More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0816 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0816  protoheme IX farnesyltransferase  100 
 
 		 313 aa  615  1e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.566736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4586  protoheme IX farnesyltransferase  93.93 
 
 		 313 aa  570  1e-161  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0901  protoheme IX farnesyltransferase  89.71 
 
 		 312 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.110093  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4789  protoheme IX farnesyltransferase  82.14 
 
 		 313 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0830  protoheme IX farnesyltransferase  78.57 
 
 		 312 aa  476  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0147164  normal  0.292197 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0225  protoheme IX farnesyltransferase  80.84 
 
 		 312 aa  471  1e-132  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0763  protoheme IX farnesyltransferase  80.52 
 
 		 353 aa  469  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.467386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0257  protoheme IX farnesyltransferase  80.52 
 
 		 328 aa  469  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3461  protoheme IX farnesyltransferase  80.52 
 
 		 328 aa  469  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4646  protoheme IX farnesyltransferase  70.07 
 
 		 315 aa  387  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.372407  normal  0.111817 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0671  protoheme IX farnesyltransferase  63.09 
 
 		 318 aa  369  1e-101  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.613215 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0644  protoheme IX farnesyltransferase  57.19 
 
 		 316 aa  345  8e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.211966 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0728  protoheme IX farnesyltransferase  62.21 
 
 		 321 aa  345  8e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.147557 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0743  protoheme IX farnesyltransferase  59.27 
 
 		 310 aa  343  2.9999999999999997e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.120936  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0469  protoheme IX farnesyltransferase  57.28 
 
 		 315 aa  339  2.9999999999999998e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.362812  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0583  protoheme IX farnesyltransferase  56.96 
 
 		 315 aa  338  5.9999999999999996e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.0000491835  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0604  protoheme IX farnesyltransferase  56.54 
 
 		 316 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0520  protoheme IX farnesyltransferase  54.66 
 
 		 316 aa  337  1.9999999999999998e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0475  protoheme IX farnesyltransferase  57.19 
 
 		 312 aa  335  5e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.100765  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1042  protoheme IX farnesyltransferase  54.93 
 
 		 325 aa  330  3e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0031  protoheme IX farnesyltransferase  58.42 
 
 		 316 aa  320  9.999999999999999e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.823652  normal  0.697538 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1239  protoheme IX farnesyltransferase  60.13 
 
 		 316 aa  318  6e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.377478 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3457  protoheme IX farnesyltransferase  58.25 
 
 		 317 aa  309  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0475  protoheme IX farnesyltransferase  54.95 
 
 		 310 aa  308  6.999999999999999e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1827  protoheme IX farnesyltransferase  54.95 
 
 		 310 aa  308  6.999999999999999e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0766556  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3585  protoheme IX farnesyltransferase  60.59 
 
 		 317 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3261  protoheme IX farnesyltransferase  60.59 
 
 		 317 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.116788 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0262  protoheme IX farnesyltransferase  59.71 
 
 		 317 aa  306  3e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284022  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3154  protoheme IX farnesyltransferase  55.15 
 
 		 309 aa  305  5.0000000000000004e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2347  protoheme IX farnesyltransferase  58.61 
 
 		 317 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.8404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4320  protoheme IX farnesyltransferase  55.41 
 
 		 305 aa  300  1e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0343069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3877  protoheme IX farnesyltransferase  57.95 
 
 		 302 aa  300  3e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.153481  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0319  protoheme IX farnesyltransferase  54.9 
 
 		 315 aa  296  4e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0628217  normal  0.314061 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1403  protoheme IX farnesyltransferase  55.86 
 
 		 308 aa  295  9e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0405  protoheme IX farnesyltransferase  55.99 
 
 		 311 aa  294  1e-78  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.789326  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0615  protoheme IX farnesyltransferase  54.05 
 
 		 310 aa  290  2e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4504  protoheme IX farnesyltransferase  56.07 
 
 		 345 aa  289  4e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.569688 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0915  protoheme IX farnesyltransferase  52.96 
 
 		 304 aa  288  7e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.010873  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2335  protoheme IX farnesyltransferase  52.65 
 
 		 313 aa  286  4e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.377934  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0302  protoheme IX farnesyltransferase  50.53 
 
 		 295 aa  282  5.000000000000001e-75  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  decreased coverage  0.00437405  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2232  protoheme IX farnesyltransferase  54.33 
 
 		 330 aa  276  3e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0835279  hitchhiker  0.00671366 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0811  protoheme IX farnesyltransferase  46.39 
 
 		 295 aa  275  5e-73  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.791489  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2165  protoheme IX farnesyltransferase  52.94 
 
 		 317 aa  271  1e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0623  protoheme IX farnesyltransferase  49.12 
 
 		 302 aa  265  5.999999999999999e-70  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0491007  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1141  protoheme IX farnesyltransferase  53 
 
 		 328 aa  262  6e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1004  protoheme IX farnesyltransferase  44.76 
 
 		 295 aa  258  6e-68  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.458622  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1908  protoheme IX farnesyltransferase  51.24 
 
 		 302 aa  254  2.0000000000000002e-66  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3039  Protoheme IX farnesyltransferase  45.91 
 
 		 299 aa  233  2.0000000000000002e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000858907  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0224  protoheme IX farnesyltransferase  45.45 
 
 		 534 aa  223  4e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.478514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0044  protoheme IX farnesyltransferase  43.86 
 
 		 303 aa  222  4.9999999999999996e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4304  protoheme IX farnesyltransferase  45.77 
 
 		 535 aa  221  9.999999999999999e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0301  protoheme IX farnesyltransferase  48.94 
 
 		 309 aa  219  5e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.305576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0191  protoheme IX farnesyltransferase  45.64 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3708  protoheme IX farnesyltransferase  45.39 
 
 		 443 aa  216  4e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00051278  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1432  protoheme IX farnesyltransferase  44.12 
 
 		 300 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3188  protoheme IX farnesyltransferase  44.12 
 
 		 300 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3003  protoheme IX farnesyltransferase  44.26 
 
 		 302 aa  215  5.9999999999999996e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.523448  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2859  protoheme IX farnesyltransferase  44.12 
 
 		 300 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0160  protoheme IX farnesyltransferase  44.12 
 
 		 300 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0499  protoheme IX farnesyltransferase  44.12 
 
 		 300 aa  215  7e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0517  protoheme IX farnesyltransferase  44.12 
 
 		 300 aa  215  7e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0682  protoheme IX farnesyltransferase  44.12 
 
 		 300 aa  215  7e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.392263  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3899  protoheme IX farnesyltransferase  43.2 
 
 		 302 aa  215  8e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.295694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3828  protoheme IX farnesyltransferase  47.89 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.47985 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0435  protoheme IX farnesyltransferase  44.12 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.605923  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0286  protoheme IX farnesyltransferase  43.58 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0554  protoheme IX farnesyltransferase  45.33 
 
 		 301 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.175384  normal  0.802361 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6167  protoheme IX farnesyltransferase  45.45 
 
 		 300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.455458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2224  protoheme IX farnesyltransferase  45.45 
 
 		 300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2848  protoheme IX farnesyltransferase  45.45 
 
 		 300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.273412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2837  protoheme IX farnesyltransferase  45.45 
 
 		 300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15280  protoheme IX farnesyltransferase  45.96 
 
 		 294 aa  212  5.999999999999999e-54  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0625707  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0071  protoheme IX farnesyltransferase  45.33 
 
 		 296 aa  212  7e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2894  protoheme IX farnesyltransferase  45.1 
 
 		 300 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4064  protoheme IX farnesyltransferase  44.01 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.298465  normal  0.322583 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2754  protoheme IX farnesyltransferase  45.1 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628153  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1505  protoheme IX farnesyltransferase  42.32 
 
 		 622 aa  210  3e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3173  protoheme IX farnesyltransferase  46.89 
 
 		 311 aa  210  3e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0955942  normal  0.36361 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0070  protoheme IX farnesyltransferase  45.55 
 
 		 306 aa  209  7e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.915118  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1649  protoheme IX farnesyltransferase  45.2 
 
 		 289 aa  207  1e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0466  protoheme IX farnesyltransferase  45.76 
 
 		 300 aa  206  3e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.622131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0323  protoheme IX farnesyltransferase  44.83 
 
 		 311 aa  206  5e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2247  protoheme IX farnesyltransferase  46.64 
 
 		 328 aa  206  6e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000151822 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2850  protoheme IX farnesyltransferase  43.75 
 
 		 306 aa  205  9e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3527  protoheme IX farnesyltransferase  43.75 
 
 		 306 aa  205  9e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.153236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4162  protoheme IX farnesyltransferase  45.3 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0270  protoheme IX farnesyltransferase  43.79 
 
 		 312 aa  204  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.80654 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0130  protoheme IX farnesyltransferase  45.3 
 
 		 297 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.914448 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1254  protoheme IX farnesyltransferase  44.91 
 
 		 304 aa  204  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0188  protoheme IX farnesyltransferase  44.71 
 
 		 304 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1781  protoheme IX farnesyltransferase  43.62 
 
 		 328 aa  204  2e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.641415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3315  protoheme IX farnesyltransferase  43.15 
 
 		 317 aa  203  3e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000327669 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1209  protoheme IX farnesyltransferase  42.24 
 
 		 324 aa  203  3e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.444038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01380  protoheme IX farnesyltransferase  44.37 
 
 		 304 aa  203  4e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0250  protoheme IX farnesyltransferase  40.74 
 
 		 303 aa  202  6e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4382  protoheme IX farnesyltransferase  45.1 
 
 		 301 aa  202  8e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0062  protoheme IX farnesyltransferase  43.93 
 
 		 298 aa  201  9e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.291941  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3688  protoheme IX farnesyltransferase  43.51 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0247  protoheme IX farnesyltransferase  43.26 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0187276 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0228  protoheme IX farnesyltransferase  43.26 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>