140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1013 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  62.08 
 
 		 652 aa  786    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0901  outer membrane autotransporter  88.06 
 
 		 638 aa  1105    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1013  Outer membrane autotransporter barrel  100 
 
 		 645 aa  1295    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal  0.106647 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1896  outer membrane autotransporter barrel domain protein  34.3 
 
 		 780 aa  182  1e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.727905 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0073  outer membrane autotransporter  34.06 
 
 		 943 aa  174  5e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.475524 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  31.84 
 
 		 225 aa  122  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  36.02 
 
 		 236 aa  96.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  32.81 
 
 		 570 aa  94.7  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  32.49 
 
 		 243 aa  94  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  28.45 
 
 		 234 aa  93.6  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  34.62 
 
 		 566 aa  92.8  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  34.32 
 
 		 997 aa  92  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  34.71 
 
 		 447 aa  91.7  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  32.19 
 
 		 254 aa  90.5  8e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  31.02 
 
 		 254 aa  90.1  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  29.41 
 
 		 240 aa  89  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  30 
 
 		 243 aa  89.4  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  29.33 
 
 		 241 aa  89.4  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  31.11 
 
 		 251 aa  89.7  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  31.9 
 
 		 246 aa  87.4  7e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  31.09 
 
 		 240 aa  87  9e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  32 
 
 		 251 aa  86.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4376  putative outer-membrane protein  31.58 
 
 		 260 aa  87  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36541  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  33.91 
 
 		 238 aa  85.9  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  30.57 
 
 		 250 aa  85.1  0.000000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  32.52 
 
 		 244 aa  85.1  0.000000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  32.74 
 
 		 207 aa  84.7  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  31.75 
 
 		 234 aa  84.7  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  33.64 
 
 		 258 aa  84.7  0.000000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  33.64 
 
 		 207 aa  84.3  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  32.14 
 
 		 454 aa  84  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  32.91 
 
 		 242 aa  84  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  33.33 
 
 		 240 aa  83.6  0.00000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  32.9 
 
 		 710 aa  83.2  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  32.77 
 
 		 255 aa  83.6  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  30.68 
 
 		 570 aa  83.2  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  27.05 
 
 		 578 aa  81.3  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  30.14 
 
 		 237 aa  81.3  0.00000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  32.13 
 
 		 239 aa  81.3  0.00000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  34.71 
 
 		 243 aa  81.3  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  32.35 
 
 		 241 aa  80.5  0.00000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  28.96 
 
 		 261 aa  80.1  0.0000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  30.08 
 
 		 258 aa  80.1  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  29.22 
 
 		 449 aa  79.7  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  32.35 
 
 		 206 aa  80.1  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  32.24 
 
 		 250 aa  80.1  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  29.36 
 
 		 230 aa  79.3  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  33.2 
 
 		 453 aa  79.3  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  33.91 
 
 		 452 aa  79  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  29.36 
 
 		 230 aa  79.3  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  32.14 
 
 		 228 aa  79.7  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  27.98 
 
 		 236 aa  78.6  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  32.61 
 
 		 237 aa  79  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  30.8 
 
 		 240 aa  79  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  32.37 
 
 		 193 aa  79  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  30 
 
 		 228 aa  79  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  32.14 
 
 		 228 aa  78.6  0.0000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  33.19 
 
 		 245 aa  78.6  0.0000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  32.79 
 
 		 248 aa  78.2  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  29.39 
 
 		 724 aa  77.4  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  32.27 
 
 		 449 aa  77  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  31.78 
 
 		 206 aa  77  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3614  putative outer membrane protein  31.22 
 
 		 235 aa  76.6  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  30.51 
 
 		 255 aa  76.6  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  32.88 
 
 		 238 aa  76.3  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  31.16 
 
 		 206 aa  76.3  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0475  porin  29.92 
 
 		 283 aa  76.3  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0556645  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  30.97 
 
 		 237 aa  75.5  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3232  OmpA domain-containing protein  31.28 
 
 		 230 aa  75.5  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000209958  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30.4 
 
 		 236 aa  75.1  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  29.78 
 
 		 232 aa  73.6  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  30.43 
 
 		 247 aa  72  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  29.96 
 
 		 209 aa  71.6  0.00000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  30.71 
 
 		 245 aa  70.9  0.00000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  28.71 
 
 		 562 aa  69.3  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  29.13 
 
 		 665 aa  69.7  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  30.67 
 
 		 237 aa  69.7  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  32.59 
 
 		 241 aa  68.6  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  30.21 
 
 		 559 aa  68.6  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4525  putative outer-membrane protein  30.96 
 
 		 257 aa  68.6  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  30.69 
 
 		 274 aa  68.6  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  28.19 
 
 		 670 aa  68.6  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  30.74 
 
 		 680 aa  67  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  29.95 
 
 		 229 aa  67  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  29.79 
 
 		 561 aa  66.2  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  30.77 
 
 		 236 aa  65.5  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  30.84 
 
 		 248 aa  63.2  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6718  hypothetical protein  32.77 
 
 		 550 aa  62.8  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  28.05 
 
 		 212 aa  62.4  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0132  porin  29.67 
 
 		 229 aa  62  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1543  putative outer-membrane protein  27.64 
 
 		 258 aa  62  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.403441  normal  0.192756 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  28.57 
 
 		 661 aa  61.2  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1215  omp25/ropB family outer membrane protein  23.36 
 
 		 281 aa  60.1  0.0000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  unclonable  9.29798e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2080  putative outer-membrane protein precursor  28.14 
 
 		 251 aa  59.3  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366829  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5652  porin  29.58 
 
 		 207 aa  59.3  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.303382  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3699  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.55 
 
 		 1186 aa  58.5  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0724462  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0916  outer membrane autotransporter  27.41 
 
 		 1144 aa  58.2  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.753371 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  29.15 
 
 		 207 aa  58.2  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1330  outer membrane autotransporter barrel domain protein  25.69 
 
 		 1122 aa  57  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1213  omp25/ropB family outer membrane protein  22.99 
 
 		 284 aa  56.2  0.000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000007665  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>