71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0232 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0232  hypothetical protein  100 
 
 		 264 aa  524  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.024742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0599  hypothetical protein  82.82 
 
 		 275 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.48783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0441  hypothetical protein  76.89 
 
 		 259 aa  371  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0023  hypothetical protein  69.48 
 
 		 221 aa  296  2e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.488276  normal  0.0323771 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0479  hypothetical protein  70.27 
 
 		 234 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.256495 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0030  hypothetical protein  66.2 
 
 		 221 aa  280  1e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0056  hypothetical protein  64.5 
 
 		 237 aa  280  2e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.955133  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2296  protein of unknown function DUF448  49.05 
 
 		 234 aa  182  7e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0327098 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1048  hypothetical protein  44.03 
 
 		 247 aa  179  2.9999999999999997e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.911629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0294  hypothetical protein  43.13 
 
 		 239 aa  173  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.211719  decreased coverage  0.00732343 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0748  hypothetical protein  47.45 
 
 		 200 aa  165  5.9999999999999996e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213653  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4068  hypothetical protein  43.63 
 
 		 231 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2164  hypothetical protein  45.92 
 
 		 200 aa  161  8.000000000000001e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.121209  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2076  hypothetical protein  44.5 
 
 		 217 aa  160  3e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.168905  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4388  hypothetical protein  42.51 
 
 		 230 aa  159  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.693571 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3440  hypothetical protein  40.83 
 
 		 240 aa  156  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.21121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0168  hypothetical protein  41.62 
 
 		 231 aa  152  7e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2820  protein of unknown function DUF448  44.76 
 
 		 243 aa  151  8e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.19991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4617  protein of unknown function DUF448  43.33 
 
 		 249 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.204222  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2924  protein of unknown function DUF448  44.29 
 
 		 247 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.964618  normal  0.0939755 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2698  hypothetical protein  44.29 
 
 		 247 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.430127  normal  0.265509 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2612  hypothetical protein  45.9 
 
 		 257 aa  135  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.150488  normal  0.180751 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3929  hypothetical protein  43.14 
 
 		 211 aa  135  6.0000000000000005e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.336833  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3627  hypothetical protein  43.63 
 
 		 227 aa  134  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.426525 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3728  hypothetical protein  43.75 
 
 		 240 aa  130  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.373596  normal  0.0153677 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1253  hypothetical protein  36.73 
 
 		 211 aa  126  3e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0032  hypothetical protein  44.38 
 
 		 221 aa  124  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.306313 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2911  hypothetical protein  36.18 
 
 		 205 aa  124  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.396041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3562  hypothetical protein  40.49 
 
 		 212 aa  123  4e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2593  hypothetical protein  40 
 
 		 206 aa  121  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.441598 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0039  hypothetical protein  35.51 
 
 		 210 aa  114  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.745199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2756  hypothetical protein  39.43 
 
 		 202 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.014789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3042  hypothetical protein  36.46 
 
 		 194 aa  108  6e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3780  hypothetical protein  39.66 
 
 		 263 aa  107  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0580173  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2825  hypothetical protein  37.14 
 
 		 202 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1164  hypothetical protein  37.14 
 
 		 210 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.872281  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2491  hypothetical protein  33.19 
 
 		 244 aa  95.9  6e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00369583  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2069  hypothetical protein  34.48 
 
 		 215 aa  92.8  5e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.587906 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3817  hypothetical protein  35.29 
 
 		 246 aa  90.5  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.429858  normal  0.0234215 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0611  hypothetical protein  29.68 
 
 		 252 aa  89.7  4e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0129859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1301  protein of unknown function DUF448  32.94 
 
 		 197 aa  82.4  0.000000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000545277  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2982  protein of unknown function DUF448  32.94 
 
 		 197 aa  82  0.000000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.54059e-28 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0962  hypothetical protein  32.2 
 
 		 200 aa  78.2  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.342649  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1587  ribosomal protein L7Ae family protein  39.02 
 
 		 205 aa  73.9  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00501586  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1585  50S ribosomal protein L7AE  30.95 
 
 		 205 aa  73.9  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0618553  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1554  L7Ae family ribosomal protein  28.98 
 
 		 212 aa  67  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000328024  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1900  hypothetical protein  34.65 
 
 		 197 aa  66.6  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0283041  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1668  protein of unknown function DUF448  29.24 
 
 		 203 aa  66.6  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0224  hypothetical protein  28.96 
 
 		 246 aa  62.8  0.000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3728  50S ribosomal protein L7AE  28.89 
 
 		 210 aa  53.1  0.000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.058823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1353  hypothetical protein  34.12 
 
 		 94 aa  53.1  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1327  hypothetical protein  34.12 
 
 		 94 aa  53.1  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0834  hypothetical protein  37.31 
 
 		 94 aa  51.6  0.00001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0455  protein of unknown function DUF448  35.44 
 
 		 90 aa  50.4  0.00003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0924  hypothetical protein  40 
 
 		 92 aa  48.9  0.00009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000861315  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10310  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  38.2 
 
 		 101 aa  48.5  0.0001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.277899  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14560  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  37.8 
 
 		 119 aa  47.4  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00191039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0898  hypothetical protein  27.4 
 
 		 93 aa  46.2  0.0005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0615724  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2045  protein of unknown function DUF448  33.85 
 
 		 96 aa  45.8  0.0006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0993  hypothetical protein  32.31 
 
 		 92 aa  45.4  0.0009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000000776447  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1433  protein of unknown function DUF448  37.1 
 
 		 93 aa  45.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00060627  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1415  hypothetical protein  30.4 
 
 		 130 aa  44.3  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00199803  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3678  protein of unknown function DUF448  32.91 
 
 		 89 aa  44.3  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000159696  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1660  hypothetical protein  33.85 
 
 		 88 aa  44.7  0.002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1942  hypothetical protein  33.85 
 
 		 88 aa  44.3  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1442  protein of unknown function DUF448  51.28 
 
 		 95 aa  44.3  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0268949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2467  hypothetical protein  32.26 
 
 		 93 aa  44.3  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000893193  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1664  protein of unknown function DUF448  32.86 
 
 		 95 aa  44.3  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000838952  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1326  hypothetical protein  36.62 
 
 		 110 aa  42.7  0.007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.940508  normal  0.0110946 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4040  hypothetical protein  30.85 
 
 		 120 aa  42.4  0.008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0434499  normal  0.402305 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl293  hypothetical protein  30.38 
 
 		 103 aa  42  0.01  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.0458979  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>