More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0449 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0449  nitrogen regulatory protein P-II  100 
 
 		 112 aa  220  7e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321853  normal  0.279949 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0372  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  98.21 
 
 		 112 aa  218  3e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0277  nitrogen regulatory protein P-II  96.43 
 
 		 112 aa  214  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.856791  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0271  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  94.64 
 
 		 112 aa  212  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.288603 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2209  nitrogen regulatory protein P-II  86.61 
 
 		 112 aa  197  3.9999999999999996e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.448638  normal  0.538315 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0085  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  82.14 
 
 		 112 aa  189  1e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.308979  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2733  nitrogen regulatory protein P-II  81.25 
 
 		 112 aa  187  5e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.122931 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5499  nitrogen regulatory protein P-II  83.04 
 
 		 112 aa  186  8e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.118454 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2098  nitrogen regulatory protein P-II  83.93 
 
 		 112 aa  186  1e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.221402  hitchhiker  0.00315077 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4239  nitrogen regulatory protein PII  80.36 
 
 		 116 aa  186  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3627  nitrogen regulatory protein P-II  83.04 
 
 		 112 aa  186  1e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2374  nitrogen regulatory protein P-II  83.93 
 
 		 112 aa  186  1e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.35771 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3770  nitrogen regulatory protein P-II  78.57 
 
 		 116 aa  185  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.929056 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2050  nitrogen regulatory protein P-II  83.93 
 
 		 112 aa  185  2e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.885894  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4094  nitrogen regulatory protein P-II  78.57 
 
 		 116 aa  185  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.52607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1818  nitrogen regulatory protein P-II  83.04 
 
 		 112 aa  184  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.900474  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1861  nitrogen regulatory protein P-II  81.25 
 
 		 112 aa  184  5e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.751643 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0086  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  75 
 
 		 112 aa  179  1e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0840353  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1304  nitrogen regulatory protein P-II  76.79 
 
 		 112 aa  179  2e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.774193  normal  0.209326 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0295  nitrogen regulatory protein P-II  75 
 
 		 112 aa  176  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.886213  normal  0.678271 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0451  nitrogen regulatory protein P-II  74.11 
 
 		 112 aa  173  6e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.164177  normal  0.269933 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3237  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 		 112 aa  173  7e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3050  nitrogen regulatory protein P-II  79.46 
 
 		 112 aa  173  9e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00479  nitrogen regulatory protein P-II  70.54 
 
 		 112 aa  170  5e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0371  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  71.43 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0259  nitrogen regulatory protein P-II  70.54 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6030  nitrogen regulatory protein P-II 2  70.54 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69810  nitrogen regulatory protein P-II 2  70.54 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.194686  normal  0.241854 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0076  nitrogen regulatory protein P-II  75 
 
 		 112 aa  169  2e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0461291 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0491  nitrogen regulatory protein P-II  70.54 
 
 		 112 aa  168  2e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0269  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  70.54 
 
 		 112 aa  167  6e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.76816  normal  0.184312 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002572  nitrogen regulatory protein P-II  69.64 
 
 		 112 aa  166  9e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000156099  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0275  nitrogen regulatory protein P-II  70.54 
 
 		 112 aa  165  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03437  hypothetical protein  68.75 
 
 		 112 aa  164  2.9999999999999998e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0506  nitrogen regulatory protein P-II 2  70.54 
 
 		 112 aa  164  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0503  nitrogen regulatory protein P-II 2  70.54 
 
 		 112 aa  164  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0597213  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0565  nitrogen regulatory protein P-II 2  70.54 
 
 		 112 aa  164  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.941752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3241  nitrogen regulatory protein P-II  68.75 
 
 		 112 aa  164  4e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.302793  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0522  nitrogen regulatory protein P-II 2  70.54 
 
 		 112 aa  164  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.869463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0512  nitrogen regulatory protein P-II 2  70.54 
 
 		 112 aa  164  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00402  nitrogen assimilation regulatory protein for GlnL, GlnE, and AmtB  68.75 
 
 		 112 aa  164  5e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3159  nitrogen regulatory protein P-II  68.75 
 
 		 112 aa  164  5e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00406  hypothetical protein  68.75 
 
 		 112 aa  164  5e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0527  nitrogen regulatory protein P-II 2  68.75 
 
 		 112 aa  164  5e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0494  nitrogen regulatory protein P-II 2  68.75 
 
 		 112 aa  164  5e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3165  nitrogen regulatory protein P-II 2  68.75 
 
 		 112 aa  164  5e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0486  nitrogen regulatory protein P-II 2  68.75 
 
 		 112 aa  164  5e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0377  nitrogen regulatory protein P-II 2  68.75 
 
 		 112 aa  164  5e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0539  nitrogen regulatory protein P-II 2  68.75 
 
 		 112 aa  164  5e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.843641  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5234  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 		 112 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0217  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 		 112 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.531374  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0918  nitrogen regulatory protein P-II 2  66.96 
 
 		 112 aa  162  1.0000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0190  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 		 112 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0240  nitrogen regulatory protein P-II  72.32 
 
 		 112 aa  162  1.0000000000000001e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.806951 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5506  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 		 112 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.851812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0238  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 		 112 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0928138  normal  0.898368 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5295  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 		 112 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5143  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 		 112 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0641  nitrogen regulatory protein P-II  66.07 
 
 		 112 aa  161  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.252116  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0761  nitrogen regulatory protein P-II 1  67.86 
 
 		 112 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0218  nitrogen regulatory protein P-II  69.64 
 
 		 112 aa  162  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.601689  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3251  nitrogen regulatory protein P-II 2  66.07 
 
 		 112 aa  161  3e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.534488  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1060  nitrogen regulatory protein P-II 2  66.07 
 
 		 112 aa  161  3e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3078  nitrogen regulatory protein P-II 2  66.07 
 
 		 112 aa  161  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3057  nitrogen regulatory protein P-II 2  66.07 
 
 		 112 aa  161  3e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2865  nitrogen regulatory protein P-II 2  66.07 
 
 		 112 aa  161  3e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3220  nitrogen regulatory protein P-II 2  66.07 
 
 		 112 aa  161  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3039  nitrogen regulatory protein P-II 2  66.07 
 
 		 112 aa  161  3e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.437205 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3362  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 		 112 aa  161  3e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0591  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 		 112 aa  161  3e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3532  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 		 112 aa  161  3e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0135  nitrogen regulatory protein P-II  66.07 
 
 		 121 aa  160  4.0000000000000004e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000114835  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0694  nitrogen regulatory protein P-II  68.75 
 
 		 112 aa  160  4.0000000000000004e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.804518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0912  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  67.86 
 
 		 112 aa  160  4.0000000000000004e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  4.42242e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3314  nitrogen regulatory protein P-II  70.54 
 
 		 112 aa  160  4.0000000000000004e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.258343  normal  0.0812118 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1291  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 		 112 aa  160  5.0000000000000005e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.230659 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0080  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 		 112 aa  160  6e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.416357  normal  0.780104 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2560  nitrogen regulatory protein P-II  68.75 
 
 		 112 aa  160  7e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.24557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0183  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 		 112 aa  160  7e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.320277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2156  nitrogen regulatory protein P-II  68.75 
 
 		 112 aa  160  7e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0805697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0833  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 		 112 aa  160  7e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1109  nitrogen regulatory protein P-II 2  64.29 
 
 		 112 aa  160  7e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0216976  hitchhiker  0.00000214142 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3772  nitrogen regulatory protein P-II  69.64 
 
 		 112 aa  160  8.000000000000001e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.762526 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47790  Nitrogen regulatory protein P-II GlnK  67.86 
 
 		 112 aa  159  9e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.144153  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0233  nitrogen regulatory protein P-II  71.43 
 
 		 112 aa  159  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0053  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 		 112 aa  159  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0041295  normal  0.377674 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0217  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 		 112 aa  159  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000368327 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0472  nitrogen regulatory protein P-II  69.64 
 
 		 112 aa  159  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3656  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 		 112 aa  159  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1116  nitrogen regulatory protein P-II  65.18 
 
 		 112 aa  159  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0198  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 		 112 aa  159  1e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.485304 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0939  nitrogen regulatory protein P-II, putative  65.18 
 
 		 112 aa  158  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0342  nitrogen regulatory P-II transcription regulator protein  66.07 
 
 		 112 aa  158  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0797  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 		 112 aa  159  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.131267  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3708  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 		 112 aa  159  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00803334  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3119  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 		 112 aa  159  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0683  nitrogen regulatory protein P-II  65.18 
 
 		 112 aa  159  2e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.173796  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0555  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 		 112 aa  159  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.507657  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3832  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 		 112 aa  159  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00851971  normal  0.0591217 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4874  nitrogen regulatory protein P-II  66.07 
 
 		 112 aa  159  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>