More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0695 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0107  hypothetical protein  89.66 
 
 		 493 aa  886    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0041  hypothetical protein  80.53 
 
 		 493 aa  782    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0416  hypothetical protein  85.19 
 
 		 493 aa  875    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0695  hypothetical protein  100 
 
 		 493 aa  1002    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00365  hypothetical protein  58.44 
 
 		 510 aa  558  1e-158  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.174414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2924  hypothetical protein  56.96 
 
 		 491 aa  546  1e-154  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4704  hypothetical protein  58.17 
 
 		 507 aa  536  1e-151  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0146867 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3627  hypothetical protein  58.17 
 
 		 507 aa  536  1e-151  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.401936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0110  hypothetical protein  46.67 
 
 		 549 aa  405  1.0000000000000001e-112  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12324  normal  0.549417 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1037  peptidase M20  44.79 
 
 		 497 aa  380  1e-104  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4262  hypothetical protein  40.52 
 
 		 487 aa  370  1e-101  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6284  peptidase M20  43.03 
 
 		 489 aa  361  1e-98  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1065  hypothetical protein  44.24 
 
 		 490 aa  347  4e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.961267 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0982  hypothetical protein  36.51 
 
 		 508 aa  330  3e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4389  hypothetical protein  36.9 
 
 		 440 aa  278  1e-73  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0450  hypothetical protein  32.75 
 
 		 477 aa  271  2e-71  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000307009  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3615  hypothetical protein  33.33 
 
 		 494 aa  246  4.9999999999999997e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0748  hypothetical protein  35.05 
 
 		 465 aa  225  1e-57  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000168707  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10500  hypothetical protein  30.08 
 
 		 483 aa  223  4e-57  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI02790  vacuole protein, putative  31.05 
 
 		 591 aa  216  7e-55  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA02910  Gly-X carboxypeptidase, putative  28.84 
 
 		 573 aa  206  9e-52  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB04480  carboxypeptidase s precursor, putative  31.24 
 
 		 587 aa  182  1e-44  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0506615  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34371  Gly-X carboxypeptidase  29.18 
 
 		 582 aa  177  4e-43  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.531597  normal  1 
 
 
-
 
NC_006692  CNG01640  conserved hypothetical protein  25.61 
 
 		 660 aa  173  5e-42  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10986  conserved hypothetical protein  27.26 
 
 		 564 aa  171  2e-41  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.000148304  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04810  vacuolar carboxypeptidase Cps1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G07040)  28.16 
 
 		 581 aa  160  4e-38  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0953418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28659  predicted protein  30.4 
 
 		 600 aa  160  4e-38  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.262753 
 
 
-
 
NC_006681  CNL06270  carboxypeptidase s precursor, putative  27.1 
 
 		 602 aa  153  5.9999999999999996e-36  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3160  peptidase M20  30.16 
 
 		 421 aa  152  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.119571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2619  hypothetical protein  31.65 
 
 		 444 aa  144  4e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.913218  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19930  hypothetical protein  31.43 
 
 		 434 aa  143  8e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.000000770232  decreased coverage  0.0000700572 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4882  hypothetical protein  30 
 
 		 443 aa  142  9.999999999999999e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.76417  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3665  hypothetical protein  27.41 
 
 		 478 aa  142  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2768  hypothetical protein  31.9 
 
 		 449 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000530587  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4600  peptidase M20  29.4 
 
 		 473 aa  140  6e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17060  hypothetical protein  28.93 
 
 		 439 aa  138  2e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.760831 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0248  hypothetical protein  28.61 
 
 		 469 aa  137  4e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4949  peptidase M20  30.47 
 
 		 440 aa  133  7.999999999999999e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.138857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2787  hypothetical protein  29.52 
 
 		 433 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1781  hypothetical protein  30.33 
 
 		 485 aa  131  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2128  peptidase M20  26.89 
 
 		 446 aa  130  6e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.797778  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3164  hypothetical protein  30.43 
 
 		 444 aa  130  8.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.258961  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3226  hypothetical protein  30.43 
 
 		 444 aa  130  8.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.236057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3176  hypothetical protein  30.43 
 
 		 444 aa  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.168778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2159  hypothetical protein  29.95 
 
 		 442 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3489  hypothetical protein  30.63 
 
 		 430 aa  128  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6756  hypothetical protein  30.39 
 
 		 468 aa  127  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.557555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12171  hypothetical protein  29.19 
 
 		 450 aa  127  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.744068 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1922  hypothetical protein  28.68 
 
 		 446 aa  125  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0989  hypothetical protein  28.97 
 
 		 476 aa  125  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.306467 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11770  hypothetical protein  28.76 
 
 		 441 aa  124  3e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.235527  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2253  hypothetical protein  28.67 
 
 		 441 aa  124  6e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.630202  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13850  hypothetical protein  26.85 
 
 		 437 aa  123  7e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000318209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4903  hypothetical protein  29.63 
 
 		 462 aa  123  8e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0308008  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1670  hypothetical protein  29.11 
 
 		 467 aa  122  9.999999999999999e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0904676  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3468  hypothetical protein  31 
 
 		 428 aa  122  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3037  hypothetical protein  29.95 
 
 		 451 aa  121  3e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2313  hypothetical protein  29.27 
 
 		 442 aa  121  3e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00701703 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2433  peptidase M20  29.18 
 
 		 448 aa  121  3e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00897679  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1820  hypothetical protein  28.61 
 
 		 494 aa  120  6e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2015  peptidase M20  29.09 
 
 		 442 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.251609  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3604  peptidase M20  30.72 
 
 		 434 aa  117  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.682601  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3473  peptidase M20  29.07 
 
 		 432 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.407843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4547  peptidase M20  29.76 
 
 		 440 aa  117  5e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03550  hypothetical protein  28.39 
 
 		 451 aa  116  8.999999999999998e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3211  peptidase M20  29.68 
 
 		 468 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2654  hypothetical protein  26.93 
 
 		 452 aa  113  7.000000000000001e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0469483  normal  0.0556402 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2647  peptidase M20  27.7 
 
 		 442 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.490872  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1905  hypothetical protein  27.46 
 
 		 434 aa  111  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000097088 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2162  hypothetical protein  28.34 
 
 		 434 aa  112  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.335606  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5867  peptidase M20  29.86 
 
 		 434 aa  111  3e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1474  peptidase M20  28.89 
 
 		 438 aa  111  3e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.739931  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21030  acetylornithine deacetylase/succinyldiaminopimelate desuccinylase-like deacylase  28.96 
 
 		 445 aa  110  5e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.575645 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2654  peptidase M20  25.43 
 
 		 443 aa  110  6e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1165  hypothetical protein  25.43 
 
 		 429 aa  107  5e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0235842  normal  0.624672 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9227  peptidase M20  28.25 
 
 		 435 aa  103  6e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3309  hypothetical protein  27.18 
 
 		 472 aa  102  1e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0974288  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0216  hypothetical protein  25.86 
 
 		 457 aa  98.2  3e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.675958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0141  hypothetical protein  27.32 
 
 		 468 aa  97.8  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0813471  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.39 
 
 		 375 aa  95.1  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1192  hypothetical protein  25.91 
 
 		 439 aa  94.4  4e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0330579  normal  0.0773998 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1388  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.6 
 
 		 393 aa  89.7  1e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0811726  normal  0.459687 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34350  acetylornithine deacetylase/succinyldiaminopimelate desuccinylase-like deacylase  27.44 
 
 		 477 aa  89.7  1e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.174691  normal  0.112018 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1467  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  22.48 
 
 		 388 aa  86.3  0.000000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7887  hypothetical protein  26.21 
 
 		 444 aa  86.3  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0760347  normal  0.0510662 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1231  peptidase M20  24.19 
 
 		 485 aa  85.5  0.000000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3162  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.68 
 
 		 375 aa  84.7  0.000000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000827739  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3501  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.83 
 
 		 375 aa  83.2  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1169  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.42 
 
 		 375 aa  81.6  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0085644  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0591  peptidase M20  22.93 
 
 		 390 aa  80.9  0.00000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.94 
 
 		 375 aa  80.5  0.00000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1255  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.71 
 
 		 375 aa  80.5  0.00000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02363  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.94 
 
 		 375 aa  80.1  0.00000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1198  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.94 
 
 		 375 aa  80.1  0.00000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1205  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.94 
 
 		 375 aa  80.1  0.00000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.270871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2602  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.94 
 
 		 375 aa  80.1  0.00000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2751  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.94 
 
 		 375 aa  80.1  0.00000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2618  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.94 
 
 		 375 aa  80.1  0.00000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02325  hypothetical protein  24.94 
 
 		 375 aa  80.1  0.00000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1372  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.71 
 
 		 375 aa  79  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>