More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0717 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0156  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  79.56 
 
 		 450 aa  714    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.400804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0086  RNA methyltransferase  94.22 
 
 		 450 aa  840    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.247728 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0025  Fmu (Sun)  80 
 
 		 450 aa  712    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0717  Fmu (Sun)  100 
 
 		 450 aa  887    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.722352 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0197  Fmu (Sun)  80.67 
 
 		 450 aa  715    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0130363  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0031  Fmu (Sun) domain protein  85.56 
 
 		 450 aa  768    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0325  putative ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  74.55 
 
 		 450 aa  680    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.235081  normal  0.145888 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0038  sun protein  55.38 
 
 		 471 aa  437  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.27971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1424  sun protein  52.52 
 
 		 448 aa  412  1e-114  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.204434 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2071  sun protein  50.56 
 
 		 463 aa  405  1.0000000000000001e-112  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3917  Fmu (Sun) domain protein  48.97 
 
 		 462 aa  388  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0687458  normal  0.615707 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4242  Fmu (Sun) domain protein  48.52 
 
 		 460 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.198653 
 
 
-
 
NC_004310  BR1814  sun protein  45.8 
 
 		 465 aa  375  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.802421  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1747  sun protein  46.03 
 
 		 465 aa  377  1e-103  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4295  Sun protein  46.92 
 
 		 493 aa  375  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.1846  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3418  Fmu (Sun)  48.11 
 
 		 460 aa  374  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1326  sun protein  51.92 
 
 		 440 aa  373  1e-102  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000516212 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3191  Fmu (Sun) domain-containing protein  46.8 
 
 		 470 aa  369  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.97576 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1089  Fmu (Sun) domain-containing protein  45.62 
 
 		 453 aa  370  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2963  Fmu (Sun) domain-containing protein  52.56 
 
 		 447 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.270675  normal  0.0338469 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1027  Fmu (Sun) domain-containing protein  51.14 
 
 		 459 aa  350  3e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.537768  normal  0.0363239 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0551  Fmu (Sun) domain-containing protein  52.6 
 
 		 425 aa  342  1e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.481855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0486  Fmu (Sun) domain protein  51.82 
 
 		 454 aa  340  4e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.75278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4779  Fmu (Sun) domain-containing protein  46.01 
 
 		 426 aa  336  3.9999999999999995e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.849075  normal  0.940845 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0072  putative ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  43.05 
 
 		 456 aa  334  2e-90  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000155418  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5220  sun protein  51.47 
 
 		 448 aa  330  3e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.02946  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0522  Fmu (Sun) domain protein  49.66 
 
 		 438 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0621766  normal  0.207218 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2924  Fmu (Sun) domain-containing protein  44.1 
 
 		 433 aa  300  3e-80  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3660  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  45.48 
 
 		 438 aa  297  2e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.469225  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0627  Fmu (Sun) domain protein  45.98 
 
 		 438 aa  269  5.9999999999999995e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.114528 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2926  Fmu (Sun) domain-containing protein  43.58 
 
 		 422 aa  261  2e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.351382  normal  0.0315958 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3033  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  41.92 
 
 		 443 aa  258  2e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.455858 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4040  Fmu (Sun)  38.9 
 
 		 410 aa  258  2e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3096  Fmu (Sun)  40.85 
 
 		 419 aa  255  1.0000000000000001e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2765  Fmu (Sun) domain-containing protein  42.11 
 
 		 410 aa  250  4e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2720  Fmu (Sun) domain-containing protein  44.56 
 
 		 535 aa  246  4.9999999999999997e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  0.796536 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2654  Fmu (Sun) domain-containing protein  48.74 
 
 		 415 aa  243  6e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.105855  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1940  Fmu (Sun) domain-containing protein  40.81 
 
 		 422 aa  234  3e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0089  Fmu (Sun)  40.55 
 
 		 424 aa  231  3e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3668  sun protein  35.01 
 
 		 452 aa  222  9.999999999999999e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1047  Fmu (Sun)  38.01 
 
 		 437 aa  207  4e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.334338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0080  sun protein  33.19 
 
 		 436 aa  204  2e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0039  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  33.48 
 
 		 462 aa  205  2e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0033  sun protein  32.74 
 
 		 426 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0617271 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6147  rRNA methyltransferase RsmB-like  39.75 
 
 		 421 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3738  sun protein  33.26 
 
 		 427 aa  201  3e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223417 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00020  16S rRNA m(5)C 967 methyltransferase  34.29 
 
 		 439 aa  199  1.0000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0613  16S rRNA methyltransferase B  32.52 
 
 		 435 aa  198  1.0000000000000001e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0175887  normal  0.0518778 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0018  sun protein  31.73 
 
 		 440 aa  196  5.000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3884  16S rRNA methyltransferase B  32.3 
 
 		 429 aa  196  9e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.002095  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0314  16S rRNA methyltransferase B  32.3 
 
 		 429 aa  196  9e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0015  sun protein  30.79 
 
 		 462 aa  196  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0800124 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3720  16S rRNA methyltransferase B  32.67 
 
 		 428 aa  195  1e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.773777  hitchhiker  0.0077943 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00393  cytosine-C5-methylase  32.17 
 
 		 427 aa  194  2e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0191  sun protein  32.39 
 
 		 436 aa  194  4e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3970  16S rRNA methyltransferase B  31.4 
 
 		 429 aa  194  4e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.121594  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0029  sun protein  31.72 
 
 		 426 aa  193  5e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0437  16S rRNA methyltransferase B  32.22 
 
 		 431 aa  191  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0682  sun protein  32.39 
 
 		 443 aa  191  2.9999999999999997e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0449767  normal  0.911889 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002055  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  31.33 
 
 		 427 aa  190  5.999999999999999e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.881444  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3045  sun protein  31.17 
 
 		 452 aa  189  9e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4513  16S rRNA methyltransferase B  32.37 
 
 		 429 aa  189  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0528453  hitchhiker  0.0000468931 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3712  16S rRNA methyltransferase B  32 
 
 		 429 aa  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.199091 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2475  sun protein  32.24 
 
 		 434 aa  187  2e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3791  16S rRNA methyltransferase B  31.63 
 
 		 429 aa  188  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.9333  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3605  16S rRNA methyltransferase B  31.78 
 
 		 429 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.44092 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0041  sun protein  31.99 
 
 		 427 aa  187  3e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.15586 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4706  sun protein  31.85 
 
 		 446 aa  187  3e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0354  16S rRNA methyltransferase B  31.26 
 
 		 431 aa  187  3e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.462133  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3677  16S rRNA methyltransferase B  31.78 
 
 		 429 aa  187  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3775  16S rRNA methyltransferase B  31.78 
 
 		 429 aa  187  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3604  16S rRNA methyltransferase B  31.78 
 
 		 429 aa  187  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.946908  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0241  Sun protein  31.69 
 
 		 451 aa  186  5e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0036  sun protein  31.51 
 
 		 425 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.569301 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0073  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  31.97 
 
 		 444 aa  184  2.0000000000000003e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3584  16S rRNA methyltransferase B  31.33 
 
 		 429 aa  184  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.287379  normal  0.154829 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3771  16S rRNA methyltransferase B  31.04 
 
 		 429 aa  182  1e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.075284  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1826  sun protein  31.76 
 
 		 451 aa  182  1e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03139  16S rRNA m5C967 methyltransferase, S-adenosyl-L-methionine-dependent  30.82 
 
 		 429 aa  181  2e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0425  sun protein  30.82 
 
 		 429 aa  181  2e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3482  16S rRNA methyltransferase B  30.82 
 
 		 429 aa  181  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0066221  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03090  hypothetical protein  30.82 
 
 		 429 aa  181  2e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0425  16S rRNA methyltransferase B  30.82 
 
 		 429 aa  181  2e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.53016  hitchhiker  0.000468253 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3373  Sun protein  34.12 
 
 		 448 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0022  sun protein  32.59 
 
 		 428 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4611  16S rRNA methyltransferase B  30.82 
 
 		 429 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0527839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0652  sun protein  31.15 
 
 		 451 aa  180  4.999999999999999e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0022  sun protein  30.24 
 
 		 427 aa  178  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0672  sun protein  31.15 
 
 		 451 aa  177  3e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0363723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4229  sun protein  34.13 
 
 		 432 aa  177  3e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.494405 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4428  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  30.84 
 
 		 449 aa  177  4e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1752  sun protein  29.5 
 
 		 444 aa  177  5e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.731166  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0744  sun protein  27.55 
 
 		 443 aa  176  6e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.323768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3673  16S rRNA methyltransferase B  31.47 
 
 		 429 aa  175  9.999999999999999e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2321  sun protein  35.11 
 
 		 429 aa  175  9.999999999999999e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0104634  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0025  sun protein  31.71 
 
 		 428 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3562  sun protein  36.36 
 
 		 457 aa  175  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0033  sun protein  31.72 
 
 		 429 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.709945  hitchhiker  0.00000640703 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0027  sun protein  31.28 
 
 		 429 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.930823  hitchhiker  0.0023625 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0025  sun protein  31.72 
 
 		 429 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0912026 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>