More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0402 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  100 
 
 		 242 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  84.71 
 
 		 242 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  71.6 
 
 		 243 aa  362  2e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  50.21 
 
 		 242 aa  246  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  39.05 
 
 		 245 aa  145  6e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  37.77 
 
 		 246 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 245 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 248 aa  139  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 248 aa  139  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 240 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 241 aa  121  8e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  33.2 
 
 		 240 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  33.2 
 
 		 240 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  34.33 
 
 		 240 aa  116  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 242 aa  115  6e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  32.05 
 
 		 243 aa  112  6e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 244 aa  105  5e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  30.53 
 
 		 307 aa  105  5e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 231 aa  105  5e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  36.21 
 
 		 243 aa  104  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 248 aa  104  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 321 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  31.36 
 
 		 243 aa  103  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  34 
 
 		 228 aa  103  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  35.63 
 
 		 243 aa  102  5e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  32.05 
 
 		 244 aa  102  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.82 
 
 		 238 aa  102  8e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.82 
 
 		 238 aa  102  8e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.82 
 
 		 238 aa  102  8e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.82 
 
 		 238 aa  102  8e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.82 
 
 		 238 aa  102  8e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4374  transcriptional regulator LuxR family  33.18 
 
 		 246 aa  101  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.82 
 
 		 425 aa  101  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 247 aa  101  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.82 
 
 		 394 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  38.1 
 
 		 253 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  28.99 
 
 		 239 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 242 aa  100  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 254 aa  100  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  31.67 
 
 		 230 aa  99  6e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 230 aa  99  6e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 230 aa  99  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  31.67 
 
 		 230 aa  99  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  31.67 
 
 		 230 aa  99  6e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.67 
 
 		 230 aa  99  6e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 244 aa  97.8  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 245 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  29.63 
 
 		 250 aa  97.8  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  28.57 
 
 		 239 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 246 aa  98.2  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 230 aa  98.2  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  29.17 
 
 		 236 aa  97.4  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0182  LuxR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 247 aa  95.5  6e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00268604  hitchhiker  0.00000585836 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0791  LuxR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 247 aa  95.5  6e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0720  LuxR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 247 aa  95.5  6e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  30.67 
 
 		 247 aa  95.1  8e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1442  transcriptional regulator, LuxR family  27.44 
 
 		 245 aa  95.1  8e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0548  transcriptional regulator, LuxR family  32.51 
 
 		 244 aa  95.1  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216848  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1836  transcriptional regulator, LuxR family  27.44 
 
 		 245 aa  94.4  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.28867  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 260 aa  94.7  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  31.25 
 
 		 250 aa  94.7  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 268 aa  94  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2997  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 250 aa  93.6  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.665573 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 235 aa  93.6  3e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  31.56 
 
 		 247 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4168  transcriptional regulator, LuxR family  32.05 
 
 		 251 aa  93.2  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0097  transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 244 aa  93.6  3e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 235 aa  93.6  3e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  30.65 
 
 		 247 aa  93.2  4e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 228 aa  92.4  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  30.81 
 
 		 213 aa  92.4  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 228 aa  92.4  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3840  transcriptional regulator, LuxR family  31.62 
 
 		 251 aa  92.4  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0918  transcriptional regulator LuxR family  29.61 
 
 		 230 aa  91.7  9e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3140  regulatory protein LuxR  28.44 
 
 		 246 aa  90.9  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4147  transcriptional regulator, LuxR family  30.5 
 
 		 242 aa  90.1  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  32.8 
 
 		 237 aa  89  7e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  27.73 
 
 		 248 aa  88.6  8e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  32.8 
 
 		 237 aa  88.6  9e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 245 aa  88.2  1e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 245 aa  88.2  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 245 aa  88.2  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  28.72 
 
 		 237 aa  87.8  1e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 237 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 237 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 237 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4558  LuxR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 234 aa  86.7  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534127  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0416  LuxR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 262 aa  85.5  7e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 239 aa  85.5  8e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  31.3 
 
 		 236 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  31.4 
 
 		 239 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  31.4 
 
 		 239 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  31.4 
 
 		 239 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.4 
 
 		 239 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  31.4 
 
 		 239 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  31.4 
 
 		 239 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  31.4 
 
 		 239 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  31.4 
 
 		 239 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.86 
 
 		 237 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1817  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.75 
 
 		 241 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.985291  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>