More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1006 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_2354  acriflavin resistance protein  41.45 
 
 
1027 aa  770    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4034  acriflavin resistance protein  56.65 
 
 
1037 aa  1131    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1338  acriflavin resistance protein  72.94 
 
 
1044 aa  1506    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01779  transporter lipoprotein transmembrane  44.98 
 
 
1405 aa  819    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03086  transporter transmembrane protein  40.98 
 
 
1034 aa  743    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.43508  normal  0.286784 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2137  putative transporter lipoprotein transmembrane  44.3 
 
 
1028 aa  833    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.379778  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1505  acriflavin resistance protein  49.11 
 
 
1088 aa  983    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0176509 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2622  acriflavin resistance protein  40.26 
 
 
1014 aa  710    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2083  RND superfamily multidrug efflux system protein  40.66 
 
 
1036 aa  759    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.334854  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0459  acriflavin resistance protein  44.11 
 
 
1027 aa  830    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1438  acriflavin resistance protein  49.1 
 
 
1088 aa  985    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.539754  normal  0.0180094 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4290  acriflavin resistance protein  58.07 
 
 
1046 aa  1135    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0982359  normal  0.0358979 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3031  acriflavin resistance protein  84.41 
 
 
1042 aa  1762    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.050113  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1280  acriflavin resistance protein  44.97 
 
 
1037 aa  815    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0345102 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5103  acriflavin resistance protein  57.95 
 
 
1044 aa  1138    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.869946 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2855  cation efflux transporter  49 
 
 
1088 aa  986    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.478721  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3964  acriflavin resistance protein  45.16 
 
 
1035 aa  852    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000156628 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4543  acriflavin resistance protein  44.86 
 
 
1033 aa  823    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.266065 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5613  acriflavin resistance protein  41.08 
 
 
1050 aa  775    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3300  acriflavin resistance protein  46.97 
 
 
1108 aa  918    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.992116  normal  0.412729 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0466  acriflavin resistance protein  56.74 
 
 
1031 aa  1093    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0468485  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2927  acriflavin resistance protein  45.31 
 
 
1009 aa  823    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.310729  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3045  acriflavin resistance protein  47.49 
 
 
1108 aa  914    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.256053  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0894  acriflavin resistance protein  93.4 
 
 
1060 aa  1938    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0397  acriflavin resistance protein  57.04 
 
 
1031 aa  1076    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.675147 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0039  acriflavin resistance protein  41.67 
 
 
1060 aa  772    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3825  acriflavin resistance protein  58.13 
 
 
1036 aa  1147    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4104  acriflavin resistance protein  44.32 
 
 
1031 aa  835    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0885  acriflavin resistance protein  88.81 
 
 
1053 aa  1805    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3023  acriflavin resistance protein  45.07 
 
 
1027 aa  805    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.904124 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2410  acriflavin resistance protein  45.22 
 
 
1036 aa  842    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.904497  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5659  acriflavin resistance protein  40.73 
 
 
1022 aa  753    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.891494  normal  0.720908 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1892  acriflavin resistance protein  64.64 
 
 
1031 aa  1295    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3464  Acr family transporter  46.97 
 
 
1101 aa  915    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1006  acriflavin resistance protein  100 
 
 
1058 aa  2105    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00411218  normal  0.136084 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1374  acriflavin resistance protein  56.84 
 
 
1028 aa  1075    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.244767  decreased coverage  0.0000403817 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0430  acriflavin resistance protein  57.04 
 
 
1031 aa  1076    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.31117  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3610  acriflavin resistance protein  86.02 
 
 
1040 aa  1767    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.35819  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2399  acriflavin resistance protein  39.92 
 
 
1032 aa  749    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.774253  normal  0.772443 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0557  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  79.81 
 
 
1046 aa  1640    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.644093  normal  0.291985 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3373  acriflavin resistance protein  45.18 
 
 
1031 aa  843    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.306386  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2378  acriflavin resistance protein  41.18 
 
 
1044 aa  746    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.856569  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0907  acriflavin resistance protein  74.7 
 
 
1043 aa  1489    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.582716  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7483  Acr family transporter  40.35 
 
 
1027 aa  748    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.10196  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2375  acriflavin resistance protein  50.05 
 
 
1103 aa  974    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.296544 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0427  acriflavin resistance protein  58.72 
 
 
1039 aa  1176    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.513566  normal  0.0142489 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4395  acriflavin resistance protein  57.68 
 
 
1047 aa  1131    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.882422 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7283  Acr family transporter  40.44 
 
 
1018 aa  716    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5161  acriflavin resistance protein  89.43 
 
 
1050 aa  1879    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.938326  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4834  acriflavin resistance protein  42.6 
 
 
1083 aa  792    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4107  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  52.53 
 
 
1067 aa  1022    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.666055  normal  0.120279 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3922  acriflavin resistance protein  58.07 
 
 
1046 aa  1135    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.081539 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3889  acriflavin resistance protein  50.8 
 
 
1018 aa  957    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0552128  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0806  acriflavin resistance protein  43.25 
 
 
1042 aa  808    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.326964 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4744  acriflavin resistance protein  44.72 
 
 
1028 aa  846    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.277916 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3471  acriflavin resistance protein  44.86 
 
 
1033 aa  823    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0282385  normal  0.0800862 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1148  acriflavin resistance protein  55.61 
 
 
1048 aa  1131    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.356784  normal  0.75467 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4664  acriflavin resistance protein  44.87 
 
 
1025 aa  813    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1667  acriflavin resistance protein  56.84 
 
 
1037 aa  1159    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29656  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2967  acriflavin resistance protein  40.36 
 
 
1032 aa  736    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.510734  normal  0.0225941 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3902  acriflavin resistance protein  45.4 
 
 
1044 aa  847    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.263563  normal  0.110043 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4023  acriflavin resistance protein  45.18 
 
 
1031 aa  843    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.349324  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2953  acriflavin resistance protein  33.75 
 
 
1038 aa  572  1.0000000000000001e-162  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133437  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2480  acriflavin resistance protein  34.98 
 
 
1028 aa  537  1e-151  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2392  acriflavin resistance protein  34.92 
 
 
1028 aa  532  1e-149  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.430925  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6213  acriflavin resistance protein  34.63 
 
 
1055 aa  526  1e-147  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.717195  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2664  outer membrane efflux protein  32.72 
 
 
1496 aa  522  1e-146  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0165  acriflavin resistance protein  32.18 
 
 
1032 aa  522  1e-146  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0763  acriflavin resistance protein  33.2 
 
 
1039 aa  514  1e-144  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2518  acriflavin resistance protein  33.53 
 
 
1041 aa  511  1e-143  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00118511  normal  0.514323 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0238  acriflavin resistance protein  33.4 
 
 
1067 aa  507  9.999999999999999e-143  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1476  acriflavin resistance protein  35.05 
 
 
1028 aa  507  9.999999999999999e-143  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.30053  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6179  acriflavin resistance protein  31.4 
 
 
1065 aa  508  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.160015  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2349  acriflavin resistance protein  31.46 
 
 
1070 aa  507  9.999999999999999e-143  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.253914  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4004  acriflavin resistance protein  32.92 
 
 
1470 aa  504  1e-141  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0815  acriflavin resistance protein  33.3 
 
 
1036 aa  503  1e-141  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1043  nodulation protein precursor  31.95 
 
 
1069 aa  506  1e-141  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2982  acriflavin resistance protein  33.08 
 
 
1028 aa  491  1e-137  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.05054  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0248  acriflavin resistance protein  33.11 
 
 
1054 aa  485  1e-135  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0226  acriflavin resistance protein  33.2 
 
 
1054 aa  484  1e-135  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.38584  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0237  acriflavin resistance protein  32.91 
 
 
1054 aa  482  1e-134  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1842  acriflavin resistance protein  30.88 
 
 
1058 aa  477  1e-133  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.844387  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3955  acriflavin resistance protein  31.85 
 
 
1075 aa  475  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.542775  normal  0.203686 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1667  acriflavin resistance protein  31.03 
 
 
1095 aa  474  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2817  acriflavin resistance protein  30.72 
 
 
1053 aa  472  1.0000000000000001e-131  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2369  acriflavin resistance protein  30.1 
 
 
1050 aa  471  1.0000000000000001e-131  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000403174 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1183  acriflavin resistance protein  33.07 
 
 
1038 aa  471  1.0000000000000001e-131  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.317348  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0752  acriflavin resistance protein  30.73 
 
 
1071 aa  468  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2024  acriflavin resistance protein  30.07 
 
 
1058 aa  469  9.999999999999999e-131  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000109059  normal  0.508224 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0979  acriflavin resistance protein  30.74 
 
 
1009 aa  464  1e-129  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.650548  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0960  acriflavin resistance protein  31.59 
 
 
1047 aa  464  1e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2099  acriflavin resistance protein  31.39 
 
 
1043 aa  460  9.999999999999999e-129  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1383  acriflavin resistance protein  29.9 
 
 
1022 aa  459  9.999999999999999e-129  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0880  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  30.97 
 
 
1068 aa  460  9.999999999999999e-129  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.288102  normal  0.231109 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0176  acriflavin resistance protein  29.71 
 
 
1034 aa  460  9.999999999999999e-129  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2783  acriflavin resistance protein  32.49 
 
 
1045 aa  463  9.999999999999999e-129  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0544081  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0472  acriflavin resistance protein  48.63 
 
 
1138 aa  456  1e-127  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.342663  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4164  acriflavin resistance protein  31.12 
 
 
1040 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0666932  normal  0.648782 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0160  acriflavin resistance protein  32.94 
 
 
1033 aa  454  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0559  acriflavin resistance protein  31.05 
 
 
1062 aa  455  1.0000000000000001e-126  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>