179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0841 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  100 
 
 		 242 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  90.08 
 
 		 238 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  82.38 
 
 		 243 aa  362  3e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  70.37 
 
 		 251 aa  326  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  58.23 
 
 		 236 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  56.4 
 
 		 237 aa  255  4e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  55.6 
 
 		 240 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  56 
 
 		 237 aa  250  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  54.66 
 
 		 236 aa  241  6e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  53.65 
 
 		 243 aa  224  7e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  53.63 
 
 		 245 aa  218  6e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  57.2 
 
 		 241 aa  217  1e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  56.44 
 
 		 238 aa  210  1e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  51.28 
 
 		 209 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  52.65 
 
 		 241 aa  194  1e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  46.77 
 
 		 193 aa  167  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  43.24 
 
 		 245 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  43.31 
 
 		 237 aa  129  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  39.23 
 
 		 247 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  43.97 
 
 		 243 aa  122  4e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  40.61 
 
 		 246 aa  119  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  44.51 
 
 		 274 aa  118  7e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  37.45 
 
 		 254 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  35.34 
 
 		 453 aa  116  3e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  37.4 
 
 		 251 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  41.44 
 
 		 241 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  33.58 
 
 		 566 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  33.08 
 
 		 570 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  35.08 
 
 		 452 aa  109  4.0000000000000004e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  38.4 
 
 		 254 aa  108  6e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  32.68 
 
 		 244 aa  108  9.000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  38.84 
 
 		 447 aa  107  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  38.74 
 
 		 240 aa  107  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  37.45 
 
 		 240 aa  106  3e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  36.73 
 
 		 207 aa  106  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  35.98 
 
 		 225 aa  106  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  34.45 
 
 		 997 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  35.79 
 
 		 255 aa  103  3e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  36.74 
 
 		 255 aa  103  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4376  putative outer-membrane protein  37.08 
 
 		 260 aa  102  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36541  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  37.17 
 
 		 454 aa  102  8e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  38.38 
 
 		 258 aa  101  9e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3979  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  34.56 
 
 		 262 aa  101  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  35.34 
 
 		 258 aa  99.8  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  31.48 
 
 		 562 aa  99.4  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  35.77 
 
 		 449 aa  99  7e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  34.65 
 
 		 570 aa  97.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  32.5 
 
 		 559 aa  96.7  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  34.34 
 
 		 261 aa  95.5  7e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  37 
 
 		 449 aa  95.1  8e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  35.8 
 
 		 248 aa  94.7  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  34.96 
 
 		 232 aa  94.7  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  39.7 
 
 		 248 aa  94.7  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  34.32 
 
 		 206 aa  92.8  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  34.55 
 
 		 561 aa  92.8  5e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  34.3 
 
 		 578 aa  92  7e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  35.27 
 
 		 207 aa  90.5  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3614  putative outer membrane protein  36.92 
 
 		 235 aa  90.1  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  33.05 
 
 		 228 aa  89.7  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  36.45 
 
 		 212 aa  89.7  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  33.49 
 
 		 250 aa  88.6  8e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  32.26 
 
 		 652 aa  87.8  1e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  32.67 
 
 		 692 aa  85.5  6e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2080  putative outer-membrane protein precursor  35.71 
 
 		 251 aa  84  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366829  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  31.05 
 
 		 234 aa  83.6  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  31.71 
 
 		 236 aa  83.6  0.000000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  34.14 
 
 		 237 aa  83.6  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  33.06 
 
 		 229 aa  82.8  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  35.35 
 
 		 236 aa  81.3  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  34.55 
 
 		 206 aa  80.5  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1770  putative outer membrane protein  29.41 
 
 		 571 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  33.33 
 
 		 206 aa  80.5  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3164  porin  30.59 
 
 		 255 aa  80.1  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.393923  normal  0.238658 
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  32.5 
 
 		 228 aa  79.7  0.00000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  33.07 
 
 		 239 aa  79.7  0.00000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1543  putative outer-membrane protein  31.94 
 
 		 258 aa  79.7  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.403441  normal  0.192756 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  32.19 
 
 		 207 aa  79.3  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0901  outer membrane autotransporter  31.9 
 
 		 638 aa  79  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  32.22 
 
 		 228 aa  78.6  0.00000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  34.26 
 
 		 661 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  31.17 
 
 		 693 aa  78.2  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  29.76 
 
 		 662 aa  78.6  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  33.65 
 
 		 689 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  32.2 
 
 		 207 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  27.64 
 
 		 274 aa  76.3  0.0000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0415  outer membrane protein  33.88 
 
 		 255 aa  75.9  0.0000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0429  putative 31 kDa outer-membrane immunogenic protein precursor  34.09 
 
 		 219 aa  75.9  0.0000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.22814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1013  Outer membrane autotransporter barrel  32.05 
 
 		 645 aa  75.5  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal  0.106647 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  30.67 
 
 		 213 aa  75.5  0.0000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  29.92 
 
 		 230 aa  75.1  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  29.92 
 
 		 230 aa  75.1  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  33.64 
 
 		 710 aa  73.9  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4525  putative outer-membrane protein  35 
 
 		 257 aa  72.8  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  32.14 
 
 		 250 aa  72  0.000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1699  hypothetical protein  31.6 
 
 		 198 aa  72  0.000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.013391  normal  0.0555253 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0125  porin  30 
 
 		 283 aa  71.6  0.000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  34.17 
 
 		 207 aa  71.6  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  28.96 
 
 		 680 aa  71.2  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  32.02 
 
 		 234 aa  70.5  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0513  porin  29.73 
 
 		 279 aa  68.6  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.263575  hitchhiker  0.00240622 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>