More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0615 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0615  ATPase  100 
 
 
315 aa  635    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.376805  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0719  AAA_5 ATPase  93.97 
 
 
315 aa  598  1e-170  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0812  AAA ATPase  90.16 
 
 
315 aa  584  1e-166  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2693  putative ATPase  81.19 
 
 
319 aa  507  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.164702 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1955  ATPase  62.71 
 
 
315 aa  394  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0102  ATPase  58.86 
 
 
311 aa  363  1e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2708  ATPase associated with various cellular activities, AAA-5  60.84 
 
 
306 aa  351  7e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.867096  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2702  ATPase  58.95 
 
 
334 aa  349  3e-95  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0929755  normal  0.507457 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2801  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  60.14 
 
 
306 aa  349  3e-95  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.088397  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2894  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  60.14 
 
 
306 aa  350  3e-95  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0046  ATPase  57.19 
 
 
310 aa  338  9.999999999999999e-92  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0759  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  58.48 
 
 
323 aa  337  1.9999999999999998e-91  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.355314 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0654  ATPase  58.13 
 
 
326 aa  336  2.9999999999999997e-91  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0536  ATPase  57.79 
 
 
326 aa  336  2.9999999999999997e-91  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.996373  normal  0.709195 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3131  ATPase  53.38 
 
 
303 aa  329  4e-89  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.121923  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0778  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  53.33 
 
 
413 aa  310  2e-83  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5478  ATPase  53.08 
 
 
377 aa  303  2.0000000000000002e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.234012  normal  0.317231 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3567  ATPase  52.33 
 
 
316 aa  293  3e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.110663  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1932  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  52.52 
 
 
421 aa  291  1e-77  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0291  ATPase  54.18 
 
 
299 aa  281  1e-74  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3933  ATPase  53.87 
 
 
294 aa  280  2e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1604  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  52.61 
 
 
295 aa  278  7e-74  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.084581  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2810  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  53.58 
 
 
299 aa  278  1e-73  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0366113  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2645  ATPase  52.46 
 
 
291 aa  276  2e-73  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.961024 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1229  AAA_5 ATPase associated with various cellular activities  53.28 
 
 
297 aa  276  4e-73  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.809649  normal  0.285331 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3537  ATPase  51.76 
 
 
295 aa  276  4e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.648434  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3610  ATPase  51.76 
 
 
295 aa  276  4e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0405029  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0825  ATPase  50.52 
 
 
300 aa  275  6e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00233341  normal  0.15397 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3542  ATPase  51.41 
 
 
295 aa  274  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12454  hypothetical protein  50.7 
 
 
291 aa  273  3e-72  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.446115 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2166  ATPase  51.39 
 
 
296 aa  273  3e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1262  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  50.34 
 
 
321 aa  271  9e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0577187  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5255  ATPase  50.18 
 
 
302 aa  270  2e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.290387 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3196  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  47.16 
 
 
307 aa  269  4e-71  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1584  ATPase  48.59 
 
 
284 aa  267  2e-70  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000201568  normal  0.651039 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4354  putative ATPase  48.53 
 
 
295 aa  267  2e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1142  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  47.46 
 
 
300 aa  267  2e-70  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0783  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  49.48 
 
 
283 aa  267  2e-70  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2179  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  52.28 
 
 
291 aa  266  4e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000102447  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2251  ATPase  45.57 
 
 
312 aa  265  8e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.117441 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0367  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  48.21 
 
 
295 aa  264  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.473428  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0806  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  46.13 
 
 
319 aa  264  1e-69  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.243298 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1415  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  46.13 
 
 
298 aa  265  1e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.144398 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1351  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  46.13 
 
 
298 aa  265  1e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0525002  normal  0.107862 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1466  hypothetical protein  46.67 
 
 
301 aa  263  3e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.283033 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5445  ATPase  49.83 
 
 
300 aa  263  4e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0092  ATPase  48.45 
 
 
296 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.919057  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1646  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  48 
 
 
302 aa  262  6.999999999999999e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.366524 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2377  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  46.75 
 
 
305 aa  261  8.999999999999999e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.160487  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2452  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  46.28 
 
 
302 aa  260  2e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1770  ATPase  47.42 
 
 
304 aa  260  2e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.255462 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3676  ATPase  47.47 
 
 
302 aa  259  3e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7758  ATPase  53.07 
 
 
283 aa  259  5.0000000000000005e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1752  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  49.31 
 
 
300 aa  258  7e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.27049  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0968  ATPase  47.12 
 
 
314 aa  256  4e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1784  ATPase  47.14 
 
 
302 aa  256  4e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.582319  normal  0.377483 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0327  ATPase  47.14 
 
 
304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1452  ATPase  47.22 
 
 
296 aa  253  2.0000000000000002e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4082  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  46.9 
 
 
294 aa  253  2.0000000000000002e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.418511  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4324  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  47.6 
 
 
300 aa  252  6e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.294108  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1758  AAA_5 ATPase  45.05 
 
 
301 aa  252  7e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.0088309  normal  0.628591 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2759  AAA ATPase central domain protein  44.22 
 
 
292 aa  251  8.000000000000001e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0232984  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1290  ATPase  46.02 
 
 
309 aa  251  1e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0290732  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2094  AAA_5 ATPase  46.6 
 
 
291 aa  250  3e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.393208 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2605  ATPase  47.06 
 
 
303 aa  249  3e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0582  ATPase  46.8 
 
 
304 aa  248  8e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.407257  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1524  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  43.51 
 
 
299 aa  248  9e-65  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.711967 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5316  ATPase  47.12 
 
 
302 aa  248  9e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.397847 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1750  carbon monoxide dehydrogenase, coxD accessory protein  46.37 
 
 
299 aa  248  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.705157  normal  0.655706 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2959  ATPase  45.83 
 
 
303 aa  247  2e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.937893  hitchhiker  0.00986895 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1565  ATPase  45.95 
 
 
293 aa  247  2e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0550808  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1931  AAA family ATPase  46.8 
 
 
304 aa  246  3e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1633  ATPase  47.06 
 
 
302 aa  246  4e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.655574 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0239  ATPase  44.98 
 
 
291 aa  246  4e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1596  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  44.08 
 
 
328 aa  246  4.9999999999999997e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0575  ATPase  43.97 
 
 
328 aa  245  6e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2203  AAA ATPase  47.06 
 
 
314 aa  245  9e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.55218  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4537  ATPase  45.08 
 
 
305 aa  245  9e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1485  ATPase  45.27 
 
 
309 aa  244  1.9999999999999999e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.809119  normal  0.0145294 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0422  ATPase  44.98 
 
 
305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0381294  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2699  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  45.49 
 
 
314 aa  243  3.9999999999999997e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0577482  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1375  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  43.4 
 
 
298 aa  241  1e-62  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.842047  normal  0.382396 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2356  hypothetical protein  46.71 
 
 
303 aa  240  2.9999999999999997e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.952971 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0558  AAA ATPase  46.15 
 
 
333 aa  239  4e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.847744  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0114  ATPase  46.26 
 
 
314 aa  238  1e-61  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0212  ATPase  45.16 
 
 
288 aa  237  2e-61  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0471  ATPase  43.73 
 
 
300 aa  237  2e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.129382  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1213  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  43 
 
 
302 aa  235  6e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0634227  normal  0.99414 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0362  ATPase  43.55 
 
 
298 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2148  putative MoxR-like ATPase, CoxD  43.77 
 
 
297 aa  231  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0344546  normal  0.34679 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4712  AAA ATPase central domain protein  44.98 
 
 
324 aa  230  3e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0992582  normal  0.720807 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3975  ATPase  44.72 
 
 
294 aa  229  4e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.212397  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0033  putative ATPase  43.39 
 
 
297 aa  228  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.273348 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2768  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  43.9 
 
 
297 aa  227  2e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2182  ATPase associated with various cellular activities AAA_3  44.29 
 
 
291 aa  224  1e-57  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2036  ATPase  41.18 
 
 
307 aa  220  1.9999999999999999e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0580414  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4108  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  43.26 
 
 
294 aa  220  3e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.466442  normal  0.440739 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6198  ATPase  44.16 
 
 
292 aa  216  4e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0346062  normal  0.0544047 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1383  ATPase  46.52 
 
 
318 aa  216  5e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.11716 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5289  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  43.71 
 
 
298 aa  216  5.9999999999999996e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>