More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1103 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_5067  long-chain-acyl-CoA synthetase  57.14 
 
 		 610 aa  651    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.113463 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5072  long-chain-acyl-CoA synthetase  72.2 
 
 		 605 aa  897    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0947195  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1000  long-chain-acyl-CoA synthetase  77.37 
 
 		 622 aa  987    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3338  long-chain-acyl-CoA synthetase  56.09 
 
 		 593 aa  656    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4318  long-chain-acyl-CoA synthetase  57.87 
 
 		 592 aa  669    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.699196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1103  long-chain-acyl-CoA synthetase  100 
 
 		 630 aa  1283    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4606  long-chain-acyl-CoA synthetase  56.74 
 
 		 610 aa  648    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.515883  normal  0.042259 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1645  long-chain-acyl-CoA synthetase  49.41 
 
 		 600 aa  610  1e-173  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3540  long-chain-acyl-CoA synthetase  50 
 
 		 596 aa  547  1e-154  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.498772 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2309  long-chain-acyl-CoA synthetase  47.47 
 
 		 598 aa  504  1e-141  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3316  long-chain-acyl-CoA synthetase  41.84 
 
 		 608 aa  414  1e-114  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.390941  hitchhiker  0.0000571786 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2809  long-chain-acyl-CoA synthetase  39.18 
 
 		 609 aa  394  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2150  long-chain-acyl-CoA synthetase  37.89 
 
 		 621 aa  381  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1728  long-chain-acyl-CoA synthetase  37.94 
 
 		 612 aa  373  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26640  long-chain-acyl-CoA synthetase  40.1 
 
 		 608 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2261  long-chain-acyl-CoA synthetase  39.77 
 
 		 608 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.982772  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1163  AMP-dependent synthetase and ligase  40 
 
 		 603 aa  367  1e-100  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2696  long-chain-acyl-CoA synthetase  41.09 
 
 		 608 aa  368  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.22324 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2185  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.41 
 
 		 600 aa  365  1e-99  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.00664297  normal  0.684418 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4510  long-chain-acyl-CoA synthetase  37.92 
 
 		 601 aa  365  1e-99  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246631 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4237  long-chain-acyl-CoA synthetase  40.45 
 
 		 592 aa  359  9e-98  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.168634 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4007  long-chain-acyl-CoA synthetase  39.16 
 
 		 592 aa  358  1.9999999999999998e-97  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.657785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4081  long-chain-acyl-CoA synthetase  39.16 
 
 		 592 aa  358  1.9999999999999998e-97  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0876602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11230  long-chain-acyl-CoA synthetase  39.35 
 
 		 597 aa  355  1e-96  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0151554  normal  0.367156 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3312  AMP-dependent synthetase and ligase  38.03 
 
 		 592 aa  347  4e-94  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1144  long-chain-acyl-CoA synthetase  35.16 
 
 		 590 aa  344  2.9999999999999997e-93  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.036593  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05192  long-chain fatty acid transporter, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G07270)  36.39 
 
 		 723 aa  334  4e-90  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.311287  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3444  AMP-dependent synthetase and ligase  39.33 
 
 		 598 aa  323  5e-87  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05877  bifunctional fatty acid transporter/acyl-CoA synthetase (FAT1), putative (AFU_orthologue; AFUA_2G11360)  37.22 
 
 		 639 aa  312  1e-83  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.523538 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06649  very-long-chain acyl-CoA synthetase family protein (CefD1), putative (AFU_orthologue; AFUA_6G03630)  35.78 
 
 		 710 aa  297  4e-79  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78107  predicted protein  32.6 
 
 		 653 aa  273  9e-72  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0040  AMP-dependent synthetase and ligase  29.89 
 
 		 708 aa  194  4e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  28.79 
 
 		 552 aa  190  8e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0112  AMP-dependent synthetase and ligase  29.11 
 
 		 572 aa  187  7e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3258  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.58 
 
 		 545 aa  182  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15308  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.38 
 
 		 534 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.57 
 
 		 534 aa  175  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0832  AMP-dependent synthetase and ligase  28.86 
 
 		 551 aa  172  1e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4624  acyl-CoA synthetase  33.08 
 
 		 500 aa  170  9e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4712  acyl-CoA synthetase  33.08 
 
 		 500 aa  170  9e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4035  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.93 
 
 		 517 aa  167  4e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.948769  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1300  DitJ-like CoA ligase  28.62 
 
 		 547 aa  167  4e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0576  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.88 
 
 		 516 aa  167  5e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2757  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.09 
 
 		 538 aa  164  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679806  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  28.39 
 
 		 495 aa  164  3e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2453  AMP-dependent synthetase and ligase  29.54 
 
 		 544 aa  164  4.0000000000000004e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7061  AMP-dependent synthetase and ligase  27.66 
 
 		 513 aa  164  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.131857 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3226  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.04 
 
 		 517 aa  162  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1832  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.23 
 
 		 537 aa  160  6e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.603335 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6181  AMP-dependent synthetase and ligase  29.18 
 
 		 537 aa  160  8e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1549  acyl-CoA synthetase  31.77 
 
 		 512 aa  159  1e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00257603  normal  0.272175 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8199  AMP-dependent synthetase and ligase  33.09 
 
 		 522 aa  159  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.996066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3639  AMP-dependent synthetase and ligase  29.26 
 
 		 512 aa  159  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.917263  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1508  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.57 
 
 		 535 aa  157  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  27.34 
 
 		 521 aa  157  5.0000000000000005e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  30 
 
 		 535 aa  156  9e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.114603  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3957  AMP-dependent synthetase and ligase  32.07 
 
 		 518 aa  156  1e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5007  acyl-CoA synthetase  31.07 
 
 		 501 aa  155  2e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.223508  normal  0.902426 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3618  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.53 
 
 		 505 aa  155  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.221467 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.5 
 
 		 517 aa  154  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.5 
 
 		 517 aa  154  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0038  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.78 
 
 		 517 aa  154  4e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.565789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.56 
 
 		 517 aa  154  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4608  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.34 
 
 		 550 aa  154  5e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.78 
 
 		 522 aa  154  7e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.31 
 
 		 517 aa  153  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  26.6 
 
 		 490 aa  152  1e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.59 
 
 		 517 aa  153  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.78 
 
 		 522 aa  152  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3562  AMP-dependent synthetase and ligase  27.97 
 
 		 517 aa  152  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2673  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.32 
 
 		 518 aa  152  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  27.78 
 
 		 522 aa  152  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0039  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.78 
 
 		 522 aa  152  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.48 
 
 		 517 aa  151  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5208  acyl-CoA synthetase  30.89 
 
 		 503 aa  151  4e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.257716 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  29.25 
 
 		 521 aa  150  8e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0861  AMP-dependent synthetase and ligase  29.36 
 
 		 514 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0592  putative AMP-dependent synthetase and ligase  27.77 
 
 		 543 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29458  normal  0.172075 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.08 
 
 		 514 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  25.87 
 
 		 512 aa  147  5e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1473  AMP-dependent synthetase and ligase  27.45 
 
 		 536 aa  147  5e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13540  acyl-CoA synthetase  31.9 
 
 		 502 aa  147  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.55264e-46  hitchhiker  0.0000144188 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.1 
 
 		 512 aa  147  8.000000000000001e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0898  AMP-dependent synthetase and ligase  28.03 
 
 		 537 aa  147  8.000000000000001e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.52 
 
 		 510 aa  146  9e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.52 
 
 		 510 aa  146  1e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.85 
 
 		 510 aa  145  2e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.85 
 
 		 510 aa  145  2e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2677  AMP-dependent synthetase and ligase  29.72 
 
 		 544 aa  145  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1998  putative acyl-CoA synthetase, long-chain fatty acid:CoA ligase  29.05 
 
 		 508 aa  144  3e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.222529  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.64 
 
 		 510 aa  145  3e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.85 
 
 		 510 aa  144  3e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4269  AMP-dependent synthetase and ligase  27.65 
 
 		 539 aa  145  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0220  malonyl-CoA synthase  28.45 
 
 		 503 aa  144  5e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601636  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.85 
 
 		 510 aa  144  5e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3769  AMP-dependent synthetase and ligase  27.74 
 
 		 568 aa  144  6e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.43817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.64 
 
 		 510 aa  144  6e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.64 
 
 		 510 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4204  AMP-dependent synthetase and ligase  26.35 
 
 		 533 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1907  AMP-dependent synthetase and ligase  27.15 
 
 		 543 aa  142  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.549821  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>