More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1039 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
292 aa  588  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00870669  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  85.42 
 
 
291 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.888321  normal  0.289512 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  84.91 
 
 
309 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  79.86 
 
 
297 aa  441  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.580908  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.94 
 
 
289 aa  284  2.0000000000000002e-75  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
288 aa  194  1e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.725179 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4028  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.46 
 
 
292 aa  194  2e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.251041  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.21 
 
 
281 aa  194  2e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 
286 aa  192  4e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.52 
 
 
292 aa  192  4e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0772847  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.13 
 
 
281 aa  192  6e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.53 
 
 
326 aa  181  1e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.88 
 
 
287 aa  177  2e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.943731  normal  0.246629 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.54 
 
 
285 aa  176  3e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000468983  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.11 
 
 
349 aa  172  5e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.216927  normal  0.0361789 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.49 
 
 
292 aa  168  9e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1150  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.32 
 
 
281 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.66 
 
 
298 aa  166  5e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0407655  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0763  short chain dehydrogenase  38.83 
 
 
316 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.920637  normal  0.460734 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0596  short chain dehydrogenase  39.18 
 
 
300 aa  163  3e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0605  short chain dehydrogenase  38.83 
 
 
300 aa  161  2e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140006  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0618  short chain dehydrogenase  38.83 
 
 
300 aa  161  2e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.673408  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
290 aa  156  3e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108282  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.09 
 
 
284 aa  156  4e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0168044 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10068  short chain dehydrogenase  39.38 
 
 
303 aa  154  1e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.362569 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5377  putative retinol dehydrogenase  41.26 
 
 
296 aa  149  6e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.637386  normal  0.0926246 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0032  short chain dehydrogenase  38.62 
 
 
300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.249754  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.16 
 
 
290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.113909 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.33 
 
 
298 aa  147  3e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.928112  hitchhiker  0.00000218148 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
271 aa  146  5e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.173693  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.72 
 
 
297 aa  144  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.71 
 
 
312 aa  142  7e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.334573  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0143  short chain dehydrogenase  36.7 
 
 
303 aa  141  9.999999999999999e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.64 
 
 
271 aa  140  3e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0762  short chain dehydrogenase  39.02 
 
 
302 aa  138  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812053  normal  0.782214 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_5468  predicted protein  37.2 
 
 
292 aa  137  2e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10444  short chain dehydrogenase  36.93 
 
 
311 aa  137  2e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.270892  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0665  short chain dehydrogenase  38.06 
 
 
301 aa  135  6.0000000000000005e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000125417  hitchhiker  0.00844242 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
301 aa  135  7.000000000000001e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000491998  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.49 
 
 
280 aa  134  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.824425  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0151  short chain dehydrogenase  33.8 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.99 
 
 
280 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0596  short chain dehydrogenase  35.66 
 
 
306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.28 
 
 
279 aa  133  3.9999999999999996e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0609  short chain dehydrogenase  35.66 
 
 
306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  34.97 
 
 
317 aa  132  5e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2558  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
312 aa  132  6e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.863347  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.63 
 
 
305 aa  132  6e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2789  short chain dehydrogenase  36.68 
 
 
304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625532  normal  0.190884 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.12 
 
 
307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0401995  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1955  putative short-chain dehydrogenase  36.9 
 
 
598 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00955158  hitchhiker  0.00174251 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.16 
 
 
298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0587  short chain dehydrogenase  35.31 
 
 
306 aa  130  3e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.92 
 
 
282 aa  130  4.0000000000000003e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.178945  normal  0.215411 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
277 aa  129  6e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0331463  normal  0.0268601 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.84 
 
 
324 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.627737  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2082  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.72 
 
 
318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3743  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
313 aa  126  5e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00430281  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
312 aa  125  7e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.3435  normal  0.21236 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.09 
 
 
276 aa  125  7e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.222894 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1842  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.15 
 
 
328 aa  125  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0753  short chain dehydrogenase  37.15 
 
 
305 aa  125  1e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.76 
 
 
326 aa  125  1e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3350  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43 
 
 
314 aa  124  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.244541  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.43 
 
 
295 aa  123  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.41 
 
 
307 aa  123  3e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0989891  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.73 
 
 
276 aa  123  4e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.72 
 
 
315 aa  123  5e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.118358 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0363  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  33.06 
 
 
273 aa  122  7e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.177062  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0856  dehydrogenase  34.97 
 
 
333 aa  122  7e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.944789  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2134  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.98 
 
 
329 aa  122  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.331088  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0766  dehydrogenase  34.97 
 
 
329 aa  122  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.24 
 
 
284 aa  121  9.999999999999999e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 
317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3334  short chain dehydrogenase  36.46 
 
 
299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.03 
 
 
304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0651953  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
266 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.784239 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.06 
 
 
269 aa  120  3e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.278197 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.31 
 
 
312 aa  120  3e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3572  short chain dehydrogenase  35.23 
 
 
308 aa  120  3.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.92 
 
 
304 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177477  normal  0.189843 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2219  short-chain dehydrogenase/reductase  35.89 
 
 
301 aa  119  6e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.498421  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15241  short-chain dehydrogenase/reductase  30.36 
 
 
309 aa  119  6e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.957013  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.11 
 
 
326 aa  119  6e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.11 
 
 
313 aa  119  6e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.289594 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.05 
 
 
312 aa  119  7e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.7 
 
 
309 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
273 aa  118  9e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00939747 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1459  short-chain dehydrogenase/reductase  31.29 
 
 
309 aa  118  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.392397  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.83 
 
 
292 aa  118  9.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0384845  normal  0.402092 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1940  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 
288 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.944669 
 
 
-
 
NC_003296  RS05496  putative oxidoreductase protein  37.19 
 
 
306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.58284 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.04 
 
 
310 aa  115  7.999999999999999e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0206248  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.67 
 
 
288 aa  115  7.999999999999999e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
338 aa  115  8.999999999999998e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.200528  normal  0.701446 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.73 
 
 
340 aa  115  1.0000000000000001e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00109277  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
305 aa  114  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0325177 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
289 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.582042  normal  0.314505 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
289 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.79705  normal  0.423189 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>