More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1085 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_5089  cysteine desulfurase NifS  85.46 
 
 		 410 aa  678    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0981  aminotransferase, class V  90.66 
 
 		 407 aa  735    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.318228 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1085  aminotransferase, class V  100 
 
 		 407 aa  824    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4451  aminotransferase, class V  71.58 
 
 		 397 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0108  aminotransferase class V  65.53 
 
 		 400 aa  508  1e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.702313 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1558  cysteine desulfurase NifS  63.97 
 
 		 400 aa  498  1e-140  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0572612  normal  0.890663 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3581  cysteine desulfurase NifS  65.8 
 
 		 404 aa  488  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.157563  normal  0.0285875 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3620  cysteine desulfurase NifS  65.54 
 
 		 400 aa  483  1e-135  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.190149 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1515  aminotransferase, class V:aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  59.07 
 
 		 404 aa  478  1e-134  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.894831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1507  cysteine desulfurase  58.1 
 
 		 402 aa  465  9.999999999999999e-131  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1225  cysteine desulfurase NifS  58.14 
 
 		 397 aa  462  1e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000944956 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01630  Nitrogen fixation cysteine desulfurase, nifS  56.19 
 
 		 402 aa  453  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5907  cysteine desulfurase  64.21 
 
 		 404 aa  450  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.469117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1257  aminotransferase, class V  59.01 
 
 		 387 aa  429  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2683  aminotransferase, class V  55 
 
 		 393 aa  426  1e-118  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0397114 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2182  aminotransferase, class V  58.49 
 
 		 388 aa  421  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.186921 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2659  cysteine desulfurase NifS  55.32 
 
 		 404 aa  422  1e-117  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.614192 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0530  cysteine desulfurase  58.75 
 
 		 387 aa  422  1e-117  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.103474  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0504  cysteine desulfurase NifS  54.01 
 
 		 402 aa  420  1e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3914  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  52.85 
 
 		 400 aa  417  9.999999999999999e-116  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4134  aminotransferase, class V  53.61 
 
 		 400 aa  415  9.999999999999999e-116  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0486971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1075  cysteine desulfurase NifS  55.79 
 
 		 384 aa  412  1e-114  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1833  aminotransferase, class V  55 
 
 		 389 aa  414  1e-114  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0175075  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2362  cysteine desulfurase NifS  53.35 
 
 		 399 aa  412  1e-114  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1356  cysteine desulfurase NifS  51.44 
 
 		 402 aa  406  1.0000000000000001e-112  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1811  cysteine desulfurase NifS  53.05 
 
 		 401 aa  406  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1783  cysteine desulfurase NifS  53.05 
 
 		 401 aa  406  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3079  cysteine desulfurase  52.82 
 
 		 396 aa  401  1e-111  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2011  cysteine desulfurase  53.93 
 
 		 391 aa  401  9.999999999999999e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.079673  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1607  cysteine desulfurase NifS  54.74 
 
 		 388 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.76832  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0050  cysteine desulfurase  51.44 
 
 		 407 aa  399  9.999999999999999e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0992  cysteine desulfurase  52.88 
 
 		 391 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00026474  normal  0.256714 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2122  cysteine desulfurase NifS  53.35 
 
 		 401 aa  399  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.31758 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2015  aminotransferase, class V  53.95 
 
 		 391 aa  399  9.999999999999999e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0118596  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0437  cysteine desulfurase NifS  50 
 
 		 386 aa  396  1e-109  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.361233 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4245  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  51.66 
 
 		 398 aa  394  1e-108  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2296  aminotransferase, class V  53.52 
 
 		 394 aa  392  1e-108  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1569  cysteine desulfurase NifS  52.89 
 
 		 389 aa  391  1e-107  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00349258  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2647  cysteine desulfurase NifS  52.37 
 
 		 389 aa  387  1e-106  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00311085 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0100  cysteine desulfurase NifS  50.65 
 
 		 400 aa  376  1e-103  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.873822 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1164  cysteine desulfurase  46.97 
 
 		 384 aa  364  2e-99  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2125  aminotransferase, class V  47.81 
 
 		 398 aa  363  4e-99  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.573036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0772  cysteine desulfurase  46.97 
 
 		 384 aa  362  7.0000000000000005e-99  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08880  aminotransferase class V  49.09 
 
 		 392 aa  360  2e-98  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.80371e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1860  cysteine sulfinate desulfinase/cysteine desulfurase  47.77 
 
 		 396 aa  358  9.999999999999999e-98  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140569  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1837  cysteine desulfurase NifS  48.96 
 
 		 396 aa  356  3.9999999999999996e-97  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0935929 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3581  cysteine desulfurase NifS  45.17 
 
 		 400 aa  353  2e-96  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.345313  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1914  aminotransferase, class V  48.97 
 
 		 399 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3884  aminotransferase class V  47.4 
 
 		 398 aa  350  4e-95  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00981578  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0302  cysteine desulfurase NifS  46.6 
 
 		 392 aa  349  5e-95  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0467605  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0207  cysteine desulfurase NifS  47.26 
 
 		 388 aa  348  9e-95  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000531678  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1714  cysteine desulfurase NifS  45.17 
 
 		 394 aa  346  5e-94  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000384465  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3201  cysteine desulphurase  46.75 
 
 		 396 aa  344  1e-93  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.11568  normal  0.0184494 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0403  aminotransferase class V  49.74 
 
 		 378 aa  344  1e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0764  aminotransferase, class V  44.85 
 
 		 414 aa  344  1e-93  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000561511  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1939  aminotransferase class V  46.51 
 
 		 388 aa  343  5e-93  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024706 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2213  aminotransferase, class V  46.61 
 
 		 398 aa  340  2e-92  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.506383 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0266  hypothetical protein  46.21 
 
 		 393 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.423514  normal  0.267621 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1652  aminotransferase, class V  43.78 
 
 		 392 aa  339  5.9999999999999996e-92  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.143138  hitchhiker  0.00767612 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1493  aminotransferase, class V  48.15 
 
 		 379 aa  337  1.9999999999999998e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0268467  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0872  aminotransferase, class V  47.35 
 
 		 382 aa  337  2.9999999999999997e-91  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0720  aminotransferase, class V  44.39 
 
 		 394 aa  336  3.9999999999999995e-91  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00090765  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2907  cysteine desulfurase NifS  44.7 
 
 		 398 aa  335  5.999999999999999e-91  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000201074  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2274  cysteine desulfurase NifS  44.94 
 
 		 402 aa  333  2e-90  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.363972  hitchhiker  0.00000604426 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2275  aminotransferase, class V  48.03 
 
 		 386 aa  333  3e-90  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2039  cysteine desulfurase  43.9 
 
 		 398 aa  332  8e-90  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1755  cysteine desulfurase  43.9 
 
 		 398 aa  332  8e-90  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00778501  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2570  cysteine desulfurase  47.29 
 
 		 394 aa  330  3e-89  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0168  aminotransferase, class V  46.43 
 
 		 409 aa  330  3e-89  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.925051 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2424  cysteine desulphurase  45.55 
 
 		 404 aa  328  8e-89  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0688  cysteine desulfurase NifS  44.91 
 
 		 388 aa  328  1.0000000000000001e-88  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0297222  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2431  aminotransferase, class V  47.41 
 
 		 390 aa  327  3e-88  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2154  cysteine desulfurase, NifS family  44.09 
 
 		 396 aa  323  3e-87  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0173  aminotransferase class V  42.78 
 
 		 382 aa  321  9.999999999999999e-87  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1932  cysteine desulfurase NifS  44.65 
 
 		 393 aa  320  3e-86  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000108248  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0229  Cysteine desulfurase  45.45 
 
 		 405 aa  318  1e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0872  cysteine desulfurase  48.82 
 
 		 380 aa  318  2e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0149083 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0484  aminotransferase, class V  44.68 
 
 		 417 aa  317  2e-85  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0750137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2008  aminotransferase, class V  42.86 
 
 		 404 aa  317  3e-85  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.475663  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2498  aminotransferase class V  46.23 
 
 		 381 aa  312  5.999999999999999e-84  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3063  aminotransferase, class V  46.13 
 
 		 383 aa  311  9e-84  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0588987  unclonable  0.000000817205 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4262  aminotransferase class V  46.94 
 
 		 395 aa  311  2e-83  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.907816 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0719  cysteine desulfurase NifS  43.9 
 
 		 394 aa  311  2e-83  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2002  aminotransferase class V  43.01 
 
 		 401 aa  310  2.9999999999999997e-83  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.557544 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1343  aminotransferase class V  41.15 
 
 		 389 aa  310  4e-83  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1563  cysteine desulfurase IscS  42.6 
 
 		 403 aa  307  3e-82  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.353864 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1163  NifS family cysteine desulfurase  43.46 
 
 		 396 aa  306  4.0000000000000004e-82  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1068  aminotransferase, class V  46.25 
 
 		 393 aa  302  7.000000000000001e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0344653  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_70  aminotransferase, class V  43.83 
 
 		 383 aa  302  9e-81  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0423  cysteine desulfurase NifS  41.78 
 
 		 403 aa  301  1e-80  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0763464  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0248  cysteine desulfurase  43.83 
 
 		 383 aa  300  2e-80  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0166722  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND05560  cysteine desulfhydrase, putative  44.25 
 
 		 502 aa  300  3e-80  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2412  cysteine desulfurase IscS  44.53 
 
 		 403 aa  300  3e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1770  NifS family cysteine desulfurase  42.93 
 
 		 396 aa  300  3e-80  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.406981  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2232  aminotransferase class V  41.97 
 
 		 401 aa  300  4e-80  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0291  cysteine desulfurase  42.41 
 
 		 393 aa  299  7e-80  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2630  aminotransferase class V  46.88 
 
 		 1143 aa  299  8e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0206  IscS protein  41.56 
 
 		 397 aa  298  1e-79  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.264012  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5192  aminotransferase class V  44.91 
 
 		 392 aa  298  1e-79  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.34588 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3698  cysteine desulfurase IscS  44.27 
 
 		 436 aa  298  1e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.789582  normal  0.356633 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>