213 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0794 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  100 
 
 		 349 aa  706    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  89.44 
 
 		 351 aa  631  1e-180  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  89.08 
 
 		 348 aa  632  1e-180  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  84.44 
 
 		 356 aa  604  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  85.93 
 
 		 348 aa  593  1e-168  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  82.37 
 
 		 347 aa  577  1e-164  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  82.74 
 
 		 390 aa  553  1e-156  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  70.59 
 
 		 345 aa  489  1e-137  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  71.17 
 
 		 365 aa  489  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  68.66 
 
 		 348 aa  484  1e-136  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  66.96 
 
 		 352 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  66.67 
 
 		 352 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  66.37 
 
 		 352 aa  464  1e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  66.17 
 
 		 351 aa  457  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  66.16 
 
 		 334 aa  455  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  63.99 
 
 		 338 aa  448  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  66.27 
 
 		 344 aa  449  1e-125  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  64.78 
 
 		 337 aa  449  1e-125  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  65.26 
 
 		 344 aa  441  1e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  62.87 
 
 		 336 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  62.5 
 
 		 336 aa  436  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  62.87 
 
 		 337 aa  429  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  62.87 
 
 		 329 aa  426  1e-118  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  61.79 
 
 		 335 aa  424  1e-118  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  61.16 
 
 		 337 aa  395  1e-109  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  62.28 
 
 		 354 aa  390  1e-107  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  58.46 
 
 		 371 aa  381  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  53.43 
 
 		 338 aa  375  1e-103  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  58.28 
 
 		 357 aa  366  1e-100  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  48.82 
 
 		 366 aa  291  1e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  48.96 
 
 		 366 aa  289  4e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  46.32 
 
 		 328 aa  283  3.0000000000000004e-75  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  47.95 
 
 		 375 aa  281  1e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  47.55 
 
 		 371 aa  278  1e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  48.77 
 
 		 346 aa  273  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  49.06 
 
 		 340 aa  270  2.9999999999999997e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  46.01 
 
 		 328 aa  268  8.999999999999999e-71  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  47.19 
 
 		 332 aa  268  1e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  46.65 
 
 		 368 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  43.62 
 
 		 362 aa  263  4e-69  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  47.31 
 
 		 338 aa  262  6e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  47.01 
 
 		 338 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  47.31 
 
 		 338 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  44.48 
 
 		 348 aa  256  6e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  47.96 
 
 		 332 aa  255  6e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  44.09 
 
 		 348 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  46.59 
 
 		 382 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  46.4 
 
 		 338 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  46.11 
 
 		 335 aa  252  7e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  49.06 
 
 		 383 aa  251  2e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  46.29 
 
 		 383 aa  250  3e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  48.75 
 
 		 383 aa  250  3e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  48.62 
 
 		 358 aa  249  6e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  47.16 
 
 		 350 aa  248  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  44.67 
 
 		 344 aa  242  6e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  45.51 
 
 		 335 aa  242  7e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  45.09 
 
 		 340 aa  237  2e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  37.38 
 
 		 328 aa  237  3e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  44.87 
 
 		 342 aa  233  4.0000000000000004e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  40.49 
 
 		 383 aa  232  7.000000000000001e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  36.42 
 
 		 328 aa  230  3e-59  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  38.37 
 
 		 340 aa  230  3e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  36.74 
 
 		 328 aa  229  6e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  39.09 
 
 		 332 aa  228  1e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  38.27 
 
 		 349 aa  221  9.999999999999999e-57  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  33.33 
 
 		 330 aa  220  3e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  37.95 
 
 		 313 aa  207  2e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  34.46 
 
 		 347 aa  207  3e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  37.35 
 
 		 351 aa  206  4e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  37.84 
 
 		 355 aa  202  9.999999999999999e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  33.76 
 
 		 330 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  33.76 
 
 		 330 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  33.76 
 
 		 330 aa  139  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  32.05 
 
 		 330 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.98 
 
 		 1017 aa  112  8.000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  29.06 
 
 		 327 aa  103  3e-21  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  28.48 
 
 		 319 aa  100  4e-20  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  26.96 
 
 		 314 aa  91.3  2e-17  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  29.81 
 
 		 315 aa  91.7  2e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2308  hypothetical protein  32.78 
 
 		 339 aa  90.9  3e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.146289  normal  0.484856 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  25.5 
 
 		 321 aa  82.4  0.00000000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1169  conserved hypothetical protein  26.94 
 
 		 328 aa  80.9  0.00000000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.561924  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1852  putative mRNA 3-end processing factor  27.16 
 
 		 337 aa  79.7  0.00000000000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.681251  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1132  hypothetical protein  25.64 
 
 		 328 aa  79  0.0000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00888  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2687  beta-lactamase domain protein  24.78 
 
 		 591 aa  78.6  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  27.93 
 
 		 327 aa  78.2  0.0000000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
NC_006693  CNH02710  hypothetical protein  30.32 
 
 		 773 aa  65.5  0.000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0351  beta-lactamase domain-containing protein  30.17 
 
 		 472 aa  65.5  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.766684  normal  0.755187 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  26.87 
 
 		 317 aa  63.9  0.000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1028  beta-lactamase domain-containing protein  26.67 
 
 		 616 aa  63.5  0.000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3493  metallo-beta-lactamase family protein  30.77 
 
 		 468 aa  63.5  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.828376  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1361  beta-lactamase domain protein  29.29 
 
 		 422 aa  63.2  0.000000007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00990  Endoribonuclease ysh1 (EC 3.1.27.-)(mRNA 3'-end-processing protein ysh1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BEP0]  26.36 
 
 		 884 aa  62.4  0.00000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1130  metallo-beta-lactamase family protein  34.29 
 
 		 452 aa  62  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.332296  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0375  beta-lactamase-like protein  28.14 
 
 		 636 aa  61.2  0.00000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.0000359908  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1047  beta-lactamase domain-containing protein  20.08 
 
 		 426 aa  60.5  0.00000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1539  beta-lactamase domain-containing protein  22.43 
 
 		 421 aa  58.9  0.0000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000502709 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3460  beta-lactamase domain-containing protein  35.38 
 
 		 452 aa  57.8  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.857931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0309  beta-lactamase domain-containing protein  29.09 
 
 		 639 aa  57.8  0.0000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1292  beta-lactamase domain-containing protein  22.75 
 
 		 422 aa  57.4  0.0000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.358627  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>