More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0796 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  82.13 
 
 
409 aa  701    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  83.99 
 
 
406 aa  678    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
406 aa  834    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  90.39 
 
 
406 aa  771    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  50 
 
 
409 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  50.39 
 
 
409 aa  395  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  48.96 
 
 
410 aa  388  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  49.33 
 
 
410 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  49.08 
 
 
409 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  49.47 
 
 
411 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  49.33 
 
 
407 aa  381  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  48.33 
 
 
404 aa  380  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  49.33 
 
 
411 aa  381  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  46.88 
 
 
407 aa  381  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  45.75 
 
 
418 aa  378  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  48.94 
 
 
410 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  47.99 
 
 
410 aa  377  1e-103  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  47.84 
 
 
410 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  47.87 
 
 
411 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  46.63 
 
 
409 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  47.76 
 
 
415 aa  372  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  47.88 
 
 
410 aa  370  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  49.32 
 
 
406 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  48 
 
 
411 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  47.85 
 
 
405 aa  371  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  44.97 
 
 
435 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  48.41 
 
 
406 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  47.99 
 
 
407 aa  366  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  49.05 
 
 
406 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  47.66 
 
 
395 aa  368  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  47.85 
 
 
406 aa  362  6e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  46.48 
 
 
406 aa  356  5e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4000  Extracellular ligand-binding receptor  48.27 
 
 
403 aa  355  5.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  46.77 
 
 
406 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  44.85 
 
 
437 aa  347  2e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.615465 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  44.24 
 
 
405 aa  340  2e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  44.14 
 
 
401 aa  339  5e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  44.02 
 
 
411 aa  335  1e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  41.84 
 
 
400 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  40.62 
 
 
407 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  41.25 
 
 
402 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  39.02 
 
 
402 aa  291  2e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  40.26 
 
 
399 aa  275  8e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  39.4 
 
 
412 aa  268  1e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  29.95 
 
 
438 aa  158  2e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  28.4 
 
 
415 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  27.71 
 
 
441 aa  142  9.999999999999999e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  26.43 
 
 
436 aa  137  5e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  25.42 
 
 
434 aa  136  7.000000000000001e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4713  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  26.46 
 
 
414 aa  133  6e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656767  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 
382 aa  125  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  27.67 
 
 
408 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
472 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  29.29 
 
 
377 aa  113  5e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  25.77 
 
 
480 aa  113  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
375 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 
377 aa  107  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
378 aa  107  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.36 
 
 
425 aa  106  7e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  28.95 
 
 
386 aa  105  1e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 
368 aa  103  4e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  27.87 
 
 
390 aa  103  7e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  29.16 
 
 
384 aa  102  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  29.8 
 
 
407 aa  100  4e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 
394 aa  99.4  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  26.1 
 
 
403 aa  99.4  1e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 
377 aa  97.4  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 
377 aa  97.4  4e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  26.88 
 
 
386 aa  97.1  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  25.13 
 
 
379 aa  96.3  8e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  22.72 
 
 
398 aa  95.5  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  26.12 
 
 
425 aa  95.1  2e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 
392 aa  95.1  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  25.46 
 
 
401 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 
385 aa  93.6  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 
385 aa  94  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  23.37 
 
 
423 aa  93.6  5e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  25.29 
 
 
389 aa  93.2  7e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  27.07 
 
 
373 aa  92  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  26.16 
 
 
395 aa  90.5  5e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
387 aa  89.7  9e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
382 aa  89.4  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 
398 aa  89.4  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  27.73 
 
 
385 aa  88.6  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  23.8 
 
 
370 aa  88.6  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.89 
 
 
392 aa  88.6  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28 
 
 
517 aa  87.8  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  32.29 
 
 
382 aa  87.4  4e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  32.29 
 
 
382 aa  87  5e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
387 aa  86.7  6e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  25.26 
 
 
378 aa  87  6e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  31.55 
 
 
378 aa  85.1  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  26.45 
 
 
394 aa  84.7  0.000000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  25.45 
 
 
385 aa  84.3  0.000000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 
411 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  25.15 
 
 
384 aa  83.6  0.000000000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  34.87 
 
 
380 aa  83.2  0.000000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  26.86 
 
 
404 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  25.55 
 
 
386 aa  82.4  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  30.48 
 
 
389 aa  82  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>