More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0292 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_7571  CBS domain-containing protein  80.74 
 
 
434 aa  706    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.52117 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0537  hypothetical protein  95.65 
 
 
447 aa  838    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.947499  normal  0.569692 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0534  hypothetical protein  86.28 
 
 
436 aa  753    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.616871 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0292  hypothetical protein  100 
 
 
440 aa  879    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2317  protein of unknown function DUF21  61.48 
 
 
438 aa  521  1e-147  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00842677 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0847  hypothetical protein  64.82 
 
 
440 aa  524  1e-147  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.223563  hitchhiker  0.000695829 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0911  hypothetical protein  58.8 
 
 
435 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1716  hypothetical protein  60.92 
 
 
429 aa  503  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.230477  normal  0.276793 
 
 
-
 
NC_004310  BR2027  CBS domain-containing protein  57.01 
 
 
435 aa  500  1e-140  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.765021  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1949  CBS domain-containing protein  57.01 
 
 
435 aa  500  1e-140  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3594  protein of unknown function DUF21  59.9 
 
 
436 aa  496  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.798731 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2563  hypothetical protein  58.98 
 
 
434 aa  493  9.999999999999999e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.645388 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3887  protein of unknown function DUF21  59.66 
 
 
436 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0724448  hitchhiker  0.00619914 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3066  hypothetical protein  57.01 
 
 
429 aa  490  1e-137  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.897226  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0503  protein of unknown function DUF21  56.19 
 
 
453 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0718  hypothetical protein  58.33 
 
 
428 aa  454  1.0000000000000001e-126  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.229015  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0492  hypothetical protein  55.71 
 
 
450 aa  444  1e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0397  Mg2+ and Co2+ transporter CorB family  53.72 
 
 
449 aa  439  9.999999999999999e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.595563 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2275  hypothetical protein  52.64 
 
 
429 aa  431  1e-119  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.746126  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1532  hypothetical protein  50.48 
 
 
442 aa  411  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.788333 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1427  hypothetical protein  50.12 
 
 
437 aa  410  1e-113  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.108419 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2483  hypothetical protein  49.88 
 
 
442 aa  405  1.0000000000000001e-112  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.767391  normal  0.0571877 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1613  UPF0053 inner membrane protein  48.94 
 
 
433 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.405489  normal  0.446608 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1482  hypothetical protein  51.23 
 
 
442 aa  402  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.14439  normal  0.218713 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2814  hypothetical protein  50.99 
 
 
442 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0558  CBS domain-containing protein  40.67 
 
 
427 aa  363  2e-99  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0892  CBS domain-containing protein  37.47 
 
 
433 aa  336  5e-91  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0338077  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0210  hypothetical protein  38.57 
 
 
428 aa  331  2e-89  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1278  hypothetical protein  42.82 
 
 
450 aa  310  4e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00305135  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4076  putative magnesium and cobalt efflux protein CorB  34.38 
 
 
421 aa  260  4e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0404  CBS domain-containing protein  32.69 
 
 
430 aa  258  2e-67  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3404  hypothetical protein  35.94 
 
 
428 aa  250  3e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.978563  normal  0.632864 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0424  protein of unknown function DUF21  36.63 
 
 
428 aa  250  4e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1622  magnesium and cobalt efflux protein  33.74 
 
 
417 aa  250  5e-65  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0117884  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1166  hypothetical protein  34.62 
 
 
427 aa  249  8e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.215094 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0561  HlyC/CorC (HCC) family protein  34.38 
 
 
417 aa  248  1e-64  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000191293  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2212  CBS domain-containing protein  35.18 
 
 
417 aa  248  2e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000293587  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1668  hypothetical protein  32.62 
 
 
429 aa  248  2e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.905318  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1062  protein of unknown function DUF21  34.95 
 
 
413 aa  247  3e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000790091  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2764  hypothetical protein  34.95 
 
 
420 aa  247  3e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000294524  normal  0.119885 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2771  hypothetical protein  34.95 
 
 
420 aa  247  3e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000124547  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1071  hypothetical protein  34.95 
 
 
413 aa  247  3e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0188831  normal  0.0406794 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2893  hypothetical protein  35.19 
 
 
413 aa  247  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2825  hypothetical protein  35.19 
 
 
413 aa  247  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00280306  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2896  hypothetical protein  34.95 
 
 
420 aa  247  3e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000147354  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3001  hypothetical protein  34.95 
 
 
420 aa  247  3e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000119732  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2895  hypothetical protein  35.19 
 
 
413 aa  247  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.132173  normal  0.997899 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0036  transporter, putative  34.2 
 
 
421 aa  246  4.9999999999999997e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3007  hypothetical protein  35.19 
 
 
413 aa  246  8e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.103767  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1060  hypothetical protein  34.57 
 
 
427 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00777196  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2875  hypothetical protein  34.95 
 
 
413 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.156935  normal  0.0970884 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0036  putative transporter  33.96 
 
 
421 aa  245  9.999999999999999e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3367  hypothetical protein  35.19 
 
 
427 aa  244  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00577149  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3093  hypothetical protein  35.44 
 
 
413 aa  244  3e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000167222  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3106  protein of unknown function DUF21  35.56 
 
 
424 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000105483  normal  0.0439763 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1284  hypothetical protein  35.56 
 
 
424 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00121999  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1207  hypothetical protein  35.56 
 
 
424 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000421474  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3232  hypothetical protein  35.19 
 
 
418 aa  243  7e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000119021  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1251  hypothetical protein  35.31 
 
 
424 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000842338  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1165  hypothetical protein  34.78 
 
 
423 aa  242  9e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.132593  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0849  hypothetical protein  34.99 
 
 
429 aa  242  9e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000648521  hitchhiker  0.0000222957 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39600  Mg/Co transporter-like protein  34.31 
 
 
426 aa  242  9e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.100251  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1046  hypothetical protein  33.8 
 
 
427 aa  241  2e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0461701  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2923  hypothetical protein  34.41 
 
 
426 aa  241  2e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0886  hypothetical protein  34.49 
 
 
429 aa  240  4e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.37649 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1251  hypothetical protein  32.92 
 
 
424 aa  239  9e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000334819  hitchhiker  0.00000258332 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1156  hypothetical protein  33.09 
 
 
431 aa  239  9e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0523696  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12560  putative membrane CBS domain protein  32.77 
 
 
420 aa  237  2e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3370  hemolysin  33.17 
 
 
423 aa  238  2e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2841  hypothetical protein  34.41 
 
 
423 aa  238  2e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.063755  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2923  hypothetical protein  33.9 
 
 
423 aa  238  2e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.801289  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0646  putative transport protein  31.48 
 
 
423 aa  237  3e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.781134  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2313  hypothetical protein  31.88 
 
 
426 aa  237  3e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3020  hypothetical protein  34.41 
 
 
423 aa  237  3e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000521324  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2757  hypothetical protein  34.65 
 
 
428 aa  237  4e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000928443  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2811  hypothetical protein  33.33 
 
 
421 aa  236  5.0000000000000005e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2680  hypothetical protein  32.68 
 
 
421 aa  235  9e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002533  putative hemolysin  32.79 
 
 
422 aa  234  3e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0092  hypothetical protein  33.18 
 
 
426 aa  234  3e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0306325  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1354  hemolysin protein, putative  33.42 
 
 
423 aa  233  5e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1777  protein of unknown function DUF21  35.48 
 
 
424 aa  233  7.000000000000001e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02501  predicted inner membrane protein  34.17 
 
 
398 aa  230  3e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000917299  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02465  hypothetical protein  34.17 
 
 
398 aa  230  3e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000805698  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3019  hypothetical protein  33.74 
 
 
427 aa  231  3e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00496912  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0469  hypothetical protein  33.57 
 
 
426 aa  229  6e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272499  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0394  protein of unknown function DUF21  32.08 
 
 
414 aa  223  4.9999999999999996e-57  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0591737  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2132  hypothetical protein  31.59 
 
 
432 aa  222  9.999999999999999e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0846344  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3015  hypothetical protein  29.09 
 
 
429 aa  219  1e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.204841  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1429  transporter  31.72 
 
 
419 aa  218  2e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.836538  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1507  hypothetical protein  33.17 
 
 
430 aa  216  5.9999999999999996e-55  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1002  hypothetical protein  32.41 
 
 
443 aa  216  9e-55  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03483  hypothetical protein  32.32 
 
 
395 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2263  hypothetical protein  33.57 
 
 
440 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.830702  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3773  hypothetical protein  33.68 
 
 
418 aa  214  2.9999999999999995e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.163336  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0842  protein of unknown function DUF21  33.58 
 
 
430 aa  213  7e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1153  hypothetical protein  31.89 
 
 
447 aa  211  3e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000974304  normal  0.0417904 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0996  hypothetical protein  32.36 
 
 
428 aa  211  3e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1200  metal dependent phosphohydrolase  32.53 
 
 
426 aa  209  8e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3532  hypothetical protein  33.55 
 
 
455 aa  209  9e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0419  protein of unknown function DUF21  32.2 
 
 
429 aa  208  2e-52  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>