186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0795 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  81.14 
 
 		 449 aa  716    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  100 
 
 		 454 aa  899    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  72.81 
 
 		 449 aa  646    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  68.64 
 
 		 447 aa  615  1e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  60.04 
 
 		 452 aa  514  1e-144  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  57.45 
 
 		 453 aa  499  1e-140  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  30.88 
 
 		 997 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  38.43 
 
 		 258 aa  120  3e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  39.73 
 
 		 248 aa  116  7.999999999999999e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  36.48 
 
 		 250 aa  114  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  40.3 
 
 		 236 aa  113  6e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  36 
 
 		 206 aa  113  7.000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  37.33 
 
 		 206 aa  113  7.000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  39.34 
 
 		 207 aa  113  8.000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  39.39 
 
 		 207 aa  111  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  40.61 
 
 		 207 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  35.77 
 
 		 240 aa  110  5e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  37.04 
 
 		 251 aa  110  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  41.12 
 
 		 207 aa  110  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  35.91 
 
 		 240 aa  109  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  37.07 
 
 		 261 aa  108  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  37.61 
 
 		 207 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  34.02 
 
 		 225 aa  108  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  37.33 
 
 		 245 aa  107  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  33.78 
 
 		 250 aa  107  5e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  36.28 
 
 		 238 aa  106  8e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  33.2 
 
 		 244 aa  106  9e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  38.05 
 
 		 236 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  37.83 
 
 		 243 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  35.66 
 
 		 206 aa  103  6e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  35.63 
 
 		 241 aa  103  8e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  34.68 
 
 		 239 aa  102  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  38.96 
 
 		 237 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  35.2 
 
 		 246 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  37.17 
 
 		 242 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  37.55 
 
 		 245 aa  100  4e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  38.54 
 
 		 234 aa  100  4e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  34.98 
 
 		 236 aa  100  5e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  34.82 
 
 		 243 aa  100  8e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  36.33 
 
 		 247 aa  99.8  9e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  32.33 
 
 		 255 aa  99.8  9e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  39.2 
 
 		 274 aa  99.4  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  34.22 
 
 		 254 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  36.23 
 
 		 212 aa  98.6  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  30 
 
 		 229 aa  99  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  31.4 
 
 		 228 aa  98.6  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  38.39 
 
 		 232 aa  97.8  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  35.29 
 
 		 243 aa  97.1  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  35.17 
 
 		 237 aa  97.1  6e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  34.62 
 
 		 248 aa  97.1  6e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  32.61 
 
 		 652 aa  96.3  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  35.14 
 
 		 251 aa  95.9  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  32.22 
 
 		 230 aa  95.5  2e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  35 
 
 		 710 aa  95.5  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  32.22 
 
 		 230 aa  95.5  2e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  31.46 
 
 		 566 aa  94.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  37.44 
 
 		 240 aa  94.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  31.65 
 
 		 254 aa  93.2  8e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  34.26 
 
 		 240 aa  93.2  9e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  31.92 
 
 		 570 aa  92.4  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  36.16 
 
 		 237 aa  92.4  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  32.93 
 
 		 661 aa  91.3  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  33.7 
 
 		 258 aa  91.3  4e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  30.68 
 
 		 570 aa  91.3  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  34.02 
 
 		 692 aa  90.1  8e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  36.89 
 
 		 689 aa  90.1  8e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  35.41 
 
 		 241 aa  89.4  1e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  32.78 
 
 		 693 aa  87.4  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1770  putative outer membrane protein  32.25 
 
 		 571 aa  87.4  5e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  34.43 
 
 		 662 aa  87.4  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  36.96 
 
 		 238 aa  86.3  9e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  33.66 
 
 		 237 aa  86.7  9e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  30.92 
 
 		 255 aa  85.9  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6698  porin  36.47 
 
 		 246 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  30.42 
 
 		 213 aa  84.3  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  35.29 
 
 		 674 aa  83.6  0.000000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0125  porin  30.45 
 
 		 283 aa  84  0.000000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  31.98 
 
 		 236 aa  83.6  0.000000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  32.46 
 
 		 670 aa  83.6  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4376  putative outer-membrane protein  32.07 
 
 		 260 aa  83.2  0.000000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36541  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0132  porin  31.93 
 
 		 229 aa  83.2  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  33.33 
 
 		 680 aa  81.6  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  35.48 
 
 		 274 aa  81.3  0.00000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  30.37 
 
 		 228 aa  80.9  0.00000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  31.84 
 
 		 724 aa  79.7  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  29.58 
 
 		 228 aa  80.1  0.00000000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  37.65 
 
 		 241 aa  79  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0701  outer-membrane protein Omp25  29.66 
 
 		 213 aa  79  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5028  porin  34.75 
 
 		 274 aa  79  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.654238  normal  0.049005 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0429  putative 31 kDa outer-membrane immunogenic protein precursor  33.5 
 
 		 219 aa  78.6  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.22814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  31.73 
 
 		 193 aa  78.6  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  32.03 
 
 		 561 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  29.96 
 
 		 665 aa  77.8  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3164  porin  33.06 
 
 		 255 aa  77.4  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.393923  normal  0.238658 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4568  porin  34.32 
 
 		 274 aa  77.4  0.0000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170806  normal  0.117161 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4191  porin  33.61 
 
 		 277 aa  77  0.0000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4247  porin  33.61 
 
 		 278 aa  77  0.0000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.740101  normal  0.319403 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0475  porin  31.03 
 
 		 283 aa  77  0.0000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0556645  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  32.73 
 
 		 598 aa  76.3  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1292  porin  34.32 
 
 		 276 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>