More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0834 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0834  hypothetical protein  100 
 
 
157 aa  318  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0564298 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4567  hypothetical protein  86.62 
 
 
157 aa  251  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0918  protein of unknown function UPF0047  80.13 
 
 
157 aa  228  2e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.676321  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4820  hypothetical protein  70.7 
 
 
157 aa  224  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.277818  normal  0.824892 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0850  hypothetical protein  62.99 
 
 
155 aa  210  5.999999999999999e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.162209  normal  0.719995 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1451  hypothetical protein  61.59 
 
 
157 aa  185  2e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3690  hypothetical protein  55.94 
 
 
160 aa  171  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3238  hypothetical protein  57.34 
 
 
160 aa  169  2e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.143896 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3433  protein of unknown function UPF0047  56.64 
 
 
160 aa  167  7e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3562  protein of unknown function UPF0047  55.24 
 
 
160 aa  165  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.140371 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1542  protein of unknown function UPF0047  51.57 
 
 
166 aa  163  9e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.462626  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0627  hypothetical protein  53.46 
 
 
166 aa  162  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.299074  decreased coverage  0.00428994 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0081  protein of unknown function UPF0047  56.49 
 
 
139 aa  159  2e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0686334  normal  0.0165253 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2676  protein of unknown function UPF0047  56.92 
 
 
138 aa  158  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3428  protein of unknown function UPF0047  56.92 
 
 
138 aa  158  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2128  hypothetical protein  57.04 
 
 
140 aa  157  4e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.594367  normal  0.370679 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2219  hypothetical protein  54.74 
 
 
140 aa  157  5e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.334245  normal  0.457573 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1302  protein of unknown function UPF0047  54.96 
 
 
139 aa  157  7e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2118  protein of unknown function UPF0047  56.49 
 
 
139 aa  155  2e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4874  hypothetical protein  54.62 
 
 
137 aa  155  3e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.903926  hitchhiker  0.00000135956 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2820  hypothetical protein  54.48 
 
 
144 aa  154  4e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.269441  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0078  hypothetical protein  52.82 
 
 
149 aa  152  2e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5144  hypothetical protein  52.14 
 
 
139 aa  152  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.356001  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2940  protein of unknown function UPF0047  52.17 
 
 
140 aa  151  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.250526  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2680  protein of unknown function UPF0047  52.17 
 
 
140 aa  150  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.686166  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2851  protein of unknown function UPF0047  57.6 
 
 
140 aa  148  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1124  hypothetical protein  52.59 
 
 
140 aa  147  4e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1467  hypothetical protein  51.45 
 
 
144 aa  147  4e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0104  hypothetical protein  53.44 
 
 
139 aa  147  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1587  hypothetical protein  53.44 
 
 
139 aa  147  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.185989  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0131  hypothetical protein  53.44 
 
 
139 aa  147  5e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0099  hypothetical protein  53.44 
 
 
139 aa  147  5e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.426584  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3301  hypothetical protein  50.71 
 
 
139 aa  147  6e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0121064 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2407  hypothetical protein  52.27 
 
 
137 aa  147  7e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5223  hypothetical protein  52.14 
 
 
139 aa  146  9e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3983  hypothetical protein  53.44 
 
 
139 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000000552293  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4457  hypothetical protein  50.38 
 
 
138 aa  145  1.0000000000000001e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.42448  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4801  hypothetical protein  50.71 
 
 
139 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.639835  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3367  hypothetical protein  50.71 
 
 
139 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00750068  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4149  hypothetical protein  50.71 
 
 
139 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.183368  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2889  hypothetical protein  50 
 
 
139 aa  144  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4069  hypothetical protein  51.45 
 
 
141 aa  144  4.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.491688  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1335  hypothetical protein  51.15 
 
 
140 aa  142  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.970106  decreased coverage  0.00476745 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3095  hypothetical protein  56.56 
 
 
126 aa  142  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0121064  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2190  hypothetical protein  50.78 
 
 
139 aa  142  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2258  hypothetical protein  50.37 
 
 
139 aa  140  7e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.479021 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5282  protein of unknown function UPF0047  50.38 
 
 
139 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.421624  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0643  protein of unknown function UPF0047  52.67 
 
 
142 aa  139  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1273  protein of unknown function UPF0047  51.15 
 
 
138 aa  134  5e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1880  hypothetical protein  48.85 
 
 
137 aa  133  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2137  hypothetical protein  45.65 
 
 
142 aa  132  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.435583  normal  0.930073 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6559  protein of unknown function UPF0047  52.67 
 
 
143 aa  131  3.9999999999999996e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.552252  normal  0.186603 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1762  hypothetical protein  52.67 
 
 
142 aa  130  6.999999999999999e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.292066  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1102  hypothetical protein  48.53 
 
 
139 aa  128  3e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.495108  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0632  hypothetical protein  43.38 
 
 
139 aa  125  2.0000000000000002e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0889  protein of unknown function UPF0047  47.01 
 
 
143 aa  124  3e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0742  conserved hypothetical protein TIGR00149  47.01 
 
 
143 aa  124  3e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07151  hypothetical protein  44.68 
 
 
156 aa  124  5e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1691  hypothetical protein  47.06 
 
 
138 aa  123  1e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00156174  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04921  hypothetical protein  41.1 
 
 
212 aa  122  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0925424  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2217  hypothetical protein  52.94 
 
 
139 aa  121  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.851507  hitchhiker  0.001424 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05561  hypothetical protein  41.96 
 
 
151 aa  120  8e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1688  hypothetical protein  46.62 
 
 
195 aa  119  9.999999999999999e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0674  hypothetical protein  46.92 
 
 
205 aa  119  1.9999999999999998e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.798458  normal  0.310853 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0493  hypothetical protein  41.1 
 
 
151 aa  119  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0896666  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05481  hypothetical protein  41.96 
 
 
151 aa  117  4.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.339637  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1262  protein of unknown function UPF0047  51.67 
 
 
140 aa  117  7.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.46172 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0261  hypothetical protein  54.37 
 
 
141 aa  117  7.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5528  protein of unknown function UPF0047  44.7 
 
 
140 aa  117  7.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.652918  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1703  protein of unknown function UPF0047  54.9 
 
 
140 aa  117  7.999999999999999e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05491  hypothetical protein  38.46 
 
 
153 aa  117  9e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.985204  normal  0.552245 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05191  hypothetical protein  40.41 
 
 
151 aa  116  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0327196  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1825  hypothetical protein  38.46 
 
 
153 aa  116  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2384  hypothetical protein  48.39 
 
 
139 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0249  hypothetical protein  46.21 
 
 
145 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00650906  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1665  hypothetical protein  52.1 
 
 
139 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000223212  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1322  hypothetical protein  40.88 
 
 
139 aa  115  1.9999999999999998e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1264  hypothetical cytosolic protein  40.88 
 
 
150 aa  115  1.9999999999999998e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1293  hypothetical protein  46.15 
 
 
140 aa  115  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002339  hypothetical protein  46.56 
 
 
148 aa  114  5e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.195625  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2784  hypothetical protein  55.45 
 
 
139 aa  114  6e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00159172  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_32835  conserved hypothetical protein  49.52 
 
 
147 aa  114  6.9999999999999995e-25  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.805601  normal  0.755477 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2403  protein of unknown function UPF0047  42.34 
 
 
140 aa  114  7.999999999999999e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2162  hypothetical protein  51.55 
 
 
134 aa  112  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2136  hypothetical protein  51.55 
 
 
134 aa  113  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3510  hypothetical protein  47.58 
 
 
139 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6028  hypothetical protein  45.93 
 
 
141 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4360  hypothetical protein  44.09 
 
 
139 aa  112  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0219  hypothetical protein  45.38 
 
 
141 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1152  protein of unknown function UPF0047  42.65 
 
 
139 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.916503  hitchhiker  0.00000047058 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2246  protein of unknown function UPF0047  52.29 
 
 
140 aa  112  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49270  predicted protein  52.25 
 
 
154 aa  112  3e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00014  hypothetical protein  44.44 
 
 
159 aa  111  3e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2650  hypothetical protein  46.21 
 
 
139 aa  111  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69780  hypothetical protein  45.19 
 
 
141 aa  112  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.570881 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0725  protein of unknown function UPF0047  46.46 
 
 
141 aa  110  5e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47770  hypothetical protein  50.42 
 
 
141 aa  110  6e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.141406  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0188  hypothetical protein  58.43 
 
 
141 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0267  hypothetical protein  50 
 
 
141 aa  110  9e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.508397  normal  0.204565 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5504  hypothetical protein  46.15 
 
 
141 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.387087  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>