More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0431 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0431  16S rRNA methyltransferase GidB  100 
 
 		 233 aa  474  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0390  16S rRNA methyltransferase GidB  87.07 
 
 		 237 aa  411  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.477358 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0295  16S rRNA methyltransferase GidB  79.63 
 
 		 223 aa  344  7e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.408188  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0289  16S rRNA methyltransferase GidB  76.81 
 
 		 234 aa  332  4e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.919787 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0104  16S rRNA methyltransferase GidB  72.14 
 
 		 260 aa  308  4e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0166  16S rRNA methyltransferase GidB  73.23 
 
 		 222 aa  308  5.9999999999999995e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.851437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0096  16S rRNA methyltransferase GidB  68.35 
 
 		 277 aa  303  2.0000000000000002e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.118813 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1655  methyltransferase GidB  50 
 
 		 211 aa  184  9e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.145416  normal  0.36216 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3470  16S rRNA methyltransferase GidB  47.6 
 
 		 210 aa  174  9.999999999999999e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1863  methyltransferase GidB  46.57 
 
 		 211 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0828096 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4092  methyltransferase GidB  47.5 
 
 		 211 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.295538  normal  0.0121134 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1584  methyltransferase GidB  47.06 
 
 		 211 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.047924 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1835  16S rRNA methyltransferase GidB  49.21 
 
 		 245 aa  172  3.9999999999999995e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0884797  normal  0.317572 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1027  methyltransferase GidB  45.19 
 
 		 212 aa  170  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.707991  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1409  methyltransferase GidB  46.6 
 
 		 212 aa  169  5e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.302587  normal  0.126108 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1275  methyltransferase GidB  44.71 
 
 		 226 aa  166  2.9999999999999998e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1980  16S rRNA methyltransferase GidB  46.97 
 
 		 213 aa  164  1.0000000000000001e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0860  16S rRNA methyltransferase GidB  45.73 
 
 		 213 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2060  16S rRNA methyltransferase GidB  46.97 
 
 		 213 aa  162  3e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.774916  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3203  16S rRNA methyltransferase GidB  42.93 
 
 		 213 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5025  methyltransferase GidB  39.81 
 
 		 221 aa  153  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.692099 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4255  16S rRNA methyltransferase GidB  43.65 
 
 		 205 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.412528  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4387  16S rRNA methyltransferase GidB  42.13 
 
 		 211 aa  147  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1286  methyltransferase GidB  42.78 
 
 		 221 aa  145  6e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2589  methyltransferase GidB  45.24 
 
 		 219 aa  142  4e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.103455 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3929  16S rRNA methyltransferase GidB  42.13 
 
 		 205 aa  141  9e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.441954 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3626  glucose inhibited division protein  43.43 
 
 		 201 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0201  methyltransferase GidB  44.85 
 
 		 211 aa  137  1e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.393208 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0012  16S rRNA methyltransferase GidB  37.76 
 
 		 215 aa  137  1e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.017889  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2962  methyltransferase GidB  40.58 
 
 		 207 aa  134  9.999999999999999e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2866  methyltransferase GidB  38.07 
 
 		 205 aa  133  3e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0426802  normal  0.092936 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3456  methyltransferase GidB  40.31 
 
 		 195 aa  130  3e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0005  methyltransferase GidB  39.79 
 
 		 193 aa  128  8.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1938  methyltransferase GidB  40.96 
 
 		 209 aa  127  1.0000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.599081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2665  methyltransferase GidB  40.93 
 
 		 208 aa  125  7e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.102332  normal  0.865597 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1228  putative GidB, glucose inhibited division protein  39.58 
 
 		 206 aa  118  9e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2889  methyltransferase GidB  39.06 
 
 		 206 aa  115  5e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2405  methyltransferase GidB  41.38 
 
 		 217 aa  94.4  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.897894  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0180  16S rRNA methyltransferase GidB  39.88 
 
 		 236 aa  89.4  4e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.235371  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2847  methyltransferase GidB  31.98 
 
 		 217 aa  87.8  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.165278 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0051  16S rRNA methyltransferase GidB  32.26 
 
 		 255 aa  82.4  0.000000000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4955  methyltransferase GidB  31.71 
 
 		 239 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000894491  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3365  16S rRNA methyltransferase GidB  36.77 
 
 		 234 aa  81.3  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.653683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9051  16S rRNA methyltransferase GidB  34.81 
 
 		 245 aa  80.5  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0166723  normal  0.835328 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2855  methyltransferase GidB  33.91 
 
 		 233 aa  79.3  0.00000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.223767 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4197  16S rRNA methyltransferase GidB  35.64 
 
 		 218 aa  79  0.00000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000264563 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3754  methyltransferase GidB  29.71 
 
 		 219 aa  79  0.00000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0139272 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0001  methyltransferase GidB  38.41 
 
 		 209 aa  79  0.00000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0073145  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4980  methyltransferase GidB  33.12 
 
 		 210 aa  77  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23540  methyltransferase GidB  30.67 
 
 		 240 aa  77  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3590  methyltransferase GidB  30.81 
 
 		 226 aa  77.4  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2553  methyltransferase GidB  30.49 
 
 		 210 aa  77.4  0.0000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000314957  normal  0.233739 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3112  16S rRNA methyltransferase GidB  34.48 
 
 		 237 aa  76.6  0.0000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.26699  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0135  methyltransferase GidB  34.08 
 
 		 230 aa  76.6  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18741  16S rRNA methyltransferase GidB  30.77 
 
 		 248 aa  76.6  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.947759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0693  methyltransferase GidB  27.88 
 
 		 201 aa  76.3  0.0000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.108298  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5210  16S rRNA methyltransferase GidB  31.71 
 
 		 216 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5091  methyltransferase GidB  32.54 
 
 		 223 aa  76.3  0.0000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5784  16S rRNA methyltransferase GidB  32.7 
 
 		 225 aa  76.3  0.0000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0206259 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5441  16S rRNA methyltransferase GidB  34.09 
 
 		 216 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1318  methyltransferase GidB  32.56 
 
 		 219 aa  75.9  0.0000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0582047 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4508  methyltransferase GidB  33.33 
 
 		 254 aa  75.9  0.0000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0275677 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2126  16S rRNA methyltransferase GidB  33.94 
 
 		 204 aa  75.9  0.0000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0833  16S rRNA methyltransferase GidB  31.65 
 
 		 227 aa  75.5  0.0000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.885711 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4588  16S rRNA methyltransferase GidB  32.86 
 
 		 242 aa  75.5  0.0000000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.188204  hitchhiker  0.000465387 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9385  S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase involved in cell division-like protein  29.83 
 
 		 236 aa  75.5  0.0000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0197  16S rRNA methyltransferase GidB  32.93 
 
 		 204 aa  75.1  0.0000000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73360  16S rRNA methyltransferase GidB  30.43 
 
 		 214 aa  75.1  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2156  methyltransferase GidB  34.84 
 
 		 222 aa  75.5  0.0000000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0003  16S rRNA methyltransferase GidB  31.89 
 
 		 216 aa  75.1  0.0000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.113806  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5305  16S rRNA methyltransferase GidB  31.89 
 
 		 216 aa  75.1  0.0000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0376618 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3967  16S rRNA methyltransferase GidB  34.78 
 
 		 212 aa  74.3  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1005  16S rRNA methyltransferase GidB  28.64 
 
 		 235 aa  74.7  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2407  16S rRNA methyltransferase GidB  27.81 
 
 		 240 aa  74.7  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6482  methyltransferase GidB  33.74 
 
 		 213 aa  74.7  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0936076 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5408  16S rRNA methyltransferase GidB  32.08 
 
 		 225 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7094  methyltransferase GidB  33.12 
 
 		 223 aa  74.7  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0003  16S rRNA methyltransferase GidB  32.08 
 
 		 225 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0894552  normal  0.113174 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3084  16S rRNA methyltransferase GidB  34.44 
 
 		 238 aa  75.1  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.247732  unclonable  0.0000000260442 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5410  methyltransferase GidB  34.42 
 
 		 262 aa  74.3  0.000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2216  16S rRNA methyltransferase GidB  36.48 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3213  methyltransferase GidB  37.43 
 
 		 221 aa  73.6  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2817  methyltransferase GidB  37.43 
 
 		 221 aa  73.6  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.279584 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0085  16S rRNA methyltransferase GidB  33.65 
 
 		 228 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.446759  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3084  glucose inhibited division protein  36.13 
 
 		 214 aa  72.8  0.000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.167506  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6366  16S rRNA methyltransferase GidB  30.43 
 
 		 214 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39750  glucose-inhibited division protein B  33.33 
 
 		 225 aa  73.2  0.000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.201257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2961  16S rRNA methyltransferase GidB  35.64 
 
 		 228 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0095  16S rRNA methyltransferase GidB  33.65 
 
 		 228 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.706349 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0094  16S rRNA methyltransferase GidB  35.64 
 
 		 228 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1812  glucose inhibited division protein  31.16 
 
 		 218 aa  72.4  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0807  16S rRNA methyltransferase GidB  26.11 
 
 		 231 aa  72.4  0.000000000006  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3294  methyltransferase GidB  34.9 
 
 		 208 aa  71.6  0.000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0209  16S rRNA methyltransferase GidB  31.29 
 
 		 238 aa  71.6  0.00000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.444443  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4220  methyltransferase GidB  34.19 
 
 		 212 aa  70.9  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.113234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0111  16S rRNA methyltransferase GidB  35.11 
 
 		 228 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6073  16S rRNA methyltransferase GidB  31.01 
 
 		 227 aa  70.9  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.942341  normal  0.22977 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5131  16S rRNA methyltransferase GidB  27.83 
 
 		 214 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.896881 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4011  glucose inhibited division protein B  27.48 
 
 		 223 aa  70.9  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.256555 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0112  cell division SAM-dependent methyltransferase  26.84 
 
 		 242 aa  70.5  0.00000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>