More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0253 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0463  beta-lactamase  83.64 
 
 		 395 aa  681    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0579  beta-lactamase  83.29 
 
 		 395 aa  691    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.521189  normal  0.351765 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0253  beta-lactamase  100 
 
 		 395 aa  811    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0456  beta-lactamase  73.42 
 
 		 395 aa  624  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0035  putative beta-lactamase  71.03 
 
 		 397 aa  568  1e-161  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.172625  normal  0.414753 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6049  Beta-lactamase  53.25 
 
 		 419 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2728  beta-lactamase  55.99 
 
 		 387 aa  417  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.144324 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2777  beta-lactamase  55.93 
 
 		 389 aa  407  1.0000000000000001e-112  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6425  beta-lactamase  48.56 
 
 		 437 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.102177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2556  beta-lactamase  54.9 
 
 		 395 aa  396  1e-109  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2104  beta-lactamase  47.45 
 
 		 396 aa  361  1e-98  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3549  beta-lactamase  45.85 
 
 		 400 aa  345  8.999999999999999e-94  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3905  beta-lactamase  44.72 
 
 		 397 aa  340  2.9999999999999998e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0089  beta-lactamase  45.24 
 
 		 401 aa  336  2.9999999999999997e-91  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2901  beta-lactamase  46.58 
 
 		 760 aa  335  7e-91  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.453349  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2284  hypothetical protein  43.8 
 
 		 395 aa  330  4e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1441  putative 1,4-butanediol diacrylate esterase  43.34 
 
 		 395 aa  315  8e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00263583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0394  putative 1,4-butanediol diacrylate esterase  40.99 
 
 		 397 aa  296  3e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3473  beta-lactamase  41.25 
 
 		 392 aa  289  6e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.407682 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3462  beta-lactamase  39.53 
 
 		 406 aa  281  2e-74  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00219099  normal  0.0121501 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1072  beta-lactamase  40.67 
 
 		 410 aa  277  2e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.22387  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3517  beta-lactamase  34.31 
 
 		 447 aa  222  7e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_88817  1,4-butanediol diacrylate esterase  32.07 
 
 		 418 aa  207  2e-52  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.642668 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0538  beta-lactamase  33.5 
 
 		 433 aa  206  4e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6088  beta-lactamase  34.57 
 
 		 406 aa  206  4e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.496561  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05422  beta-lactamase family protein (AFU_orthologue; AFUA_5G07500)  34.37 
 
 		 415 aa  205  1e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.300599  normal  0.931508 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2209  beta-lactamase  34.13 
 
 		 420 aa  205  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.683727  normal  0.729907 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1692  Beta-lactamase  35.56 
 
 		 414 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2704  beta-lactamase  35.58 
 
 		 424 aa  202  9e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.431746  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3606  beta-lactamase  33.33 
 
 		 419 aa  202  9e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000041879  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5348  beta-lactamase  33.25 
 
 		 414 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0848814 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1745  beta-lactamase  34.29 
 
 		 454 aa  201  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2189  beta-lactamase  34.51 
 
 		 402 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13371  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3197  beta-lactamase  32.8 
 
 		 417 aa  200  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.27684  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5391  putative beta-lactamase  34.04 
 
 		 414 aa  199  7.999999999999999e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3066  beta-lactamase  31.28 
 
 		 438 aa  197  2.0000000000000003e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2440  beta-lactamase  33.07 
 
 		 422 aa  197  3e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5491  beta-lactamase  35.99 
 
 		 407 aa  197  3e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.442272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3256  beta-lactamase  33.07 
 
 		 420 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.748817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4601  beta-lactamase  37.97 
 
 		 427 aa  196  7e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850083  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0812  beta-lactamase  32.37 
 
 		 408 aa  195  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0349  beta-lactamase  33.96 
 
 		 407 aa  193  6e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2815  putative beta-lactamase  32.49 
 
 		 424 aa  192  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4865  beta-lactamase  33.51 
 
 		 405 aa  192  1e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00560097 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4649  Beta-lactamase  33.68 
 
 		 418 aa  191  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2371  beta-lactamase  32.19 
 
 		 370 aa  191  2.9999999999999997e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2288  beta-lactamase  33.16 
 
 		 424 aa  190  4e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5281  beta-lactamase  30.42 
 
 		 408 aa  190  4e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0166031 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0297  beta-lactamase  33.16 
 
 		 417 aa  189  5.999999999999999e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.834567  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4402  beta-lactamase  33.24 
 
 		 405 aa  189  7e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0831  beta-lactamase  30.77 
 
 		 445 aa  187  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.23283  normal  0.655791 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6935  beta-lactamase  35.75 
 
 		 399 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2976  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding proteins  36.3 
 
 		 399 aa  187  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4911  beta-lactamase  33.61 
 
 		 405 aa  186  6e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366711  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3704  beta-lactamase  33.06 
 
 		 407 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136974  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5097  beta-lactamase family penicillin binding protein  31.2 
 
 		 411 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1881  beta-lactamase  32.8 
 
 		 613 aa  184  3e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.234575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2265  beta-lactamase  33.7 
 
 		 407 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2708  Beta-lactamase  32.47 
 
 		 436 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.259785  normal  0.385071 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3477  beta-lactamase  32.88 
 
 		 409 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.295738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4820  beta-lactamase  32.79 
 
 		 420 aa  184  3e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.85681  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3743  beta-lactamase  32.79 
 
 		 420 aa  184  3e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3205  beta-lactamase  33.42 
 
 		 407 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_44235  predicted protein  30.05 
 
 		 397 aa  183  4.0000000000000006e-45  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2298  beta-lactamase  31.58 
 
 		 440 aa  183  4.0000000000000006e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.322057  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5786  beta-lactamase family protein  33.07 
 
 		 420 aa  182  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0584533 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0637  beta-lactamase  30.69 
 
 		 424 aa  181  2e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000302256  normal  0.230717 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0011  beta-lactamase  31.69 
 
 		 427 aa  180  2.9999999999999997e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000120746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1560  beta-lactamase  33.42 
 
 		 412 aa  178  1e-43  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2750  beta-lactamase  32.98 
 
 		 437 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.106005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3485  beta-lactamase  32.38 
 
 		 440 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.807296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3006  beta-lactamase  33.51 
 
 		 423 aa  176  8e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1690  beta-lactamase  32.2 
 
 		 426 aa  175  9.999999999999999e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1601  beta-lactamase  33.24 
 
 		 444 aa  173  5e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0814  beta-lactamase  32.26 
 
 		 422 aa  173  5e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3149  beta-lactamase  30.38 
 
 		 430 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.360137  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2480  beta-lactamase  30.15 
 
 		 411 aa  172  6.999999999999999e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.26212 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3702  beta-lactamase  31.12 
 
 		 430 aa  171  3e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2359  beta-lactamase  30.26 
 
 		 411 aa  169  6e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1798  beta-lactamase  30.48 
 
 		 426 aa  169  8e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491739  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0590  beta-lactamase  28.91 
 
 		 452 aa  168  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1896  beta-lactamase  31.89 
 
 		 425 aa  166  5e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.227365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1762  beta-lactamase  31.28 
 
 		 431 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178293  normal  0.700473 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2694  beta-lactamase  33.42 
 
 		 453 aa  166  8e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.955083 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0866  beta-lactamase  28.61 
 
 		 382 aa  165  1.0000000000000001e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0570  beta-lactamase  30.08 
 
 		 438 aa  164  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3853  Beta-lactamase  29.22 
 
 		 415 aa  164  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1214  beta-lactamase  31.91 
 
 		 435 aa  164  3e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0870  beta-lactamase  30.61 
 
 		 410 aa  162  8.000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.487192  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2251  beta-lactamase  31.88 
 
 		 432 aa  162  9e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2402  beta-lactamase  31.38 
 
 		 401 aa  162  1e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2361  beta-lactamase  31.38 
 
 		 401 aa  162  1e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.597204  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2408  beta-lactamase  31.38 
 
 		 401 aa  162  1e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.234051  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11398  hypothetical protein  32.99 
 
 		 401 aa  160  4e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3069  beta-lactamase  30.41 
 
 		 400 aa  157  3e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.489639  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3562  beta-lactamase  30.65 
 
 		 394 aa  154  2.9999999999999998e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.451729  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0454  beta-lactamase  31.02 
 
 		 409 aa  153  4e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3749  beta-lactamase  31.85 
 
 		 401 aa  151  2e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0280744 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8863  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding protein  30.93 
 
 		 468 aa  150  3e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0589  beta-lactamase  29.77 
 
 		 438 aa  150  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>