More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0224 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0224  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 312 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  81.09 
 
 		 312 aa  514  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0609  LysR family transcriptional regulator  88.46 
 
 		 312 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.663107  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0362  LysR family transcriptional regulator  77.74 
 
 		 300 aa  443  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  71.71 
 
 		 304 aa  426  1e-118  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  72.39 
 
 		 301 aa  426  1e-118  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  45.82 
 
 		 306 aa  244  9e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2322  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 298 aa  239  4e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 317 aa  236  3e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 307 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6388  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 304 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3053  LysR family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 309 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 320 aa  229  4e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3802  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 309 aa  228  1e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.238076  normal  0.337014 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.4 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.4 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40 
 
 		 305 aa  225  6e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3307  hypothetical protein  43.21 
 
 		 308 aa  225  8e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19611  normal  0.379943 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.6 
 
 		 305 aa  224  1e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  39.6 
 
 		 305 aa  224  2e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  39.6 
 
 		 305 aa  224  2e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.27 
 
 		 305 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.27 
 
 		 305 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.6 
 
 		 305 aa  224  2e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.6 
 
 		 305 aa  224  2e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  39.6 
 
 		 305 aa  224  2e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.6 
 
 		 305 aa  224  2e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.27 
 
 		 305 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.6 
 
 		 305 aa  224  2e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.27 
 
 		 305 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.6 
 
 		 305 aa  224  2e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.4 
 
 		 305 aa  224  2e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.6 
 
 		 305 aa  224  2e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.27 
 
 		 305 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5771  transcriptional regulator LysR family  40.68 
 
 		 307 aa  223  4e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.94 
 
 		 302 aa  223  4e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 317 aa  223  4.9999999999999996e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4725  transcriptional regulator, LysR family  44.64 
 
 		 304 aa  222  6e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.69 
 
 		 305 aa  220  3e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.69 
 
 		 305 aa  220  3e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.69 
 
 		 305 aa  220  3e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1919  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 314 aa  219  3.9999999999999997e-56  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.156623  normal  0.456297 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  43.32 
 
 		 301 aa  218  7.999999999999999e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3588  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.300751  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  37.7 
 
 		 296 aa  216  2.9999999999999998e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 320 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1336  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0531475  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4681  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 304 aa  216  5e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.468795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.86 
 
 		 297 aa  213  2.9999999999999995e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  37.38 
 
 		 296 aa  213  2.9999999999999995e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  42.37 
 
 		 301 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 313 aa  212  7.999999999999999e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0465  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 298 aa  211  9e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0192263  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2140  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 303 aa  210  2e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.828195  normal  0.0106328 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.88 
 
 		 302 aa  209  4e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 302 aa  209  4e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 308 aa  209  7e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2079  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 302 aa  207  1e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.399656  normal  0.607866 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1798  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.270258  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  38.26 
 
 		 303 aa  205  7e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.91 
 
 		 304 aa  205  7e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0321  transcriptional regulator OxyR  39.74 
 
 		 325 aa  205  9e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  43.52 
 
 		 313 aa  205  9e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3497  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  34.98 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.794623  hitchhiker  0.0000380526 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  40.45 
 
 		 323 aa  204  1e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.29 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  40.45 
 
 		 323 aa  203  3e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0354  transcriptional regulator OxyR  39.4 
 
 		 317 aa  202  5e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.241733  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1346  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.124004  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0724  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 327 aa  200  1.9999999999999998e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.546759 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 301 aa  199  3e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  42.33 
 
 		 320 aa  199  5e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 311 aa  199  7e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0312  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 323 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1157  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 326 aa  196  4.0000000000000005e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  33.66 
 
 		 299 aa  195  1e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2432  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 320 aa  194  2e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2217  LysR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 324 aa  194  2e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.335771  normal  0.670692 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  37.09 
 
 		 311 aa  192  7e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6567  hydrogen peroxide-inducible genes activator protein  39.14 
 
 		 314 aa  192  7e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.222143  hitchhiker  0.00672743 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0594  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 321 aa  192  9e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  40.54 
 
 		 300 aa  191  1e-47  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4242  transcriptional regulator, LysR family  41.95 
 
 		 309 aa  191  1e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1922  LysR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  37.1 
 
 		 321 aa  191  2e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  36.75 
 
 		 311 aa  191  2e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 321 aa  191  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 311 aa  190  2.9999999999999997e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  39.87 
 
 		 311 aa  190  2.9999999999999997e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1422  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 319 aa  189  5e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 307 aa  188  8e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 311 aa  189  8e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  34.65 
 
 		 319 aa  187  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 319 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 319 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 321 aa  187  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 319 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 319 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>