More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0846 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0846  cobalamin synthesis protein, P47K  100 
 
 
353 aa  725  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.136084 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4556  cobalamin synthesis protein, P47K  90.93 
 
 
347 aa  618  1e-176  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.107913  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0929  cobalamin synthesis protein P47K  88.32 
 
 
349 aa  598  1e-170  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.363072  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4831  cobalamin synthesis protein, P47K  86.89 
 
 
350 aa  594  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.293757  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1342  putative cobalamin synthesis protein/P47K family protein  84.81 
 
 
345 aa  574  1e-163  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245031 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0917  cobalamin synthesis protein, CobW  80.63 
 
 
350 aa  562  1e-159  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.191872  normal  0.446046 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3425  cobalamin synthesis protein, P47K  82.15 
 
 
361 aa  557  1e-157  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0953309  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0756  cobalamin synthesis protein, CobW  74.5 
 
 
353 aa  512  1e-144  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3468  cobalamin synthesis protein, P47K  74.93 
 
 
355 aa  512  1e-144  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.246587  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3021  cobalamin synthesis protein P47K  69.41 
 
 
358 aa  488  1e-137  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4710  cobalamin synthesis protein P47K  69.12 
 
 
355 aa  483  1e-135  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.149594 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3685  cobalamin synthesis protein P47K  67.44 
 
 
335 aa  469  1e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.444598  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3663  cobalamin synthesis protein P47K  70.03 
 
 
363 aa  469  1e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.234992 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1731  cobalamin synthesis protein P47K  66.48 
 
 
329 aa  466  1e-130  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.425021 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1778  cobalamin synthesis protein P47K  66.76 
 
 
328 aa  464  1e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.468449  normal  0.647209 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2114  cobalamin synthesis protein P47K  66.76 
 
 
328 aa  464  1e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.56186 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4494  cobalamin synthesis protein P47K  66.57 
 
 
320 aa  452  1e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0590812  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4562  cobalamin synthesis protein P47K  67.16 
 
 
320 aa  449  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00110113 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2276  putative CobW protein involved in cobalamin synthesis  62.64 
 
 
326 aa  440  1e-122  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0913619  normal  0.150937 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0929  low affinity zinc transport membrane protein  62.68 
 
 
343 aa  428  1e-119  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.426813  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2842  cobalamin synthesis protein, P47K  62.15 
 
 
354 aa  424  1e-117  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1373  cobalamin synthesis protein P47K  58.16 
 
 
393 aa  421  1e-117  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0987  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  60.49 
 
 
374 aa  420  1e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.32175  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1304  cobalamin synthesis protein, P47K  60.29 
 
 
320 aa  419  1e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.405141  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2767  cobalamin synthesis protein P47K  61.25 
 
 
369 aa  412  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3384  cobalamin synthesis protein P47K  59.38 
 
 
360 aa  406  1e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.162909  normal  0.200467 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3682  cobalamin synthesis protein P47K  58.52 
 
 
367 aa  408  1e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.296986 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3796  hypothetical protein  57.92 
 
 
365 aa  402  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.213041  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0611  cobalamin synthesis protein P47K  58.26 
 
 
332 aa  399  1e-110  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.71741  normal  0.0611069 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0196  cobalamin synthesis protein P47K  59.66 
 
 
364 aa  385  1e-106  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174465  normal  0.775043 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3189  cobalamin synthesis protein P47K  53.2 
 
 
323 aa  359  3e-98  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0646926 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0285  cobalamin synthesis protein/P47K  52.86 
 
 
323 aa  358  6e-98  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.980872  normal  0.42321 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1909  cobalamin synthesis protein P47K  51.28 
 
 
323 aa  355  7e-97  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5187  cobalamin synthesis protein P47K  51.42 
 
 
323 aa  352  7e-96  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.491695  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0888  cobalamin synthesis protein P47K  49.86 
 
 
323 aa  343  2e-93  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.908618 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0862  cobalamin synthesis protein P47K  49.86 
 
 
323 aa  343  2e-93  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0947  putative CobW protein involved in cobalamin synthesis  48.13 
 
 
337 aa  325  7e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4708  cobalamin synthesis protein P47K  45.4 
 
 
324 aa  304  1e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.455189  normal  0.404578 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6978  cobalamin synthesis protein P47K  44.96 
 
 
324 aa  303  2e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.227526  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0291  cobalamin synthesis protein P47K  44.76 
 
 
328 aa  303  4e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1456  cobalamin synthesis protein P47K  42.25 
 
 
384 aa  289  5e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011699  PHATRDRAFT_41508  predicted protein  42.66 
 
 
394 aa  287  2e-76  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.328338  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3429  cobalamin synthesis protein, P47K  44.6 
 
 
350 aa  285  1e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal  0.828912 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2023  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  42.65 
 
 
316 aa  283  3e-75  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40657  predicted protein  44.07 
 
 
404 aa  282  5e-75  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.15891  normal  0.0463328 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3286  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  42.36 
 
 
316 aa  280  4e-74  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1883  cobalamin synthesis protein P47K  42.07 
 
 
316 aa  278  8e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.327033  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1879  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  41.79 
 
 
319 aa  278  9e-74  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2021  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  41.79 
 
 
316 aa  278  1e-73  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.53794  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2056  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  41.79 
 
 
316 aa  278  1e-73  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2101  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  41.79 
 
 
316 aa  277  2e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1833  cobalamin synthesis protein  41.79 
 
 
319 aa  277  2e-73  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2134  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  41.79 
 
 
316 aa  277  2e-73  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1524  cobalamin synthesis protein P47K  42.36 
 
 
319 aa  277  2e-73  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3439  cobalamin synthesis protein, P47K  43.63 
 
 
351 aa  277  2e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.745732  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1724  cobalamin synthesis protein P47K  63.51 
 
 
493 aa  276  4e-73  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.651527 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3457  cobalamin synthesis protein P47K  43.48 
 
 
322 aa  276  4e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1849  cobalamin synthesis protein  41.5 
 
 
316 aa  275  8e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.443827  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1063  cobalamin synthesis protein, P47K  43.18 
 
 
352 aa  270  2e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.941707 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0904  cobalamin synthesis protein P47K  44.7 
 
 
349 aa  269  4e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0807  cobalamin synthesis protein, P47K  44.97 
 
 
359 aa  268  9e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.591841  normal  0.94341 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11271  cobalamin synthesis protein/P47K  59.07 
 
 
452 aa  268  1e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1037  G3E family GTPase  58.6 
 
 
460 aa  268  1e-70  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1044  cobalamin synthesis protein/P47K  59.53 
 
 
449 aa  268  1e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.936945  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3607  cobalamin synthesis protein P47K  44.84 
 
 
375 aa  267  2e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.734261  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3432  cobalamin synthesis protein/P47K  41.69 
 
 
347 aa  267  2e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.432548  normal  0.426246 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11351  cobalamin synthesis protein/P47K  59.07 
 
 
449 aa  267  2e-70  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11351  cobalamin synthesis protein/P47K  59.07 
 
 
449 aa  266  3e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.593368  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19071  cobalamin synthesis protein/P47K  58.6 
 
 
460 aa  266  3e-70  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4377  hypothetical protein  41.87 
 
 
363 aa  266  4e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_11161  cobalamin synthesis protein/P47K  47.83 
 
 
457 aa  266  5e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.210673 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0072  cobalamin synthesis protein P47K  42.94 
 
 
362 aa  263  3e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_15201  cobalamin synthesis protein/P47K  58.29 
 
 
460 aa  263  4e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.527171  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1732  cobalamin synthesis protein P47K  44.29 
 
 
352 aa  263  5e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2015  cobalamin synthesis protein, P47K  44.69 
 
 
353 aa  262  6e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3078  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis CobW, C-terminal  40.27 
 
 
360 aa  261  1e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.361866  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3386  hypothetical protein  44.73 
 
 
347 aa  261  2e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.414408 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_29990  predicted protein  40.5 
 
 
339 aa  258  1e-67  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.120572  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4556  cobalamin synthesis protein, P47K  43.54 
 
 
356 aa  258  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_3375  predicted protein  43.04 
 
 
388 aa  258  1e-67  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7138  cobalamin synthesis protein P47K  45.25 
 
 
360 aa  258  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.775863  normal  0.480911 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3834  cobalamin synthesis protein P47K  42.82 
 
 
343 aa  255  8e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.739189 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0634  cobalamin synthesis protein/P47K  45.35 
 
 
369 aa  254  1e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5092  cobalamin synthesis protein P47K  43.52 
 
 
327 aa  254  2e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.2571  normal  0.304684 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0345  cobalamin synthesis protein P47K  40.56 
 
 
362 aa  253  4e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.593082 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0163  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis CobW, C-terminal  41.08 
 
 
357 aa  252  7e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2998  cobalamin synthesis protein P47K  41.53 
 
 
387 aa  249  5e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.249675 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0127  cobalamin synthesis protein P47K  42.34 
 
 
363 aa  247  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.150599 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6439  cobalamin synthesis protein/P47K  43.94 
 
 
359 aa  247  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3084  cobalamin synthesis protein P47K  42.82 
 
 
359 aa  246  3e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0517303 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3135  cobalamin synthesis protein, P47K  42.82 
 
 
388 aa  246  5e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.470512  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3106  cobalamin synthesis protein P47K  40.67 
 
 
395 aa  245  7e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.405952 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3089  cobalamin synthesis protein, P47K  42.58 
 
 
393 aa  245  7e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.356771  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2305  cobalamin synthesis protein, P47K  39.77 
 
 
329 aa  244  2e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.394905  normal  0.267702 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2475  cobalamin synthesis protein, P47K  42.3 
 
 
393 aa  244  2e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557967  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3380  cobalamin synthesis protein P47K  40.28 
 
 
359 aa  243  4e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3703  cobalamin synthesis protein P47K  38.55 
 
 
362 aa  242  8e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.847645 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0047  hypothetical protein  42.18 
 
 
362 aa  241  2e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4002  cobalamin synthesis protein P47K  38.53 
 
 
346 aa  235  1e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.242709  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1081  cobalamin synthesis protein P47K  38.38 
 
 
384 aa  234  2e-60  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.640909 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>