More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0234 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0234  hypothetical protein  100 
 
 		 262 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0443  hypothetical protein  84.85 
 
 		 259 aa  434  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0597  hypothetical protein  89.69 
 
 		 259 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0028  hypothetical protein  68.56 
 
 		 263 aa  347  8e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0054  hypothetical protein  70.82 
 
 		 253 aa  334  7.999999999999999e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.454767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0021  hypothetical protein  71.1 
 
 		 260 aa  333  1e-90  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0581916 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0477  hypothetical protein  69.58 
 
 		 272 aa  331  9e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.981594  normal  0.577769 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0296  hypothetical protein  61.54 
 
 		 286 aa  221  9.999999999999999e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.299993  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4615  protein of unknown function DUF150  58.47 
 
 		 238 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.130835  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2614  hypothetical protein  60.34 
 
 		 201 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.374195  normal  0.0922711 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3927  hypothetical protein  56.5 
 
 		 220 aa  204  2e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2162  hypothetical protein  50.84 
 
 		 219 aa  199  3e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.213663  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2074  hypothetical protein  50.84 
 
 		 219 aa  199  3e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0717176  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2822  protein of unknown function DUF150  53.03 
 
 		 255 aa  195  5.000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.189115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0750  hypothetical protein  51.43 
 
 		 224 aa  195  7e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.251451  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3438  hypothetical protein  51.41 
 
 		 205 aa  195  8.000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3730  hypothetical protein  57.06 
 
 		 257 aa  195  8.000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.401483  normal  0.0819057 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1050  hypothetical protein  53.37 
 
 		 314 aa  194  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2926  protein of unknown function DUF150  55 
 
 		 251 aa  191  1e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.104462 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2700  hypothetical protein  55 
 
 		 251 aa  191  1e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.765292 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4390  hypothetical protein  46.52 
 
 		 201 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4070  hypothetical protein  48.6 
 
 		 201 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2298  protein of unknown function DUF150  56.4 
 
 		 279 aa  186  4e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.022015 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0164  hypothetical protein  47.95 
 
 		 204 aa  179  4.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.89885  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1251  hypothetical protein  45.7 
 
 		 209 aa  172  5e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2067  hypothetical protein  50 
 
 		 207 aa  152  8e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.677656 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2591  hypothetical protein  43.5 
 
 		 206 aa  150  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.660768 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3625  hypothetical protein  44.97 
 
 		 207 aa  150  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443103 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2754  hypothetical protein  43.93 
 
 		 204 aa  146  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.229577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2909  hypothetical protein  44.51 
 
 		 203 aa  145  5e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.829531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1162  hypothetical protein  42.2 
 
 		 204 aa  144  1e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0041  hypothetical protein  42.77 
 
 		 194 aa  144  1e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2823  hypothetical protein  42.2 
 
 		 204 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3560  hypothetical protein  42.2 
 
 		 196 aa  138  8.999999999999999e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0030  hypothetical protein  46.84 
 
 		 199 aa  136  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.906317  normal  0.667348 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3778  hypothetical protein  46.5 
 
 		 225 aa  128  9.000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0222  hypothetical protein  46.25 
 
 		 201 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0609  hypothetical protein  44 
 
 		 181 aa  125  6e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.142397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2493  hypothetical protein  43.86 
 
 		 186 aa  122  8e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0301958  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3040  hypothetical protein  42.17 
 
 		 178 aa  121  9.999999999999999e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3820  hypothetical protein  43.95 
 
 		 186 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.646345  normal  0.0215546 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1950  hypothetical protein  43.54 
 
 		 176 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.197995  normal  0.0512088 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3076  hypothetical protein  41.33 
 
 		 153 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5464  hypothetical protein  40.27 
 
 		 152 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220559  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62780  hypothetical protein  40.27 
 
 		 152 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1751  hypothetical protein  39.73 
 
 		 151 aa  107  2e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07810  hypothetical protein  35.95 
 
 		 159 aa  103  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1046  hypothetical protein  37.25 
 
 		 158 aa  102  5e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000708313  unclonable  0.00000000857031 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0453  protein of unknown function DUF150  41.46 
 
 		 152 aa  102  6e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4714  hypothetical protein  42.11 
 
 		 169 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109953  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4579  hypothetical protein  42.11 
 
 		 169 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.312509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3610  hypothetical protein  44.35 
 
 		 152 aa  98.6  9e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1666  protein of unknown function DUF150  36.91 
 
 		 161 aa  98.6  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000315608  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4714  hypothetical protein  41.23 
 
 		 152 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.875464 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0719  hypothetical protein  41.23 
 
 		 169 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.110167 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3348  protein of unknown function DUF150  38.13 
 
 		 140 aa  98.2  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2122  hypothetical protein  39.07 
 
 		 151 aa  97.8  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.330912  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4182  hypothetical protein  44.86 
 
 		 158 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.844103 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3645  hypothetical protein  38.13 
 
 		 150 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.639432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3478  hypothetical protein  38.13 
 
 		 150 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.615546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0995  hypothetical protein  38.4 
 
 		 154 aa  96.7  3e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000184773  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3583  hypothetical protein  38.13 
 
 		 150 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3477  hypothetical protein  38.13 
 
 		 154 aa  96.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3546  hypothetical protein  38.13 
 
 		 154 aa  96.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.210683  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03037  hypothetical protein  38.13 
 
 		 150 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3350  hypothetical protein  38.6 
 
 		 153 aa  95.9  5e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.223242  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3362  hypothetical protein  38.13 
 
 		 150 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0135446  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3601  hypothetical protein  38.13 
 
 		 150 aa  96.3  5e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.948868  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02988  hypothetical protein  38.13 
 
 		 150 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0528  hypothetical protein  38.13 
 
 		 150 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000977256 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3655  hypothetical protein  38.13 
 
 		 150 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.162114  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0535  protein of unknown function DUF150  38.13 
 
 		 140 aa  95.5  7e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3466  hypothetical protein  38.13 
 
 		 154 aa  95.9  7e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.155297  normal  0.925377 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4491  hypothetical protein  38.13 
 
 		 154 aa  95.9  7e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4492  hypothetical protein  43.93 
 
 		 158 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.126815  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0777  hypothetical protein  43.24 
 
 		 173 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000034015  normal  0.0524823 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42840  hypothetical protein  44.64 
 
 		 145 aa  95.1  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3467  protein of unknown function DUF150  37.41 
 
 		 154 aa  94.7  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1159  protein of unknown function DUF150  39.01 
 
 		 171 aa  94.7  1e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.710629  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1227  protein of unknown function DUF150  39.01 
 
 		 171 aa  94  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0959  hypothetical protein  36.36 
 
 		 151 aa  94  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0670206  normal  0.152595 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1469  protein of unknown function DUF150  37.67 
 
 		 166 aa  93.6  3e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000542376  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1099  hypothetical protein  38.57 
 
 		 171 aa  93.2  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0815  hypothetical protein  35.43 
 
 		 153 aa  93.6  3e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00329343 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1138  hypothetical protein  38.89 
 
 		 171 aa  93.2  4e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0279371 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0922  hypothetical protein  38.71 
 
 		 154 aa  93.2  4e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.000000000356631  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002607  UPF0090 domain-containing protein  32.03 
 
 		 151 aa  92.8  5e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000228557  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3607  hypothetical protein  36.69 
 
 		 150 aa  92.8  5e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0237098  normal  0.138606 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0806  protein of unknown function DUF150  37.96 
 
 		 140 aa  92.4  6e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3598  hypothetical protein  36.81 
 
 		 150 aa  92.4  7e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000374705  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3991  hypothetical protein  36.81 
 
 		 150 aa  92.4  7e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000106744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3732  hypothetical protein  36.81 
 
 		 150 aa  92.4  7e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00617903  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0583  hypothetical protein  37.5 
 
 		 191 aa  92  9e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1585  hypothetical protein  39.1 
 
 		 159 aa  91.7  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0279837  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1317  hypothetical protein  38.19 
 
 		 150 aa  91.7  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0389  lipoprotein, putative  41.13 
 
 		 150 aa  91.7  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.281265  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0553  protein of unknown function DUF150  41.13 
 
 		 153 aa  91.7  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.169356 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2829  hypothetical protein  38.14 
 
 		 161 aa  91.3  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000100799  hitchhiker  0.00340048 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1474  hypothetical protein  37.84 
 
 		 152 aa  90.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.150708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1498  hypothetical protein  37.84 
 
 		 152 aa  90.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.310765  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>