More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0709 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_2806  hypothetical protein  86.92 
 
 
427 aa  723    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0093  hypothetical protein  94.99 
 
 
399 aa  784    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.82991  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0401  radical SAM enzyme, Cfr family  92.15 
 
 
399 aa  765    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.213699  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0035  hypothetical protein  88.22 
 
 
399 aa  741    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0709  hypothetical protein  100 
 
 
398 aa  823    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3626  hypothetical protein  87.24 
 
 
397 aa  727    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.674584  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0241  putative pyruvate formate lyase activating enzyme 2 (yfgB)  89.31 
 
 
403 aa  739    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.283575  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2859  radical SAM protein  70.34 
 
 
408 aa  565  1e-160  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3724  radical SAM enzyme, Cfr family  67.08 
 
 
408 aa  566  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4047  radical SAM enzyme, Cfr family  69.45 
 
 
409 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4168  Fe-S-cluster redox protein  68.24 
 
 
410 aa  554  1e-157  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.433493  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0398  radical SAM protein  67.44 
 
 
414 aa  555  1e-157  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0578367  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0077  hypothetical protein  68.06 
 
 
411 aa  551  1e-156  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0076  hypothetical protein  68.06 
 
 
411 aa  553  1e-156  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.525724  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3068  radical SAM protein  64.39 
 
 
413 aa  553  1e-156  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0090  radical SAM protein  67.54 
 
 
411 aa  551  1e-156  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1592  radical SAM enzyme, Cfr family  69.09 
 
 
425 aa  550  1e-155  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.725987 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1922  radical SAM enzyme, Cfr family  68.83 
 
 
425 aa  544  1e-154  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0056484 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1122  radical SAM protein  66.75 
 
 
430 aa  541  1e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1640  radical SAM protein  68.57 
 
 
425 aa  543  1e-153  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4556  radical SAM protein  67.09 
 
 
431 aa  543  1e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15006  decreased coverage  0.00152892 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4488  radical SAM enzyme, Cfr family  66.33 
 
 
431 aa  538  9.999999999999999e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1380  radical SAM protein  67.28 
 
 
399 aa  526  1e-148  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0759  radical SAM protein  64.61 
 
 
391 aa  520  1e-146  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2966  radical SAM enzyme, Cfr family  66.4 
 
 
399 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.80573 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1362  radical SAM protein  64.57 
 
 
414 aa  514  1e-144  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.627333  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0269  hypothetical protein  63.34 
 
 
410 aa  487  1e-136  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3311  radical SAM enzyme  64.56 
 
 
406 aa  480  1e-134  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.853243  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0185  radical SAM protein  62.73 
 
 
404 aa  476  1e-133  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2505  radical SAM protein  61.71 
 
 
391 aa  472  1e-132  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282858  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2962  radical SAM protein  59.3 
 
 
402 aa  474  1e-132  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.161045 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0028  radical SAM protein  60.92 
 
 
396 aa  469  1.0000000000000001e-131  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3329  hypothetical protein  61.56 
 
 
428 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1436  hypothetical protein  56.93 
 
 
429 aa  462  1e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0041  radical SAM protein  58.85 
 
 
392 aa  463  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1382  radical SAM superfamily protein  58.85 
 
 
392 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0050  radical SAM protein  58.85 
 
 
392 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.890909  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0703  hypothetical protein  57.4 
 
 
420 aa  449  1e-125  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2700  radical SAM protein  58.67 
 
 
390 aa  449  1e-125  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.83245  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0085  radical SAM enzyme, Cfr family  56.15 
 
 
404 aa  446  1.0000000000000001e-124  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.176991  normal  0.136088 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3014  hypothetical protein  60.27 
 
 
397 aa  444  1e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.327469 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1616  hypothetical protein  58.68 
 
 
339 aa  402  1e-111  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.787812 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2993  radical SAM protein  52.91 
 
 
356 aa  368  1e-100  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00523882  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1623  hypothetical protein  49.31 
 
 
362 aa  350  2e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00271207 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1353  radical SAM protein  51.4 
 
 
371 aa  345  8.999999999999999e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000160208 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  49.47 
 
 
369 aa  344  2e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1212  hypothetical protein  49.85 
 
 
383 aa  343  4e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1431  radical SAM enzyme, Cfr family  50.42 
 
 
382 aa  343  4e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  49.46 
 
 
376 aa  343  4e-93  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  48.93 
 
 
377 aa  343  4e-93  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1245  hypothetical protein  50.14 
 
 
382 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4604  hypothetical protein  50.56 
 
 
382 aa  342  9e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1479  hypothetical protein  47.76 
 
 
382 aa  341  1e-92  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1148  radical SAM enzyme, Cfr family  49.55 
 
 
383 aa  340  2e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.187802  normal  0.550837 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1056  radical SAM enzyme, Cfr family  49.26 
 
 
383 aa  339  4e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0486076  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1504  hypothetical protein  47.23 
 
 
382 aa  338  9.999999999999999e-92  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1905  radical SAM protein  47.75 
 
 
403 aa  337  2.9999999999999997e-91  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1930  radical SAM enzyme, Cfr family  51.1 
 
 
362 aa  335  7e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1602  radical SAM enzyme, Cfr family  51.1 
 
 
363 aa  335  7.999999999999999e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.113295 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2887  hypothetical protein  48.63 
 
 
366 aa  335  1e-90  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3503  radical SAM protein  49.3 
 
 
382 aa  335  1e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4328  radical SAM protein  49.02 
 
 
381 aa  333  2e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000000214748 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2089  hypothetical protein  47.77 
 
 
384 aa  333  2e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0893  radical SAM protein  49.02 
 
 
381 aa  333  3e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000355307 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0850  radical SAM enzyme, Cfr family  49.02 
 
 
381 aa  333  3e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0880  radical SAM protein  49.02 
 
 
381 aa  333  3e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.588351  normal  0.297118 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2851  hypothetical protein  46.63 
 
 
375 aa  332  9e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2109  hypothetical protein  47.9 
 
 
384 aa  331  1e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  49.58 
 
 
359 aa  331  1e-89  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14830  hypothetical protein  48.62 
 
 
379 aa  330  2e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5115  hypothetical protein  50.15 
 
 
379 aa  329  4e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0159423  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1592  hypothetical protein  51.03 
 
 
383 aa  328  7e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.325288 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2232  radical SAM protein  47.47 
 
 
378 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.750735  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.04 
 
 
372 aa  328  1.0000000000000001e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000522962  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1249  radical SAM protein  47.4 
 
 
360 aa  328  1.0000000000000001e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1109  radical SAM protein  47.19 
 
 
378 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.545154  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2192  radical SAM protein  47.19 
 
 
378 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0838123  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2230  radical SAM protein  47.19 
 
 
378 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1347  radical SAM protein  47.19 
 
 
378 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1422  radical SAM protein  48.61 
 
 
382 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12366  normal  0.0354941 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0060  radical SAM protein  47.19 
 
 
378 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0447485  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2357  radical SAM protein  47.19 
 
 
378 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1837  radical SAM protein  47.19 
 
 
378 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.323888  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2543  radical SAM enzyme, Cfr family  50.74 
 
 
383 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180565  hitchhiker  0.00648935 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1308  hypothetical protein  48.74 
 
 
378 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1838  radical SAM protein  49.85 
 
 
379 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.662917 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2379  hypothetical protein  49.25 
 
 
365 aa  327  2.0000000000000001e-88  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.444977  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6265  hypothetical protein  49.85 
 
 
379 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1814  radical SAM protein  49.85 
 
 
379 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40320  hypothetical protein  48.46 
 
 
381 aa  327  3e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.666991  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3129  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.91 
 
 
380 aa  327  3e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1752  radical SAM protein  49.85 
 
 
379 aa  327  3e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1725  radical SAM protein  49.85 
 
 
379 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.246342 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.06 
 
 
373 aa  326  5e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.78 
 
 
373 aa  325  7e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.78 
 
 
373 aa  325  7e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1431  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.42 
 
 
398 aa  325  8.000000000000001e-88  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0648  hypothetical protein  47.85 
 
 
413 aa  325  8.000000000000001e-88  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0591  hypothetical protein  47.15 
 
 
372 aa  325  9e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.196855  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1397  radical SAM protein  47.14 
 
 
370 aa  325  9e-88  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.724249  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>