104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0802 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0802  regulatory protein, TetR  100 
 
 
182 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.334843  normal  0.796776 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4608  TetR family transcriptional regulator  89.56 
 
 
182 aa  332  2e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.582977  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0883  transcriptional regulator, TetR family  85.16 
 
 
185 aa  317  5e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476269  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0301  TetR family transcriptional regulator  35.88 
 
 
180 aa  102  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.246546 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1299  TetR family transcriptional regulator  34.44 
 
 
202 aa  90.9  9e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.808118  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2981  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
180 aa  89  3e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2656  TetR family transcriptional regulator  36.48 
 
 
179 aa  88.6  4e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.754114  normal  0.0141418 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2407  TetR family transcriptional regulator  30.2 
 
 
177 aa  87.4  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0993242  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1596  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 
192 aa  86.3  3e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000620531  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3251  regulatory protein, TetR  32.5 
 
 
205 aa  85.5  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000584066  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3873  regulatory protein TetR  37.25 
 
 
208 aa  80.5  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3817  TetR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
209 aa  77.4  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.287238  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42260  TetR family regulatory protein  31.54 
 
 
198 aa  75.9  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5846  TetR family transcriptional regulator  35.58 
 
 
205 aa  74.7  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.472138  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4123  hypothetical protein  27.5 
 
 
189 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.39248 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1619  TetR family transcriptional regulator  33.12 
 
 
188 aa  72.8  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.776591 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3960  transcriptional regulator, TetR family  34.93 
 
 
210 aa  73.2  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.879503  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3681  TetR family transcriptional regulator  35.26 
 
 
224 aa  72.4  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.966495  normal  0.60312 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1595  TetR family transcriptional regulator  33.12 
 
 
211 aa  72.8  0.000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.201593  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1901  TetR family transcriptional regulator  34.44 
 
 
187 aa  72.4  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6023  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 
184 aa  72.8  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0620449  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5117  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
211 aa  71.2  0.000000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.602589  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5206  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
211 aa  71.2  0.000000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5497  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
211 aa  71.2  0.000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4460  TetR family transcriptional regulator  37.61 
 
 
187 aa  70.9  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.20619 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0513  transcriptional regulator, TetR family  36.17 
 
 
188 aa  69.3  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1565  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
192 aa  68.9  0.00000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2657  TetR family transcriptional regulator  33.58 
 
 
202 aa  68.9  0.00000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.613192  normal  0.699424 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1468  TetR family transcriptional regulator  35.16 
 
 
186 aa  67.8  0.00000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.781673  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1872  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
194 aa  66.2  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2100  regulatory protein TetR  34.64 
 
 
191 aa  65.9  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.726154  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3891  TetR family transcriptional regulator  29.3 
 
 
207 aa  65.1  0.0000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.75762  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01665  transcriptional regulator  31.13 
 
 
202 aa  63.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.152407  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5294  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 
188 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0307229 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0946  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 
206 aa  63.2  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.826877  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4700  transcriptional regulator, TetR family  32.03 
 
 
217 aa  63.2  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.804657  normal  0.0108792 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3062  transcriptional regulator, TetR family  30.67 
 
 
199 aa  63.5  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0638813  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3623  transcriptional regulator, TetR family  32.03 
 
 
217 aa  63.2  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1210  regulatory protein, TetR  30.19 
 
 
207 aa  62.4  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1196  TetR family transcriptional regulator  31.85 
 
 
214 aa  62.8  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.228936  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4888  TetR family transcriptional regulator  26.16 
 
 
209 aa  62.8  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1479  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 
231 aa  62  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1421  transcriptional regulator, TetR family  31.78 
 
 
199 aa  61.6  0.000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4754  TetR family transcriptional regulator  28.67 
 
 
215 aa  60.8  0.000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000397464  hitchhiker  0.00227458 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5605  transcriptional regulator, TetR family  29.6 
 
 
184 aa  60.5  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5303  TetR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
187 aa  58.2  0.00000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398356  normal  0.30324 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1527  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
204 aa  58.2  0.00000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.093957 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4912  transcriptional regulator, TetR family  25.82 
 
 
209 aa  57  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.095587  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2269  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 
197 aa  56.2  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4824  transcriptional regulator, TetR family  24.73 
 
 
209 aa  56.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.870424 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1007  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
238 aa  53.1  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.85068  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0282  TetR family regulatory protein  35.71 
 
 
238 aa  53.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.381975  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0086  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 
205 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0095  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 
205 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0333517 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0284  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
238 aa  53.1  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0846937  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1810  transcriptional regulator, TetR family protein  35.71 
 
 
238 aa  53.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976243  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0076  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 
205 aa  53.1  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.548175 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1726  transcriptional regulator, TetR family protein  35.71 
 
 
238 aa  53.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0513672  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1312  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
238 aa  53.1  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2251  putative transcriptional regulator, TetR family  30.47 
 
 
187 aa  52.8  0.000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0745  TetR family transcriptional regulator  24.68 
 
 
188 aa  49.7  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3138  TetR family transcriptional regulator  27.94 
 
 
207 aa  49.7  0.00003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.293904  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0102  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 
188 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.508709  normal  0.486637 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1710  transcriptional regulator, TetR family  19.15 
 
 
200 aa  47.4  0.0001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000037358  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  21.71 
 
 
213 aa  46.6  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00415  DNA-binding transcriptional repressor  36.17 
 
 
215 aa  45.8  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3146  transcriptional regulator, TetR family  36.17 
 
 
215 aa  45.8  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0376592  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0540  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.17 
 
 
215 aa  45.8  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0498  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.17 
 
 
215 aa  45.8  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3152  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.17 
 
 
215 aa  45.8  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0507  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.17 
 
 
215 aa  45.8  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.480121  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0396  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.17 
 
 
215 aa  45.8  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0554  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.17 
 
 
215 aa  45.8  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.627816  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00420  hypothetical protein  36.17 
 
 
215 aa  45.8  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0527  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  26.72 
 
 
217 aa  45.4  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0580  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  26.72 
 
 
217 aa  45.4  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0809226  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0537  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  26.72 
 
 
217 aa  45.4  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.355505  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0518  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  26.72 
 
 
217 aa  45.4  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.35266  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0521  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  26.72 
 
 
217 aa  45.4  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0327711  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03122  DNA-binding transcriptional regulator  34.04 
 
 
220 aa  45.1  0.0005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.889925  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0442  transcriptional regulator, TetR family  34.04 
 
 
220 aa  45.1  0.0005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.671353  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3457  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  34.04 
 
 
220 aa  45.1  0.0005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000315342  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3749  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  34.04 
 
 
220 aa  45.1  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000431628  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0442  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  34.04 
 
 
220 aa  45.1  0.0005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.114804  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4581  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  34.04 
 
 
220 aa  45.1  0.0005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00305215  normal  0.159786 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03073  hypothetical protein  34.04 
 
 
220 aa  45.1  0.0005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.807649  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3559  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  34.04 
 
 
220 aa  45.1  0.0006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00735263  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3647  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  34.04 
 
 
220 aa  45.1  0.0006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0126984  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5889  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 
186 aa  43.9  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3066  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  29.46 
 
 
218 aa  43.9  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.283852  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1128  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  25.4 
 
 
227 aa  43.5  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000181094 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2881  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  29.46 
 
 
218 aa  43.9  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.531949 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3206  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  29.46 
 
 
218 aa  43.9  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4190  hypothetical protein  28.35 
 
 
215 aa  43.9  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3680  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
207 aa  43.5  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3415  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
207 aa  43.5  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.573909  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0944  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  29.51 
 
 
217 aa  43.1  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3240  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  24.59 
 
 
213 aa  43.1  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.501766  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1435  TetR family regulatory protein  28.81 
 
 
219 aa  42.7  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0083  TetR family transcriptional regulator  28.81 
 
 
219 aa  42.7  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.201393  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>