More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0360 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 
299 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  99.33 
 
 
299 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  96.64 
 
 
299 aa  594  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  96.66 
 
 
299 aa  593  1e-169  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  93.29 
 
 
299 aa  577  1e-164  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  92.64 
 
 
299 aa  571  1.0000000000000001e-162  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  92.62 
 
 
299 aa  570  1e-161  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  81.72 
 
 
296 aa  483  1e-135  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  82.07 
 
 
296 aa  483  1e-135  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  80.9 
 
 
297 aa  475  1e-133  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  77.44 
 
 
300 aa  476  1e-133  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  78.91 
 
 
303 aa  473  1e-132  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  78.91 
 
 
297 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  79.86 
 
 
299 aa  470  1.0000000000000001e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  78.91 
 
 
297 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  78.91 
 
 
297 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  75.34 
 
 
308 aa  456  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  72.33 
 
 
301 aa  444  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  75.9 
 
 
303 aa  438  9.999999999999999e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  75.54 
 
 
303 aa  440  9.999999999999999e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  73.13 
 
 
300 aa  438  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  75.54 
 
 
303 aa  435  1e-121  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  74.46 
 
 
340 aa  431  1e-120  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  73.68 
 
 
302 aa  431  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  73.68 
 
 
302 aa  432  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  65.32 
 
 
303 aa  412  1e-114  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  70.57 
 
 
295 aa  407  1e-113  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  67.47 
 
 
299 aa  397  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  66.78 
 
 
295 aa  395  1e-109  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  67.62 
 
 
301 aa  386  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  67.25 
 
 
301 aa  384  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  65.72 
 
 
299 aa  385  1e-106  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  66.79 
 
 
296 aa  385  1e-106  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  66.08 
 
 
298 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  66.08 
 
 
298 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  62.89 
 
 
295 aa  380  1e-104  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  65.38 
 
 
298 aa  378  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  65.03 
 
 
299 aa  376  1e-103  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  64.77 
 
 
300 aa  374  1e-103  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  67.48 
 
 
298 aa  377  1e-103  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  62.46 
 
 
298 aa  370  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  63.08 
 
 
306 aa  355  5e-97  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1525  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.74 
 
 
326 aa  259  4e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  45.29 
 
 
329 aa  258  7e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  46.72 
 
 
300 aa  256  3e-67  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  46.72 
 
 
297 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  49.08 
 
 
290 aa  253  4.0000000000000004e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  43.4 
 
 
297 aa  251  9.000000000000001e-66  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  46.32 
 
 
284 aa  249  4e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  46.01 
 
 
279 aa  247  1e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1693  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.66 
 
 
298 aa  236  3e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.199349 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.6 
 
 
285 aa  236  5.0000000000000005e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  42.55 
 
 
286 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4142  RNA polymerase factor sigma-32  46.72 
 
 
287 aa  230  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000322567  normal  0.133894 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3813  RNA polymerase factor sigma-32  46.72 
 
 
287 aa  229  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.674997  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0664  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.96 
 
 
282 aa  229  6e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000163215  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  44.32 
 
 
293 aa  228  1e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4806  RNA polymerase factor sigma-32  44.32 
 
 
293 aa  227  2e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0484047  hitchhiker  0.000291044 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  44.28 
 
 
307 aa  226  3e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2297  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.8 
 
 
305 aa  224  2e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000241193  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.87 
 
 
280 aa  223  3e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.91 
 
 
292 aa  223  4e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1763  RNA polymerase factor sigma-32  42.91 
 
 
311 aa  222  4.9999999999999996e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00750009  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  43.82 
 
 
285 aa  222  4.9999999999999996e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1137  RNA polymerase factor sigma-32  42.7 
 
 
311 aa  222  7e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1701  RNA polymerase factor sigma-32  42.91 
 
 
311 aa  221  9.999999999999999e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000437901  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4270  RNA polymerase factor sigma-32  44.4 
 
 
285 aa  221  9.999999999999999e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  40.7 
 
 
280 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.16 
 
 
285 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3837  RNA polymerase factor sigma-32  43.86 
 
 
286 aa  219  5e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265332  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0570  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.62 
 
 
291 aa  218  1e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  42.55 
 
 
307 aa  218  1e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  42.55 
 
 
307 aa  218  1e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  40.48 
 
 
285 aa  218  1e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  44.72 
 
 
283 aa  218  1e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.55 
 
 
307 aa  216  2e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  44.49 
 
 
299 aa  217  2e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3380  RNA polymerase factor sigma-32  42.91 
 
 
284 aa  217  2e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0000950238  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0570  RNA polymerase factor sigma-32  43.62 
 
 
311 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.634272  normal  0.0160138 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4379  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.17 
 
 
313 aa  216  4e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.202105  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0341  RNA polymerase sigma-32 factor  43.16 
 
 
288 aa  216  4e-55  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788591  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4146  RNA polymerase factor sigma-32  43.26 
 
 
307 aa  216  4e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2240  RNA polymerase factor sigma-32  41.94 
 
 
288 aa  215  7e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2151  RNA polymerase factor sigma-32  41.58 
 
 
288 aa  214  9.999999999999999e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.370706  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0301  RNA polymerase factor sigma-32  42.07 
 
 
311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0889  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.82 
 
 
322 aa  213  2.9999999999999995e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0236612  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  43.27 
 
 
300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0486  RNA polymerase factor sigma-32  42.66 
 
 
311 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0204  RNA polymerase factor sigma-32  41.99 
 
 
283 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000789244  decreased coverage  0.00000216818 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  43.27 
 
 
300 aa  212  5.999999999999999e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.75 
 
 
300 aa  212  5.999999999999999e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2733  RNA polymerase factor sigma-32  42.66 
 
 
311 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.328689  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1545  RNA polymerase factor sigma-32  43.45 
 
 
280 aa  212  5.999999999999999e-54  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.197254  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2875  RNA polymerase factor sigma-32  42.66 
 
 
311 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  41.13 
 
 
285 aa  211  9e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1443  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  40.56 
 
 
433 aa  211  1e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000239959  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1549  sigma-70 region 2 domain-containing protein  42.09 
 
 
356 aa  211  1e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00000354786  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00277  RNA polymerase factor sigma-32  40.42 
 
 
285 aa  211  1e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2370  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.4 
 
 
286 aa  211  1e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.228679  hitchhiker  0.0000736942 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2750  RNA polymerase sigma-32 factor  44.4 
 
 
286 aa  211  1e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>