206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0311 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0514  50S ribosomal protein L32  100 
 
 		 60 aa  120  6e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0311  50S ribosomal protein L32  100 
 
 		 60 aa  120  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.953611 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0527  50S ribosomal protein L32  93.33 
 
 		 60 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0499  50S ribosomal protein L32  93.33 
 
 		 60 aa  115  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00950666 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0625  50S ribosomal protein L32  91.38 
 
 		 61 aa  110  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.19517  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0497  50S ribosomal protein L32  91.38 
 
 		 61 aa  110  6e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3466  50S ribosomal protein L32  86.67 
 
 		 62 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.357647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3664  50S ribosomal protein L32  86.67 
 
 		 62 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.416645  normal  0.271996 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5115  50S ribosomal protein L32  86.67 
 
 		 62 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.637 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3774  50S ribosomal protein L32  86.67 
 
 		 62 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3111  50S ribosomal protein L32  87.93 
 
 		 61 aa  108  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5277  50S ribosomal protein L32  87.93 
 
 		 61 aa  107  7.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.5638  normal  0.0541919 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5920  50S ribosomal protein L32  87.93 
 
 		 61 aa  107  7.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3426  50S ribosomal protein L32  81.67 
 
 		 60 aa  105  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3825  50S ribosomal protein L32  80 
 
 		 61 aa  104  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.828831  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4153  50S ribosomal protein L32  80 
 
 		 61 aa  104  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.867327 
 
 
-
 
NC_004310  BR1775  50S ribosomal protein L32  81.36 
 
 		 59 aa  103  7e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1710  50S ribosomal protein L32  81.36 
 
 		 59 aa  103  7e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.142223  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3119  50S ribosomal protein L32  80 
 
 		 61 aa  103  7e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1128  ribosomal protein L32  79.66 
 
 		 59 aa  103  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.798956  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0122  50S ribosomal protein L32  80 
 
 		 61 aa  103  1e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4342  50S ribosomal protein L32  78.33 
 
 		 61 aa  102  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0820  50S ribosomal protein L32  76.27 
 
 		 62 aa  98.6  3e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.177127 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1411  50S ribosomal protein L32P  72.88 
 
 		 60 aa  96.3  1e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.361798  hitchhiker  0.00000964737 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1559  ribosomal protein L32  72.41 
 
 		 60 aa  95.1  3e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0425  50S ribosomal protein L32  75.86 
 
 		 63 aa  94  7e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.311335 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7619  50S ribosomal protein L32P  91.3 
 
 		 46 aa  90.1  9e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00560447  normal  0.375625 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3291  50S ribosomal protein L32  60 
 
 		 67 aa  73.2  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.366938 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2368  50S ribosomal protein L32  61.82 
 
 		 59 aa  72  0.000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1420  50S ribosomal protein L32  58.18 
 
 		 59 aa  71.2  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.640468  normal  0.982205 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0271  50S ribosomal protein L32  58.18 
 
 		 67 aa  71.2  0.000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.750719  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3554  50S ribosomal protein L32  54.55 
 
 		 59 aa  67  0.00000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.873264  normal  0.953551 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1665  50S ribosomal protein L32  54.39 
 
 		 61 aa  65.9  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0871064  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2467  ribosomal protein L32  50.85 
 
 		 61 aa  65.1  0.0000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000135728  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2764  ribosomal protein L32  62.22 
 
 		 46 aa  64.7  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000122605 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1669  ribosomal protein S32  50.85 
 
 		 65 aa  60.5  0.000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.545135  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0633  ribosomal protein L32  46.43 
 
 		 63 aa  59.7  0.00000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1913  50S ribosomal protein L32P  50.85 
 
 		 62 aa  58.5  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1718  50S ribosomal protein L32  49.15 
 
 		 68 aa  58.5  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.220434  normal  0.0708692 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2129  ribosomal protein L32  55.17 
 
 		 59 aa  58.2  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0120071  normal  0.0237649 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0633  ribosomal protein L32  51.72 
 
 		 63 aa  58.2  0.00000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1786  50S ribosomal protein L32  45 
 
 		 67 aa  56.2  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.213514  normal  0.442946 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1237  50S ribosomal protein L32  44.07 
 
 		 59 aa  56.2  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.409262  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2614  50S ribosomal protein L32  49.09 
 
 		 68 aa  56.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.417222  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3078  50S ribosomal protein L32  48.28 
 
 		 60 aa  55.8  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1272  50S ribosomal protein L32  49.09 
 
 		 68 aa  56.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.165805 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1910  50S ribosomal protein L32  49.09 
 
 		 68 aa  56.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0708  50S ribosomal protein L32  50 
 
 		 57 aa  55.1  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0117733  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3254  ribosomal protein L32  49.15 
 
 		 60 aa  55.5  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000244715  normal  0.0606215 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1859  50S ribosomal protein L32  44.07 
 
 		 68 aa  55.1  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.898391  normal  0.537439 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5274  50S ribosomal protein L32  47.46 
 
 		 60 aa  54.3  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3599  ribosomal protein L32  46.43 
 
 		 59 aa  54.7  0.0000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.590227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3652  50S ribosomal protein L32  47.46 
 
 		 60 aa  54.3  0.0000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0613  50S ribosomal protein L32  48.28 
 
 		 60 aa  53.9  0.0000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000739879 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1904  50S ribosomal protein L32  45.61 
 
 		 61 aa  53.9  0.0000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0519443  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1579  50S ribosomal protein L32  45.61 
 
 		 61 aa  53.9  0.0000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.146664  normal  0.0105145 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1181  50S ribosomal protein L32  47.46 
 
 		 60 aa  53.9  0.0000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3282  50S ribosomal protein L32  47.46 
 
 		 60 aa  53.9  0.0000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0634  50S ribosomal protein L32  48.28 
 
 		 60 aa  53.9  0.0000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.307696  normal  0.0979505 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2635  50S ribosomal protein L32  47.46 
 
 		 60 aa  53.9  0.0000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0743  ribosomal protein L32  45.76 
 
 		 63 aa  53.9  0.0000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1387  50S ribosomal protein L32  47.46 
 
 		 60 aa  53.5  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1728  50S ribosomal protein L32  45.76 
 
 		 60 aa  52.8  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3110  50S ribosomal protein L32  44.07 
 
 		 60 aa  53.1  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0115825  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1152  50S ribosomal protein L32  44.07 
 
 		 60 aa  53.1  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1873  50S ribosomal protein L32  44.07 
 
 		 60 aa  53.5  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00104363  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0916  50S ribosomal protein L32  42.37 
 
 		 68 aa  52  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1553  50S ribosomal protein L32  46.55 
 
 		 59 aa  52  0.000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.198496  normal  0.0691397 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1598  50S ribosomal protein L32P  47.27 
 
 		 56 aa  52  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.208872  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2988  ribosomal protein L32  49.09 
 
 		 61 aa  50.8  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000138033  normal  0.0167419 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2498  50S ribosomal protein L32  49.12 
 
 		 56 aa  50.8  0.000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000463288  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1682  50S ribosomal protein L32  50.91 
 
 		 55 aa  50.4  0.000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000176962  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3503  50S ribosomal protein L32  50.91 
 
 		 55 aa  50.4  0.000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000266571  hitchhiker  0.00520609 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1574  50S ribosomal protein L32  50.91 
 
 		 55 aa  50.4  0.000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000166965  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1870  ribosomal protein L32  42.37 
 
 		 59 aa  50.8  0.000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.819487  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1603  ribosomal protein L32  47.37 
 
 		 65 aa  50.4  0.000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0931242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0396  50S ribosomal protein L32  44.07 
 
 		 59 aa  50.4  0.000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1902  50S ribosomal protein L32  50.91 
 
 		 55 aa  50.1  0.000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000663482  hitchhiker  0.00000521877 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0868  50S ribosomal protein L32  43.1 
 
 		 64 aa  50.4  0.000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2628  ribosomal protein L32  47.37 
 
 		 56 aa  49.7  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000100434  hitchhiker  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02335  50S ribosomal protein L32  49.09 
 
 		 56 aa  49.7  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000084206  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1509  50S ribosomal protein L32  46.55 
 
 		 59 aa  50.1  0.00001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0171128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2507  50S ribosomal protein L32  50.88 
 
 		 56 aa  50.1  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000163859  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2812  50S ribosomal protein L32  50.88 
 
 		 56 aa  50.1  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.000000738596  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1599  50S ribosomal protein L32  49.12 
 
 		 56 aa  49.7  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000342659  hitchhiker  0.00352794 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1599  50S ribosomal protein L32  40.68 
 
 		 60 aa  48.9  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.919739  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1025  50S ribosomal protein L32  45.61 
 
 		 62 aa  49.3  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000103246  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1048  50S ribosomal protein L32  44.07 
 
 		 59 aa  49.3  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0446  50S ribosomal protein L32  48.21 
 
 		 61 aa  49.7  0.00002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.735597  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0438  ribosomal protein L32  47.37 
 
 		 56 aa  49.3  0.00002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1425  50S ribosomal protein L32  42.37 
 
 		 59 aa  48.9  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.249628  normal  0.503054 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2038  ribosomal protein L32  47.37 
 
 		 56 aa  48.5  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000023625  normal  0.0132901 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0913  50S ribosomal protein L32  44.07 
 
 		 59 aa  48.5  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0957314 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0978  50S ribosomal protein L32  44.07 
 
 		 59 aa  48.5  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0979958 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1006  50S ribosomal protein L32  40.35 
 
 		 57 aa  48.5  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1070  50S ribosomal protein L32  44.07 
 
 		 59 aa  48.5  0.00003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.772826  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2297  50S ribosomal protein L32  47.37 
 
 		 56 aa  48.5  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000000139706  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0576  50S ribosomal protein L32  46.43 
 
 		 61 aa  48.1  0.00004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.194083  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1715  50S ribosomal protein L32  42.37 
 
 		 59 aa  48.1  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0826  ribosomal protein L32  42.37 
 
 		 59 aa  48.1  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.784617  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>