70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0702 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0100  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  84.67 
 
 		 480 aa  801    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0702  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  100 
 
 		 480 aa  963    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.871087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0409  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  73.43 
 
 		 462 aa  690    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.309942  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2525  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  62.34 
 
 		 486 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.839724  normal  0.154925 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0249  hypothetical protein  59.12 
 
 		 448 aa  523  1e-147  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2087  hypothetical protein  49.66 
 
 		 466 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.073016  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3495  hypothetical protein  49.32 
 
 		 465 aa  398  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1959  hypothetical protein  48.44 
 
 		 467 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0909  hypothetical protein  46.57 
 
 		 491 aa  368  1e-100  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6537  hypothetical protein  41.86 
 
 		 467 aa  333  4e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.866176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0342  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  36.66 
 
 		 423 aa  253  7e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0450847  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2265  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.08 
 
 		 442 aa  252  1e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00194673 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3025  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  34.16 
 
 		 441 aa  231  2e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3542  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  32.15 
 
 		 472 aa  191  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.919124 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2797  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  32.45 
 
 		 485 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2036  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  31.59 
 
 		 463 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00372211 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0899  hypothetical protein  29.4 
 
 		 437 aa  184  3e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.727607  normal  0.541745 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3430  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30 
 
 		 461 aa  178  2e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2259  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  29.15 
 
 		 469 aa  171  3e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.466386  normal  0.36502 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0519  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  30.22 
 
 		 463 aa  169  7e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2760  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.59 
 
 		 433 aa  168  2e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2302  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  29.18 
 
 		 474 aa  168  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.172272  hitchhiker  0.00762339 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2577  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  29.18 
 
 		 469 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.301233 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1581  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.38 
 
 		 457 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.193293 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1545  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  29.34 
 
 		 468 aa  161  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0184  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  28.37 
 
 		 453 aa  157  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.864216  normal  0.611675 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0239  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  28.37 
 
 		 453 aa  155  1e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2929  hypothetical protein  26.94 
 
 		 443 aa  155  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0484025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4219  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  29.04 
 
 		 465 aa  155  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.340628 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5694  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  28.57 
 
 		 477 aa  150  5e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5654  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  26.41 
 
 		 471 aa  145  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5881  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  26.53 
 
 		 440 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.810377 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2753  hypothetical protein  28.18 
 
 		 433 aa  140  4.999999999999999e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0107  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  28.08 
 
 		 453 aa  126  9e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4597  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.8 
 
 		 454 aa  120  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.244351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4331  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.31 
 
 		 453 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.794472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4743  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  27.32 
 
 		 457 aa  106  8e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.704005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4573  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  21.27 
 
 		 446 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3511  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  32.19 
 
 		 179 aa  77  0.0000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2418  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  34.12 
 
 		 176 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  21.15 
 
 		 328 aa  60.5  0.00000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.69 
 
 		 348 aa  57.8  0.0000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3381  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.43 
 
 		 318 aa  54.3  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1537  hypothetical protein  26.43 
 
 		 318 aa  54.3  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391308  normal  0.296954 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.06 
 
 		 317 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1256  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.9 
 
 		 344 aa  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1229  putative immunogenic protein precursor  25 
 
 		 310 aa  51.6  0.00003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144519  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.69 
 
 		 319 aa  51.6  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  24.93 
 
 		 319 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  24.93 
 
 		 319 aa  50.8  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3954  periplasmic binding protein, putative  27.8 
 
 		 316 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.391333 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5695  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.87 
 
 		 308 aa  47.8  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  22.64 
 
 		 323 aa  47  0.0007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.23 
 
 		 325 aa  47  0.0008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.51 
 
 		 306 aa  46.6  0.0009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1445  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.68 
 
 		 307 aa  46.6  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0456  immunogenic-related protein  26.9 
 
 		 318 aa  46.2  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3828  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.02 
 
 		 318 aa  45.1  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4024  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.02 
 
 		 318 aa  45.1  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  21.36 
 
 		 322 aa  45.1  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3901  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.02 
 
 		 318 aa  45.1  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0433  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.02 
 
 		 318 aa  45.1  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.88 
 
 		 327 aa  45.1  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0461  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.41 
 
 		 318 aa  45.1  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2671  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.25 
 
 		 325 aa  44.7  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0457  response regulator receiver protein  27.41 
 
 		 318 aa  44.7  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3568  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.41 
 
 		 318 aa  44.7  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4512  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.27 
 
 		 299 aa  44.7  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3645  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  23.24 
 
 		 451 aa  44.3  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.746605  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  21.07 
 
 		 322 aa  44.3  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>