease (SNase domain protein)  34.27 
 
 		 208 aa  73.2  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0232149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5017  nuclease  35.06 
 
 		 167 aa  72.8  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.177044 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3744  nuclease  37.04 
 
 		 161 aa  72.4  0.000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2357  nuclease  30.46 
 
 		 221 aa  72  0.000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1554  nuclease (SNase-like)  33.12 
 
 		 202 aa  70.1  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1591  nuclease (SNase-like)  31.79 
 
 		 158 aa  70.1  0.00000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0576  Excalibur domain protein  32.68 
 
 		 212 aa  67  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.00000012089  unclonable  0.00000255125 
 
 
-
 
NC_004310  BR0870  nuclease domain-containing protein  34.35 
 
 		 189 aa  67.4  0.0000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0862  nuclease domain-containing protein  34.35 
 
 		 189 aa  67.4  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0134  Excalibur  31.41 
 
 		 220 aa  66.6  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.194412  normal  0.895355 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0594  Excalibur domain-containing protein  32.91 
 
 		 211 aa  66.6  0.0000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.535797  normal  0.187659 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2315  nuclease (SNase domain protein)  32.45 
 
 		 185 aa  62  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4116  nuclease  34.88 
 
 		 209 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373469  normal  0.63366 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5373  putative nuclease-like protein  34.38 
 
 		 176 aa  60.1  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0199446 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4153  nuclease (SNase domain protein)  33.12 
 
 		 166 aa  60.5  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.574783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4484  nuclease (SNase domain protein)  35.66 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.270396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2244  nuclease  32.58 
 
 		 534 aa  57.8  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.000544674  normal  0.0168792 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9903  succinoglycan biosynthesis protein  30 
 
 		 168 aa  58.5  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0848  nuclease-like protein  26.67 
 
 		 184 aa  54.7  0.000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0898613  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1730  nuclease  32.88 
 
 		 175 aa  54.3  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0510494  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3848  nuclease  31.97 
 
 		 186 aa  53.1  0.000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2313  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  55.77 
 
 		 406 aa  52.4  0.000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1886  nuclease  35.2 
 
 		 192 aa  51.2  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0247855 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2100  nuclease (SNase-like)  36.13 
 
 		 192 aa  49.7  0.00004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3323  nuclease  32.48 
 
 		 163 aa  49.7  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.763522 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2471  nuclease (SNase domain protein)  26.17 
 
 		 177 aa  46.6  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1637  nuclease (SNase domain protein)  31.62 
 
 		 192 aa  47  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000037358  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2193  nuclease  26.17 
 
 		 177 aa  46.6  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3415  nuclease (SNase-like)  35.71 
 
 		 146 aa  45.4  0.0007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2156  nuclease (SNase domain protein)  27.97 
 
 		 177 aa  45.4  0.0009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.641386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0480  nuclease  37.29 
 
 		 136 aa  44.7  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.898976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0693  thermonuclease family protein  27.05 
 
 		 199 aa  44.7  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.739462  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1682  nuclease (SNase-like)  32.77 
 
 		 153 aa  44.7  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0199869  normal  0.0644244 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0051  ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit HslU  24.5 
 
 		 148 aa  44.7  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.176892  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3789  SNase-like nuclease  27.59 
 
 		 131 aa  43.5  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0300901  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2942  prophage MuMc02, nuclease, putative  29.63 
 
 		 216 aa  43.5  0.003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375298  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2078  nuclease (SNase domain protein)  32.28 
 
 		 185 aa  43.1  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1218  micrococcal nuclease  31.25 
 
 		 284 aa  42.7  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340298  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>