More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0397 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0184  coproporphyrinogen III oxidase  82.86 
 
 		 385 aa  655    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0191  coproporphyrinogen III oxidase  83.29 
 
 		 386 aa  653    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.605644 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0330  coproporphyrinogen III oxidase  85.97 
 
 		 385 aa  682    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.154347  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0423  coproporphyrinogen III oxidase  93.59 
 
 		 390 aa  742    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0323  coproporphyrinogen III oxidase  82.51 
 
 		 386 aa  660    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0397  coproporphyrinogen III oxidase  100 
 
 		 385 aa  783    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0149  coproporphyrinogen III oxidase  82.77 
 
 		 386 aa  652    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0471  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  65.44 
 
 		 392 aa  502  1e-141  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0436  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  65.17 
 
 		 398 aa  499  1e-140  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.355394  normal  0.414795 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0403  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  65.44 
 
 		 405 aa  501  1e-140  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.68433  normal  0.919308 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0027  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  67.63 
 
 		 387 aa  495  1e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.444781  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2941  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  65.79 
 
 		 391 aa  496  1e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.446219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0024  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  65.53 
 
 		 398 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0394  coproporphyrinogen III oxidase  61.74 
 
 		 393 aa  485  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4013  coproporphyrinogen III oxidase  62.99 
 
 		 387 aa  486  1e-136  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00338322  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0003  coproporphyrinogen III oxidase  61.48 
 
 		 401 aa  483  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.045882 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0007  coproporphyrinogen III oxidase  60.42 
 
 		 381 aa  481  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000223665 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0185  coproporphyrinogen III oxidase  61.1 
 
 		 409 aa  479  1e-134  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.867892  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2155  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  61.46 
 
 		 389 aa  480  1e-134  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0176  coproporphyrinogen III oxidase  61.56 
 
 		 385 aa  475  1e-133  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0170  coproporphyrinogen III oxidase  61.56 
 
 		 404 aa  476  1e-133  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.379163  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0003  coproporphyrinogen III oxidase  60.42 
 
 		 400 aa  476  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.242877  hitchhiker  0.00414143 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3398  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  61.32 
 
 		 402 aa  468  1.0000000000000001e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.217833 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2537  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  65.62 
 
 		 399 aa  459  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.878033 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1337  coproporphyrinogen III oxidase  51.68 
 
 		 392 aa  425  1e-118  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3582  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  56.91 
 
 		 385 aa  410  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1224  coproporphyrinogen III oxidase  54.21 
 
 		 385 aa  396  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2661  coproporphyrinogen III oxidase  53.68 
 
 		 385 aa  398  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.226338  normal  0.501465 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0204  coproporphyrinogen III oxidase  52.38 
 
 		 385 aa  392  1e-108  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.662433 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2870  coproporphyrinogen III oxidase  52.37 
 
 		 384 aa  392  1e-108  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0605644  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2885  coproporphyrinogen III oxidase  53.54 
 
 		 385 aa  393  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0630  coproporphyrinogen III oxidase  53.25 
 
 		 393 aa  384  1e-105  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.824124  normal  0.0911038 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0569  coproporphyrinogen III oxidase  52.88 
 
 		 397 aa  375  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3460  coproporphyrinogen III oxidase  50.27 
 
 		 387 aa  374  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3639  coproporphyrinogen III oxidase  50.4 
 
 		 414 aa  367  1e-100  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0013  coproporphyrinogen III oxidase  52.25 
 
 		 394 aa  361  9e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1693  coproporphyrinogen III oxidase  52.24 
 
 		 382 aa  352  5e-96  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.616989  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2063  coproporphyrinogen III oxidase  50.52 
 
 		 384 aa  352  7e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0258  coproporphyrinogen III oxidase  48.81 
 
 		 381 aa  330  4e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.148807 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0173  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  46.56 
 
 		 387 aa  288  1e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.43547 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1082  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  36.94 
 
 		 392 aa  259  4e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3011  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.79 
 
 		 389 aa  257  2e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2448  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  41.22 
 
 		 398 aa  255  8e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403351 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0789  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  36.27 
 
 		 393 aa  253  4.0000000000000004e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.284669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2282  coproporphyrinogen III oxidase  41 
 
 		 422 aa  253  5.000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.485067  normal  0.946355 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2161  coproporphyrinogen III oxidase  39.52 
 
 		 424 aa  252  9.000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0050137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2703  putative anaerobic coproporphyrinogen III oxidase oxidoreductase protein  38.5 
 
 		 417 aa  251  1e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0208  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  41.73 
 
 		 381 aa  251  1e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000567402  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0052  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  38.42 
 
 		 390 aa  250  3e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0403831  normal  0.42577 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3535  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  40.93 
 
 		 383 aa  248  9e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000160096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2346  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  40.48 
 
 		 385 aa  248  1e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1980  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  40.48 
 
 		 385 aa  248  1e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.958254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1341  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.84 
 
 		 394 aa  246  4e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02372  coproporphyrinogen III oxidase  38.2 
 
 		 385 aa  245  9e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3853  coproporphyrinogen III oxidase  38.53 
 
 		 399 aa  245  9e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.800608  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4026  coproporphyrinogen III oxidase  40.43 
 
 		 407 aa  244  9.999999999999999e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.799175  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2374  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.21 
 
 		 448 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1962  coproporphyrinogen III oxidase  39.95 
 
 		 422 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.154783  normal  0.857394 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3577  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.85 
 
 		 390 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0892028  normal  0.365381 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3273  coproporphyrinogen III oxidase  38.83 
 
 		 408 aa  244  1.9999999999999999e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4155  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.3 
 
 		 416 aa  243  3e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0816  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  36.76 
 
 		 396 aa  242  7e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.847489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0760  coproporphyrinogen III oxidase  39.13 
 
 		 383 aa  240  2e-62  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1631  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  40.43 
 
 		 394 aa  240  2e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.526463  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0856  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.46 
 
 		 414 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0921  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.46 
 
 		 414 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00698977 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2444  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.13 
 
 		 385 aa  239  6.999999999999999e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0007  coproporphyrinogen III oxidase  35.92 
 
 		 391 aa  238  1e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.712639  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0030  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  37.34 
 
 		 385 aa  238  1e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.949331  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12830  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  32.55 
 
 		 385 aa  238  1e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.402755  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0117  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  35.7 
 
 		 382 aa  237  2e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0847  coproporphyrinogen III oxidase  39.13 
 
 		 383 aa  238  2e-61  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2963  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.36 
 
 		 387 aa  237  3e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000535992  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2082  coproporphyrinogen III oxidase  30.79 
 
 		 375 aa  236  7e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3089  coproporphyrinogen III oxidase  37.36 
 
 		 409 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.610477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0528  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  35.37 
 
 		 382 aa  235  1.0000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2479  coproporphyrinogen III oxidase  36.76 
 
 		 413 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.226119  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4323  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.48 
 
 		 419 aa  234  3e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0901  coproporphyrinogen III oxidase  36.8 
 
 		 409 aa  234  3e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.482511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0850  coproporphyrinogen III oxidase  37.5 
 
 		 419 aa  234  3e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.260825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1363  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.39 
 
 		 389 aa  233  5e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1980  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  33.82 
 
 		 380 aa  231  1e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000136099  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3288  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  34.72 
 
 		 396 aa  231  2e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3577  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  41.82 
 
 		 381 aa  231  2e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2953  coproporphyrinogen III oxidase  37.82 
 
 		 405 aa  229  6e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.640184  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3508  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  40.61 
 
 		 381 aa  229  9e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.230764  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2405  coproporphyrinogen III oxidase  37.64 
 
 		 404 aa  228  1e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0703  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  35.98 
 
 		 457 aa  228  1e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.625393 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2100  coproporphyrinogen III oxidase  37.82 
 
 		 405 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2644  coproporphyrinogen III oxidase  37.82 
 
 		 405 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1968  coproporphyrinogen III oxidase  37.82 
 
 		 405 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.137157  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0516  coproporphyrinogen III oxidase  37.08 
 
 		 404 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0995  coproporphyrinogen III oxidase  37.08 
 
 		 404 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.369674  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03584  coproporphyrinogen III oxidase  34.2 
 
 		 390 aa  228  1e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0811  coproporphyrinogen III oxidase  37.82 
 
 		 405 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.12855  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0955  coproporphyrinogen III oxidase  37.08 
 
 		 404 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.337282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3053  coproporphyrinogen III oxidase  37.54 
 
 		 405 aa  228  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3019  coproporphyrinogen III oxidase  37.54 
 
 		 405 aa  228  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.18574  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5458  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.85 
 
 		 406 aa  227  3e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0040  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  38.58 
 
 		 384 aa  227  3e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>